CapacidadHospitalariaMX

⚠️ La actualización de información se realiza a las 3 am automáticamente. En caso de que no pase levanta un issue.

Para ir al sitio web: https://rodrigozepeda.github.io/CapacidadHospitalariaMX

Paquete covidmx en rstats

Para analizar en R los datos de esta publicación instala el paquete covidmx:

#remotes::install_github("RodrigoZepeda/covidmx")
ocupacion <- covidmx::descarga_datos_ocupacion_hospitalaria()

Nota Si usas los datos del paquete cita esta publicación así como el paquete covidmx.

Información

El presente repositorio contiene los datos de capacidad hospitalaria divulgados por la Secretaría de Salud a través del portal de la UNAM https://www.gits.igg.unam.mx/red-irag-dashboard/reviewHome#

Datos

Los datos puedes encontrarlos con el siguiente DOI: 10.17605/OSF.IO/9NU2D. En dicho repositorio los datos descargados sin procesar están en la carpeta [estatal/] o [unidad_medica] según desees los datos desagregados por unidad o sólo por entidad. Se han procesado las bases pegando todas las fechas en [procesadas] para generar una única base de estados y una única de unidades. Te sugiero usar esas.

Para evitar que eventualmente quiten los vínculos a las bases éstas se encuentran ya publicadas con el siguiente DOI 10.17605/OSF.IO/9NU2D así como en este repositorio de Github

Datos faltantes

La información del 2022-05-21 y 2022-05-22 no está disponible en la página de la UNAM y por tanto no está disponible aquí.

Apariciones

Se han usado en Serendipia.

Si usas este repositorio en algo, ¡avísame para ponerlo aquí!

Predicciones

En la carpeta predicted/ puedes encontrar las imágenes de ocupación hospitalaria predichas y el csv de donde salen los datos.

En la carpeta model/ puedes encontrar el modelo usado.

Descarga de datos via chromedriver

Si deseas descargar los datos por ti misma, el archivo scripts/descarga_estatal.py contiene el webscrapper para entrar al portal y bajar los datos de manera automática. Para hacerlo es necesario que tengas chromedriver (descarga aquí) vinculado a '/usr/local/bin/chromedriver' y GoogleChrome o Chromium.

En caso contrario, dentro del archivo es necesario que cambies las primeras líneas:

direccion_chromedriver = '/usr/local/bin/chromedriver'

Para correrlo basta con hacer:

#Descarga todas las fechas que no tengas en tu carpeta
python3 scripts/descarga_estatal.py

y de manera automática realiza la descarga. Para fechas específicas:

#Descarga desde "2020-09-12"  hasta "2020-09-15"
python3 scripts/descarga_estatal.py "2020-09-12" "2020-09-15" 

o bien descargar a partir de un momento

#Descarga desde "2021-01-01" hasta el día de ayer
python3 scripts/descarga_estatal.py "2021-01-01"

Ojo Te recomiendo ir de 20 en 20 días porque si no arroja error.

Automatización de la descarga

En Linux puedes usar un crontab como sigue:

00 15 * * * export DISPLAY=:0 && /bin/sh /directorio/a/CapacidadHospitalariaMX/download_only.sh > /dev/null 2>&1

para saber qué número de display tienes:

env | grep 'DISPLAY'

Limpieza de datos

El archivo scripts/genera_base_unica.R se encarga de generar una única base en .rds con la información completa.

Gráfica

El archivo scripts/grafica_ocupacion.R se encarga de generar la gráfica diaria de ocupación.

Generación del modelo

El archivo model/fit_model_hosp_multistate.R se encarga de generar las predicciones a partir del modelo programado en STAN.

Sitio web

El sitio del modelo está dentro de [docs]. Siéntete en libertad de ayudarnos a mejorar su interactividad.

¡Colabora!

Ve las guías de colaboración. Una buena idea del modelo es checar los issues y ver cuáles se sugieren como commits iniciales.

Nota Disculpa si no tengo mucho tiempo para esto. Lo mantengo lo mejor que puedo.