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1000
; POPS - without virtual sites
; made by J. Melcr (Joe)
; by stitching Palmitoyl from POPC to DOPS
; 2016-02
; Force field (FF) parameters for POPS (1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine)
; Use together with "forcefield.ff" (available at http://people.su.se/~jjm or
; on http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields)
; Can be used togther with the AMBER99SB/AMBER99SB-ILDN/AMBER03 FF for proteins
;
; For support/suggestions or whatever: [email protected]/[email protected] or lyuba.mmk.su.se
;
; !!!! MAKE SURE YOU CITE THE FOLLOWING REFERENCES WHEN USING THIS FORCE FIELD !!!!
;
; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Derivation and Systematic Validation of
; a Refined All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids",
; J. Phys. Chem. B, 2012, 116, 3164-3179
;
; and
;
; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "An Extension and Further Validation of an All-Atomistic Force Field
; for Biological Membranes"
; J. Chem. Theory Comput., 8, 2938-2948
;
; and
; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Another Piece of the Membrane Puzzle: Extending Slipids Further"
; J. Chem. Theory Comput., submitted
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
POPS 3
[ atoms ]
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass
1 NH3L 1 POPS N 1 -0.21 14.007
2 HCL 1 POPS HN1 2 0.21 1.008
3 HCL 1 POPS HN2 3 0.21 1.008
4 HCL 1 POPS HN3 4 0.21 1.008
5 CTL1 1 POPS C12 5 0.17 12.011
6 HBL 1 POPS H12A 6 0.08 1.008
7 CCL 1 POPS C13 7 0.41 12.011
8 OCL 1 POPS O13A 8 -0.52 15.9994
9 OCL 1 POPS O13B 9 -0.52 15.9994
10 CTL2 1 POPS C11 10 -0.07 12.011
11 HAL2 1 POPS H11A 11 0.08 1.008
12 HAL2 1 POPS H11B 12 0.08 1.008
13 PL 1 POPS P 13 1.20 30.974
14 O2L 1 POPS O13 14 -0.83 15.9994
15 O2L 1 POPS O14 15 -0.83 15.9994
16 OSLP 1 POPS O12 16 -0.48 15.9994
17 OSLP 1 POPS O11 17 -0.42 15.9994
18 CTL2 1 POPS C1 18 -0.11 12.011
19 HAL2 1 POPS HA 19 0.06 1.008
20 HAL2 1 POPS HB 20 0.06 1.008
21 CTL1 1 POPS C2 21 0.48 12.011
22 HAL1 1 POPS HS 22 0.05 1.008
23 OSL 1 POPS O21 23 -0.47 15.9994
24 CL 1 POPS C21 24 0.79 12.011
25 OBL 1 POPS O22 25 -0.65 15.9994
26 CTL2 1 POPS C22 26 -0.06 12.011
27 HAL2 1 POPS H2R 27 0.03 1.008
28 HAL2 1 POPS H2S 28 0.03 1.008
29 CTL2 1 POPS C3 29 0.23 12.011
30 HAL2 1 POPS HX 30 0.06 1.008
31 HAL2 1 POPS HY 31 0.06 1.008
32 OSL 1 POPS O31 32 -0.47 15.9994
33 CL 1 POPS C31 33 0.79 12.011
34 OBL 1 POPS O32 34 -0.65 15.9994
35 CTL2 1 POPS C32 35 -0.06 12.011
36 HAL2 1 POPS H2X 36 0.03 1.008
37 HAL2 1 POPS H2Y 37 0.03 1.008
38 CTL2 1 POPS C23 38 0.0 12.011 ;
39 HAL2 1 POPS H3R 39 0.0 1.008 ;
40 HAL2 1 POPS H3S 40 0.0 1.008 ;
41 CTL2 1 POPS C24 41 0.0 12.011 ;
42 HAL2 1 POPS H4R 42 0.0 1.008 ;
43 HAL2 1 POPS H4S 43 0.0 1.008 ;
44 CTL2 1 POPS C25 44 0.0 12.011 ;
45 HAL2 1 POPS H5R 45 0.0 1.008 ;
46 HAL2 1 POPS H5S 46 0.0 1.008 ;
47 CTL2 1 POPS C26 47 0.0 12.011 ;
48 HAL2 1 POPS H6R 48 0.0 1.008 ;
49 HAL2 1 POPS H6S 49 0.0 1.008 ;
50 CTL2 1 POPS C27 50 0.0 12.011 ;
51 HAL2 1 POPS H7R 51 0.0 1.008 ;
52 HAL2 1 POPS H7S 52 0.0 1.008 ;
53 CTL2 1 POPS C28 53 0.03 12.011
54 HAL2 1 POPS H8R 54 0.03 1.008
55 HAL2 1 POPS H8S 55 0.03 1.008
56 CEL1 1 POPS C29 56 -0.20 12.011
57 HEL1 1 POPS H9R 57 0.11 1.008
58 CEL1 1 POPS C210 58 -0.20 12.011
59 HEL1 1 POPS H10R 59 0.11 1.008
60 CTL2 1 POPS C211 60 0.03 12.011
61 HAL2 1 POPS H11R 61 0.03 1.008
62 HAL2 1 POPS H11S 62 0.03 1.008
63 CTL2 1 POPS C212 63 0.0 12.011 ;
64 HAL2 1 POPS H12R 64 0.0 1.008 ;
65 HAL2 1 POPS H12S 65 0.0 1.008 ;
66 CTL2 1 POPS C213 66 0.0 12.011 ;
67 HAL2 1 POPS H13R 67 0.0 1.008 ;
68 HAL2 1 POPS H13S 68 0.0 1.008 ;
69 CTL2 1 POPS C214 69 0.0 12.011 ;
70 HAL2 1 POPS H14R 70 0.0 1.008 ;
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72 CTL2 1 POPS C215 72 0.0 12.011 ;
73 HAL2 1 POPS H15R 73 0.0 1.008 ;
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78 CTL2 1 POPS C217 78 0.047 12.011
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80 HAL2 1 POPS H17S 80 -0.007 1.008
81 CTL3 1 POPS C218 81 -0.081 12.011
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85 CTL2 1 POPS C33 85 0.0 12.011 ;
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100 CTL2 1 POPS C38 100 0.0 12.011
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121 CTL2 1 POPS C315 128 0.047 12.011
122 HAL2 1 POPS H15X 129 -0.007 1.008
123 HAL2 1 POPS H15Y 130 -0.007 1.008
124 CTL3 1 POPS C316 131 -0.081 12.011
125 HAL3 1 POPS H16X 132 0.016 1.008
126 HAL3 1 POPS H16Y 133 0.016 1.008
127 HAL3 1 POPS H16Z 134 0.016 1.008
[ bonds ]
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[ pairs ]
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123 126 1
123 127 1
[ angles ]
; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
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19 18 21 5
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125 124 127 5
126 124 127 5
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
2 1 5 6 9
2 1 5 7 9
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