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; POPC lipid Topology for Slipids FF with
; the use of virtual interaction/construction sites (vsites)
; made by Josef Melcr (Joe) with hints from the work of
; B. Loubet and his Charmm VSites lipid implementation
; reference: Loubet, B.; Kopec, W.; Khandelia, H. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 5690–5695.
; ---------------------------------------------------------------
;
; Original Slipids message:
;
; Force field (FF) parameters for POPC (1-Palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine)
; Use together with "forcefield.ff" (available at http://web.me.com/jambeck/lipids or
; on http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields)
; Can be used togther with the AMBER99SB/AMBER99SB-ILDN/AMBER03 FF for proteinss
;
; For support/suggestions or whatever: [email protected]/[email protected] or lyuba.mmk.su.se
;
; !!!! MAKE SURE YOU CITE THE FOLLOWING REFERENCES WHEN USING THIS FORCE FIELD !!!!
;
; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "Derivation and Systematic Validation of
; a Refined All-Atom Force Field for Phosphatidylcholine Lipids",
; J. Phys. Chem. B, 2012, 116, 3164-3179
; (also contains more details regarding the parameters)
;
; and
;
; Joakim P. M. Jämbeck and Alexander P. Lyubertsev, "An Extension and Further Validation of an All-Atomistic Force Field
; for Biological Membranes"
; J. Chem. Theory Comput., DOI: 10.1021/ct300342n
;
; A great portion of the bonded and nonbonded parameters comes from CHARMM36, so also cite:
;
; Jeffery B. Klauda, Richard M. Venable, J. Alfredo Freites, Joseph
; W. O’Connor, Douglas J. Tobias, Carlos Mondragon-Ramirez, Igor
; Vorobyov, Alexander D. MacKerell, Jr. and Richard W. Pastor "Update of
; the CHARMM All-Atom Additive Force Field for Lipids: Validation on Six
; Lipid Types" J. Phys. Chem. B, 2010, 114 (23), pp 7830–7843
;
;
; ---------------------------------------
;
; File 'POPCvs_mod.top' was generated
; By user: pepa (1002)
; On host: gaiwan
; At date: Fri Jan 9 15:52:52 2015
;
; It was generated using program:
; pdb2gmx - VERSION 4.6.5
; Command line was:
; pdb2gmx -f slipids-POPC_only_303K.gro -o POPCvs_mod.gro -p POPCvs_mod.top -vsite hydrogens
;
; Force field was read from current directory or a relative path - a mix of Amber03 and Slipids
;
; Atomic charges were set to the Slipids values by hand,
; Amber/Gaff charges are assigned in the typeB
;
[ moleculetype ]
; Name nrexcl
POPC 3
[ atoms ]
; nr type resnr residue atom cgnr charge mass typeB chargeB massB
1 NTL 1 POPC N 1 0.20 14.007 ; NTL -0.6 14.007 ;
2 CTL2 1 POPC C12 14 -0.20 14.027 ; CTL2 -0.1 14.027 ;
3 MCH3N 1 POPC MC11 14 0.0 7.5175 ; MCH3N 0 7.5175
4 MCH3N 1 POPC MC12 14 0.0 7.5175 ; MCH3N 0 7.5175
5 CTL5 1 POPC C13 2 -0.38 0 ; CTL5 -0.35 0 ;
6 MCH3N 1 POPC MC11 2 0.0 7.5175 ; MCH3N 0 7.5175
7 MCH3N 1 POPC MC12 2 0.0 7.5175 ; MCH3N 0 7.5175
8 CTL5 1 POPC C14 6 -0.38 0 ; CTL5 -0.35 0 ;
9 MCH3N 1 POPC MC11 6 0.0 7.5175 ; MCH3N 0 7.5175
10 MCH3N 1 POPC MC12 6 0.0 7.5175 ; MCH3N 0 7.5175
11 CTL5 1 POPC C15 10 -0.38 0 ; CTL5 -0.35 0 ;
12 HL 1 POPC H12A 15 0.09 0 ; HL 0.25 0 ;
13 HL 1 POPC H12B 16 0.09 0 ; HL 0.25 0 ;
14 HL 1 POPC H13A 3 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
15 HL 1 POPC H13B 4 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
16 HL 1 POPC H13C 5 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
17 HL 1 POPC H14A 7 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
