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##ApplyVariantCuts="analysis_type=ApplyVariantCuts input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[X] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/b37/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/1kg/processing/allPopulations_chr20_august_release/calls_chrX/ALL/ALL.august.recal.qual50.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=/humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/dbsnp_129_b37.rod downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null useOriginalQualities=false validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false tranches_file=/humgen/1kg/processing/allPopulations_chr20_august_release/calls_chrX/ALL/ALL.august.recal.qual50.dat.tranches out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub fdr_filter_level=0.1"
##BeagleOutputToVCF="analysis_type=BeagleOutputToVCF input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.vcf.bout.ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.beagle.r2, /humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.vcf.bout.ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.beagle.phased.bgl, /humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.vcf.bout.ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.beagle.gprobs.bgl, /humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null useOriginalQualities=false validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub output_file=null nocall_threshold=0.0"
##CombineVariants="analysis_type=CombineVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.refined.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null useOriginalQualities=false validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub genotypemergeoption=UNSORTED variantmergeoption=UNION rod_priority_list=ALL.august.chrX.recal.vrcut.EUR.refined printComplexMerges=false filteredAreUncalled=false minimalVCF=false setKey=set"
##FILTER=<ID=FDRtranche0.10to1.00,Description="FDR tranche level at VSQ Lod: 0.1245 <= x < 0.138">
##FILTER=<ID=FDRtranche1.00to5.00+,Description="FDR tranche level at VQS Lod < 0.0586">
##FILTER=<ID=FDRtranche1.00to5.00,Description="FDR tranche level at VSQ Lod: 0.0586 <= x < 0.1245">
##FILTER=<ID=HARD_TO_VALIDATE,Description="MQ0 >= 4 && (MQ0 / (1.0 * DP)) > 0.1">
##FILTER=<ID=InDel,Description="Overlaps a user-input mask">
##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=OG,Number=1,Type=String,Description="Original Genotype input to Beagle">
##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP Membership">
##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with two (and only two) segregating haplotypes">
##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=NumGenotypesChanged,Number=1,Type=Integer,Description="r2 Value reported by Beagle on each site">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=R2,Number=1,Type=Float,Description="r2 Value reported by Beagle on each site">
##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
##INFO=<ID=VQSLOD,Number=1,Type=Float,Description="log10-scaled probability of variant being true under the trained gaussian mixture model">
##INFO=<ID=set,Number=1,Type=String,Description="Source VCF for the merged record in CombineVariants">
