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LW Index

LW Index è un tool simil-SMART per l'analisi qualitativa di algoritmi basati sull'omonimo indice LW.

Algoritmi predefiniti:

• scMAW di M. Crochemore, G. Fici, R. Mercas, S. P. Pissis

Istruzioni

Clonare la repository tramite git clone https://github.com/v1enna/maw-lw-index.git e installare le dipendenze tramite npm i sia in codebase/client che in codebase/api.

Per avviare il client: npm start in codebase/client sulla porta 3000

Per avviare il server: npm start in codebase/server sulla porta 9000

Compilazione

{root}/.pre-install.sh (WSL)

#!/bin/bash

//tar -xvf sdsl-lite.tar.gz
cd sdsl-lite
./install.sh "$(pwd)"/libsdsl
mv libsdsl/ ..

Estrarre manualmente il tar sdsl-lite.tar.gz prima di lanciare bash ./pre-install.sh da WSL. Potrebbe essere necessario convertire l'encoding del file in un formato adatto a Unix. Successivamente, copiare il contenuto di sdsl-lite/libsdsl/include/sdsl in sdsl-lite. Creare, infine, una nuova cartella sdsl nella root di scMAW inserendovi gli stessi file del passo precedente.

Sarà adesso possibile lanciare make -f Makefile.64-bit.gcc e utilizzare ./sc-maw.

Nota: aprire file FASTA con editor di testo non appropriati potrebbe compromettere la lettura del file. Altresì, è possibile aprire i file OUT con qualsiasi software.

Esempio d'uso di scMAW: ./sc-maw -a DNA -i ./data/2.fasta -o 2.fasta.out -k 2 -K 10