18 HL 1 POPC H14B 8 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
19 HL 1 POPC H14C 9 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
20 HL 1 POPC H15A 11 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
21 HL 1 POPC H15B 12 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
22 HL 1 POPC H15C 13 0.19 0 ; HL 0.25 0 ;
23 CTL2 1 POPC C11 17 0.17 14.027 ; CTL2 -0.08 14.027 ;
24 HAL2 1 POPC H11A 18 0.03 0 ; HAL2 0.09 0 ;
25 HAL2 1 POPC H11B 19 0.03 0 ; HAL2 0.09 0 ;
26 PL 1 POPC P 20 1.58 30.974 ; PL 1.5 30.974 ;
27 O2L 1 POPC O13 21 -0.86 15.9994 ; O2L -0.78 1115.9994 ;
28 O2L 1 POPC O14 22 -0.86 15.9994 ; O2L -0.78 1115.9994 ;
29 OSLP 1 POPC O12 23 -0.49 15.9994 ; OSLP -0.57 1115.9994 ;
30 OSLP 1 POPC O11 24 -0.49 15.9994 ; OSLP -0.57 1115.9994 ;
31 CTL2 1 POPC C1 25 -0.11 14.027 ; CTL2 -0.08 14.027 ;
32 HAL2 1 POPC HA 26 0.07 0 ; HAL2 0.09 0 ;
33 HAL2 1 POPC HB 27 0.07 0 ; HAL2 0.09 0 ;
34 CTL1 1 POPC C2 28 0.48 13.019 ; CTL1 0.17 13.019 ;
35 HAL1 1 POPC HS 29 0.04 0 ; HAL1 0.09 0 ;
36 OSL 1 POPC O21 30 -0.47 15.9994 ; OSL -0.49 15.9994 ;
37 CL 1 POPC C21 31 0.79 12.011 ; CL 0.9 12.011 ;
38 OBL 1 POPC O22 32 -0.65 15.9994 ; OBL -0.63 15.9994 ;
39 CTL2 1 POPC C22 33 -0.06 14.027 ; CTL2 -0.22 14.027 ;
40 HAL2 1 POPC H2R 34 0.03 0 ; HAL2 0.09 0 ;
41 HAL2 1 POPC H2S 35 0.03 0 ; HAL2 0.09 0 ;
42 CTL2 1 POPC C3 36 0.13 14.027 ; CTL2 0.08 14.027 ;
43 HAL2 1 POPC HX 37 0.06 0 ; HAL2 0.09 0 ;
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45 OSL 1 POPC O31 39 -0.47 15.9994 ; OSL -0.49 15.9994 ;
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47 OBL 1 POPC O32 41 -0.65 15.9994 ; OBL -0.63 15.9994 ;
48 CTL2 1 POPC C32 42 -0.06 14.027 ; CTL2 -0.22 14.027 ;
49 HAL2 1 POPC H2X 43 0.03 0 ; HAL2 0.09 0 ;
50 HAL2 1 POPC H2Y 44 0.03 0 ; HAL2 0.09 0 ;
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138 HAL2 1 POPC H15Y 130 -0.007 0 ; HAL2 0.09 0 ;
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140 MCH3 1 POPC MC32 130 0.0 7.5175 ; MCH3 0 7.5175
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[ bonds ]
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[ constraints ]
; ai aj funct c0 c1
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139 140 2
[ pairs ]
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135 141 1
137 142 1
137 143 1
137 144 1
138 142 1
138 143 1
138 144 1
[ angles ]
; ai aj ak funct c0 c1 c2 c3
2 1 5 5
2 1 8 5
2 1 11 5
5 1 8 5
5 1 11 5
8 1 11 5
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12 2 13 5
12 2 23 5
13 2 23 5
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1 5 16 5
14 5 15 5
14 5 16 5
15 5 16 5
1 8 17 5
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1 8 19 5
17 8 18 5
17 8 19 5
18 8 19 5
1 11 20 5
1 11 21 5
1 11 22 5
20 11 21 5
20 11 22 5
21 11 22 5
2 23 24 5
2 23 25 5
2 23 29 5
24 23 25 5
24 23 29 5
25 23 29 5
27 26 28 5
27 26 29 5
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28 26 30 5
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40 39 51 5
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55 54 57 5
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136 141 143 5
136 141 144 5
142 141 143 5
142 141 144 5
143 141 144 5
[ dihedrals ]
; ai aj ak al funct c0 c1 c2 c3 c4 c5
5 1 2 12 9
5 1 2 13 9
5 1 2 23 9
8 1 2 12 9
8 1 2 13 9
8 1 2 23 9
11 1 2 12 9
11 1 2 13 9
11 1 2 23 9
2 1 5 14 9
2 1 5 15 9
2 1 5 16 9
8 1 5 14 9
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8 1 5 16 9
11 1 5 14 9
11 1 5 15 9
11 1 5 16 9