##SelectVariants="analysis_type=SelectVariants input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[X] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.recal.vrcut.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=/humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/dbsnp_129_b37.rod downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null useOriginalQualities=false validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sample=[/humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/EUR.sample.list, HG00098, HG00100, HG00106, HG00112, HG00114, HG00116, HG00117, HG00118, HG00119, HG00120, HG00122, HG00123, HG00124, HG00126, HG00131, HG00141, HG00142, HG00143, HG00144, HG00145, HG00146, HG00147, HG00148, HG00149, HG00150, HG00151, HG00152, HG00153, HG00156, HG00158, HG00159, HG00160, HG00171, HG00173, HG00174, HG00176, HG00177, HG00178, HG00179, HG00180, HG00181, HG00182, HG00183, HG00185, HG00186, HG00187, HG00188, HG00189, HG00190, HG00231, HG00239, HG00242, HG00243, HG00244, HG00245, HG00247, HG00258, HG00262, HG00264, HG00265, HG00266, HG00267, HG00269, HG00270, HG00272, HG00306, HG00308, HG00311, HG00312, HG00357, HG00361, HG00366, HG00367, HG00368, HG00369, HG00372, HG00373, HG00377, HG00380, HG00553, HG00554, HG00637, HG00638, HG00640, NA06984, NA06985, NA06986, NA06989, NA06994, NA07000, NA07037, NA07048, NA07051, NA07056, NA07346, NA07347, NA07357, NA10847, NA10851, NA11829, NA11830, NA11831, NA11832, NA11840, NA11843, NA11881, NA11892, NA11893, NA11894, NA11918, NA11919, NA11920, NA11930, NA11931, NA11932, NA11933, NA11992, NA11993, NA11994, NA11995, NA12003, NA12004, NA12005, NA12006, NA12043, NA12044, NA12045, NA12046, NA12058, NA12144, NA12154, NA12155, NA12156, NA12249, NA12272, NA12273, NA12275, NA12287, NA12340, NA12341, NA12342, NA12347, NA12348, NA12383, NA12399, NA12400, NA12413, NA12414, NA12489, NA12546, NA12716, NA12717, NA12718, NA12749, NA12750, NA12751, NA12761, NA12762, NA12763, NA12775, NA12776, NA12777, NA12778, NA12812, NA12813, NA12814, NA12815, NA12828, NA12830, NA12872, NA12873, NA12874, NA12889, NA12890, NA19648, NA19649, NA19651, NA19652, NA19654, NA19655, NA19658, NA19660, NA19661, NA19678, NA19684, NA19685, NA19720, NA19722, NA19723, NA19725, NA19726, NA20502, NA20505, NA20508, NA20509, NA20510, NA20512, NA20515, NA20516, NA20517, NA20518, NA20519, NA20520, NA20521, NA20522, NA20524, NA20525, NA20526, NA20527, NA20528, NA20529, NA20530, NA20531, NA20532, NA20533, NA20534, NA20535, NA20536, NA20537, NA20538, NA20539, NA20540, NA20541, NA20542, NA20543, NA20544, NA20581, NA20582, NA20585, NA20586, NA20588, NA20589, NA20752, NA20753, NA20754, NA20755, NA20756, NA20757, NA20758, NA20759, NA20760, NA20761, NA20765, NA20769, NA20770, NA20771, NA20772, NA20773, NA20774, NA20775, NA20778, NA20783, NA20785, NA20786, NA20787, NA20790, NA20792, NA20795, NA20796, NA20797, NA20798, NA20799, NA20800, NA20801, NA20802, NA20803, NA20804, NA20805, NA20806, NA20807, NA20808, NA20809, NA20810, NA20811, NA20812, NA20813, NA20814, NA20815, NA20816, NA20818, NA20819, NA20826, NA20828] select_expressions=[] excludeNonVariants=false excludeFiltered=false"
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##VariantFiltration="analysis_type=VariantFiltration input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[X:1-3000000] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/pilot1.dindel.mask.bed, /humgen/1kg/processing/allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.1.raw.vcf] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=/humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/dbsnp_129_b37.rod downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=null useOriginalQualities=false validation_strictness=SILENT unsafe=null num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub filterExpression=[MQ0 >= 4 && (MQ0 / (1.0 * DP)) > 0.1] filterName=[HARD_TO_VALIDATE] genotypeFilterExpression=[] genotypeFilterName=[] clusterSize=3 clusterWindowSize=0 maskName=InDel"
