琼华派为了实现飞升成仙的目标，经过三代掌门的励精图治，穷尽三代人力、物力，铸造出匹敌仙神之力的阴阳双剑——“望舒剑”与“羲和剑”，妄图以巨大灵力形成剑柱，支撑起整个琼华派飞往昆仑通仙之道。 最后因玄霄逆天飞升触怒天帝，而被九天玄女降罪，琼华派遭天火焚烧，从此覆灭，仅余少数弟子流落在外。
如果接上古剑奇谭的世界观，慕容紫英与天墉城第六代掌门交好，受邀来到天墉城担任执剑长老，成为紫胤真人；
神将军飞蓬与魔尊重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意；重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允； 两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败；光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门永安当铺伙计景天。 景天卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中，而后遇到蜀山弃徒长卿及其未婚妻紫萱，景天走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途。 一直隐藏在魔剑中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。几个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠，雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密，龙葵长久以来的心中愿望。 邪剑仙一战后，景天成为新安当大掌柜，收逍遥爸爸李三思为徒，通过重楼的引荐传授给南宫煌独门绝学倾国银弹波和洒金笺，并教会南宫煌开启古代机关门的技巧。 紫萱献身和四灵珠一起封印锁妖塔，将未完成的水灵内丹以及自己全部的功力渡给长卿，留有一女“林青儿”，也就是后来的巫后； 徐长卿被邪剑仙打伤后功力大减，自知无法再担任蜀山掌门，因蜀山地脉失衡事件辞去掌门职务归隐，将掌门之位传给常浩长老，并任命独孤剑圣为真武长老；
由于蜀山仙境开始崩坏，地脉门户大开。前往探查的蜀山长老及弟子，被地脉中抵克蜀山仙术的瘴气化去功力，苦战不敌妖众，悉数殒命。 徐长卿临危授命，责令自小长在蜀山却一直未被收入门下的少年--南宫煌，携带书信前往绿萝山，求助于掌握蜀山秘宝五灵轮的清冷仙人。 清冷仙人遂收南宫煌入绿萝门下，并将五灵轮与之身合，开启地脉入口，疏通五灵，从而使蜀山"否极泰来"、回复混沌状态。地脉之旅就此启程。 同时，随父从军被室韦国王看中选为和亲对象的大力女温慧，为了逃婚，来到和母亲有莫名渊源的蜀山，和无意中救下的乖巧女孩儿王蓬絮一起加入了南宫煌的队伍。 在旅程中，他们又结识了身中剧毒的里蜀山少主星璇、勾魂失败滞留人间的鬼差雷元戈。
李三思之子李逍遥为了婶婶前往仙灵岛求药，阴差阳错与赵灵儿成婚，卷入南诏黑苗白苗之争，只得带着灵儿前往苗疆寻找其母林青儿，途径苏州参加比武招亲结识林月如； 独孤剑圣突然“法海附体”，错把灵儿当成蛇妖关入锁妖塔，被李逍遥推塔，为续作埋下伏笔；黑苗族拜月教主妄图复活水魔兽，迫使灵儿一换一；
八年前锁妖塔崩毁，万千妖魔尽出，天下大乱，幸有一位得道高僧——千叶禅师的出现，广纳门徒成立大慈悲明宗，四处传道布施、救灾救人，与蜀山仙剑派掌门人李逍遥同为正道的两大领袖。 另一方面，魔族掌旗使孔璘，也趁机扩展势力，进行一项可怕的阴谋，意图染指人间；逍遥邻居王小虎与逍遥之女李忆如，以及另外两个女主角，四个人交织出一段错综复杂的故事； 锁妖塔倒塌后，姜婉儿来到峨眉山创立仙霞派，从父亲姜清（05版电视剧叫姜明，又见逍遥叫姜澈），母亲月柔霞的名字中各取一字，道号“清柔师太”，门下有得意门生仙霞五奇；