##VariantRecalibrator="analysis_type=VariantRecalibrator input_file=[] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=[X] excludeIntervals=null reference_sequence=/humgen/1kg/reference/b37/human_g1k_v37.fasta rodBind=[/humgen/gsa-hpprojects/GATK/data/Comparisons/Validated/HapMap/3.2/genotypes_r27_nr.hg19_fwd.vcf, /humgen/1kg/processing/allPopulations_chr20_august_release/../allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.1.filtered.vcf, /humgen/1kg/processing/allPopulations_chr20_august_release/../allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.10.filtered.vcf, /humgen/1kg/processing/allPopulations_chr20_august_release/../allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.11.filtered.vcf, /humgen/1kg/processing/allPopulations_chr20_august_release/../allPopulations_wholeGenome_august_release/calls/chrX/ALL.august.chrX.12.filtered.vcf, 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X 60337 . C T 11766.98 PASS AC=413;AF=0.32830;AN=1258;DP=1465;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=207.80;MQ=55.23;MQ0=103;QD=13.48;SB=-4885.24;VQSLOD=1.7125;set=Intersection
X 60356 . A G 1332.75 PASS AC=23;AF=0.0661;AN=348;DP=605;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=286.80;MQ=55.04;MQ0=152;NumGenotypesChanged=40;QD=16.66;R2=0.868;SB=-3806.92;VQSLOD=1.9389;set=Intersection
X 60364 . C G 10866.12 PASS AC=88;AF=0.06995;AN=1258;DP=2331;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=298.09;MQ=54.91;MQ0=123;QD=35.05;SB=-4579.75;VQSLOD=0.4520
X 60425 rs34557243 C A 12645.88 PASS AC=107;AF=0.08506;AN=1258;DB;DP=2402;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=225.18;MQ=59.82;MQ0=81;QD=26.57;SB=-6463.18;VQSLOD=1.4536;set=Intersection
X 60449 . C G 99.69 PASS AC=2;AF=0.0052;AN=388;DP=751;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=207.23;MQ=68.14;MQ0=1;NumGenotypesChanged=23;QD=19.94;R2=0.914;SB=-3951.59;VQSLOD=0.1470;set=Intersection
X 60454 rs28494123 A G 38977.20 PASS AC=587;AF=0.46661;AN=1258;DB;DP=2349;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=210.39;MQ=69.21;MQ0=0;QD=21.62;SB=-18335.94;VQSLOD=0.8353;set=Intersection
X 60466 rs28718810 T C 42355.92 PASS AC=702;AF=0.55803;AN=1258;DB;DP=2301;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=211.65;MQ=70.86;MQ0=0;QD=21.59;SB=-18886.28;VQSLOD=1.7523;set=Intersection
X 60531 . C G 51.27 PASS AC=2;AF=0.0052;AN=388;DP=755;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=234.62;MQ=67.39;MQ0=0;NumGenotypesChanged=27;QD=12.82;R2=0.928;SB=-3839.77;VQSLOD=0.2646;set=Intersection
X 60579 rs35793405 G A 34209.16 PASS AC=572;AF=0.45469;AN=1258;DB;DP=2057;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=156.64;MQ=66.65;MQ0=0;QD=23.92;SB=-16102.73;VQSLOD=2.2837;set=Intersection
X 60604 rs34478735 G A 12505.81 PASS AC=104;AF=0.08267;AN=1258;DB;DP=2193;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=191.02;MQ=67.07;MQ0=1;QD=30.21;SB=-5997.27;VQSLOD=1.8577;set=Intersection
X 60612 . C T 437.93 PASS AC=6;AF=0.0082;AN=736;DP=1463;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=221.29;MQ=68.14;MQ0=1;QD=13.27;SB=-3738.62;VQSLOD=0.5643
X 60688 . G C 556.77 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=709;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=264.64;MQ=69.19;MQ0=0;NumGenotypesChanged=15;QD=10.51;R2=0.892;SB=-3840.78;VQSLOD=1.6011;set=Intersection
X 60692 rs28419004 T C 38427.42 PASS AC=585;AF=0.46502;AN=1258;DB;DP=2319;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=265.69;MQ=69.25;MQ0=0;QD=22.12;SB=-16414.84;VQSLOD=0.5736;set=Intersection