仙剑二孔璘大破先天子午阵，仙霞五奇只剩沈欺霜一人，后继承掌门之位，道号“余霞真人”，沈欺霜早年因为是庶出，在姨娘家寄人篱下，受这段经历的影响， 成为掌门后专收世间孤苦流离之女入仙霞，悉心教授符法剑术等绝学，令仙霞声名更甚于前，仙剑七中亦有登场，年龄上百岁依旧是年轻容貌！
仙剑五主角团龙幽——李逍遥的孙女婿翻看蜀山典籍，揭开了一段尘封的往事……
《仙剑奇侠传二》故事结束不久，魔尊手下的残余大军屠杀白河村居民，李逍遥等人赶来击杀魔族势力。 重伤的魔尊之子伐天被手下将灵魂寄放在年幼的韩仲晰中，昏迷的韩仲晰被李逍遥所救，又被阿奴带回苗疆抚养，对伐天之事完全不知情。
《仙剑奇侠传二》故事结束的三年后，李忆如准备去苗疆祭拜生母赵灵儿、去试炼窟为林月如寻找傀儡虫，因而与韩仲晰重逢。二人进入试炼窟收集完傀儡虫后， 李忆如发现了五神神像与关于女娲的咒文，继续探索的二人发现了夜叉族皇子龙溟，李忆如的御灵被其轻易击败。紧急关头，韩仲晰突然爆发强大的能量，感受到伐天魔能的龙溟为之一振。 龙溟离开后，昏迷的韩仲晰和李忆如被谢沧行和凌波所救。
韩仲晰被带回苗疆后，阿奴刻意将韩仲晰与李忆如隔开，并令其弃武从文。数年后，已经十五六岁的李忆如发现了长大的韩仲晰，但韩仲晰刻意不与其相认。 二人寻找草药时忆如不慎从树上摔落，焦急的韩仲晰下意识叫出忆如的本名，因而暴露身份，不得不与李忆如相认。 相认后的韩仲晰与李忆如发现有人冒充蜀山弟子斩杀无辜妖魔，经皇甫卓之口得知似乎有人刻意恶化蜀山与魔族的关系。韩仲晰突然昏厥，李忆如的观音咒也无法奏效。
不久，韩仲晰醒来，意识却已被伐天融合，韩仲晰和伐天同时拥有自己和对方的记忆和感情。韩仲晰和伐天都有对李忆如的爱意，也有对李逍遥的仇恨。 被融合的韩仲晰召集魔族势力，与枯木、姜世离联合，决意铲除李逍遥等人，得到天魔剑和天罡印的韩仲晰势力大增，以天魔剑攻击李逍遥，却见到李忆如舍身挡下。
韩仲晰的意识令天罡印与天魔剑瞬间碰撞，灰飞烟灭，李忆如体内却留下了天魔剑碎片。李逍遥不忍杀掉韩仲晰，将其囚禁于锁妖塔遗址。 一年后，李忆如来到锁妖塔，不顾伐天的劝告执意要分离伐天并带着韩仲晰私奔，伐天复制了韩仲晰对李忆如的情意，默许了李忆如的做法。 但此时的韩仲晰被强行分离伐天的意识，已经没有多少年可活。
韩仲晰与李忆如私奔后，通过医术在医馆打工，并在几年后与李忆如成亲，生下小蛮。 婚后韩仲晰的身体越来越差，在小蛮六岁时去世。韩仲晰去世后，李忆如为救小蛮耗尽女娲神力，油尽灯枯之际，她将小蛮托付给阿奴，平静地等待死亡的降临。
二代故事五年后，南林北沈逐渐没落，四大世家乘势而起，夏侯世家少主夏侯瑾轩不喜江湖事。卖艺少女瑕和江湖浪人谢沧行与少时玩伴姜承一起护送他前往折剑山庄， 路上还认识了神秘女子暮菖兰，开启了一段不同寻常的旅程。
其中，姜承虽然武艺出众，但因家世不明被山庄其他弟子歧视，更因与欧阳倩之间的情愫遭到敌视，因此初始时的他沉默寡言，稳重冷静内向。 因魔族血统爆发，离开山庄后的他曾在为人为魔之间徘徊；正道的追杀终于逼使他选择为魔一途，性格中被压抑的狂傲不驯也爆发，誓言为倍受人族压迫的妖魔混血争一番天下。 由于身份和选择道路的不同，最终无奈地与众多朋友兵戎相见……
20年后，姜承之子姜云凡参加了“爸爸去哪儿”，成为李逍遥的徒弟，最终发现一切都是夜叉族魔翳的阴谋；
众人决定沉掉蜀山来封印神魔之井，修复封印需要八个人，蜀山七圣之外还少一个，希望姜云凡能够胜任。封印之后，任何法术都无法通过，封印之初甚为脆弱，需要八个人千年守护这封印。 封印后，意味着龙幽的传送法术也无法通过，答应魔翳做好夜叉族王的龙幽沉默了，小蛮才明白自己的心意，但是无法改变这个现实，含泪施法帮助魔界恢复水源。魔界大旱得以解决……
太古神农大神诞生时，天下伴有九泉相生。九泉各具异能，乃是滋生万物的源。后人神兽三族大战，最终以兽族不敌人神联军战败而收场。 蚩尤引兽族入魔界，人神魔三界自此隔阂。大战之后，神农和九泉便不知所踪。时光流逝，九泉的传说也逐渐被遗忘。
越今朝和越祈为了寻找某样丢失的东西，来到了西域古城。尘封的秘密将再度被揭示。 太古沉睡的巨兽破海而出，展翼千里，迅游天际；而脑海中不知名的女子之声，却令它感到迷惑。