X 60727 . G A 1446.27 PASS AC=22;AF=0.0632;AN=348;DP=716;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=264.69;MQ=74.78;MQ0=0;NumGenotypesChanged=27;QD=13.03;R2=0.908;SB=-4164.00;VQSLOD=2.0135;set=Intersection
X 60766 . G T 247.15 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=920;DP=1838;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=288.98;MQ=74.09;MQ0=0;QD=15.45;SB=-4091.10;VQSLOD=0.5185
X 60772 . A C 54.23 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=920;DP=1966;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=272.93;MQ=73.44;MQ0=0;QD=9.04;SB=-4100.04;VQSLOD=0.5088
X 60814 rs28615667 G C 15155.40 PASS AC=87;AF=0.06916;AN=1258;DB;DP=2985;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=204.57;MQ=79.00;MQ0=0;QD=31.31;SB=-7494.97;VQSLOD=2.2682;set=Intersection
X 60844 . T C 800.42 PASS AC=8;AF=0.0088;AN=904;DP=2046;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=308.88;MQ=86.99;MQ0=0;QD=13.80;SB=-4694.46;VQSLOD=1.5728
X 60882 rs28705946 T G 43354.30 PASS AC=586;AF=0.46582;AN=1258;DB;DP=2572;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=346.31;MQ=77.49;MQ0=0;QD=22.67;SB=-18825.60;VQSLOD=0.2912;set=Intersection
X 60888 rs28405906 G A 2974.34 PASS AC=50;AF=0.0553;AN=904;DB;DP=1739;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=367.60;MQ=77.20;MQ0=0;QD=11.76;SB=-4950.47;VQSLOD=1.1842;set=Intersection
X 60909 . G A 1410.69 PASS AC=21;AF=0.0603;AN=348;DP=645;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=292.82;MQ=73.78;MQ0=0;NumGenotypesChanged=27;QD=14.54;R2=0.971;SB=-3976.08;VQSLOD=1.9436;set=Intersection
X 60930 . C T 1076.23 PASS AC=16;AF=0.0177;AN=904;DP=1426;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=317.39;MQ=73.86;MQ0=0;QD=12.37;SB=-3770.85;VQSLOD=1.5060;set=Intersection
X 61009 . C T 228.88 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=544;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=351.46;MQ=67.99;MQ0=0;NumGenotypesChanged=28;QD=9.54;R2=0.709;SB=-3313.73;VQSLOD=0.2814;set=Intersection
X 61029 rs28584281 C G 10093.92 PASS AC=83;AF=0.0918;AN=904;DB;DP=1434;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=229.38;MQ=68.64;MQ0=0;QD=34.81;SB=-4933.98;VQSLOD=1.7618;set=Intersection
X 61043 . G C 274.86 PASS AC=4;AF=0.0044;AN=904;DP=1432;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=302.38;MQ=71.42;MQ0=0;QD=13.09;SB=-3442.84;VQSLOD=1.0652
X 61147 . G A 944.88 PASS AC=18;AF=0.0517;AN=348;DP=685;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=298.27;MQ=74.73;MQ0=0;NumGenotypesChanged=23;QD=11.96;R2=0.785;SB=-4247.15;VQSLOD=1.6522;set=Intersection
X 61246 rs28535125 A T 10415.27 PASS AC=101;AF=0.08029;AN=1258;DB;DP=1855;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=215.13;MQ=73.52;MQ0=0;QD=35.67;SB=-5029.35;VQSLOD=1.7645;set=Intersection
X 61344 . C G 416.75 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=701;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=210.71;MQ=72.81;MQ0=0;NumGenotypesChanged=15;QD=14.37;R2=0.977;SB=-3546.77;VQSLOD=1.4595;set=Intersection
X 61403 rs28694468 G A 10805.63 PASS AC=83;AF=0.06598;AN=1258;DB;DP=2320;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=248.25;MQ=78.52;MQ0=0;QD=31.69;SB=-4976.18;VQSLOD=1.6208;set=Intersection
X 61426 rs28714389 G C 2860.62 PASS AC=49;AF=0.03895;AN=1258;DB;DP=2610;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=278.44;MQ=79.44;MQ0=0;QD=10.84;SB=-4250.73;VQSLOD=2.3843;set=Intersection
X 61433 rs28452968 T C 2017.64 PASS AC=68;AF=0.05405;AN=1258;DB;DP=2601;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=263.71;MQ=78.43;MQ0=0;QD=7.53;SB=-4036.84;VQSLOD=1.5993;set=Intersection
X 61437 . G T 394.23 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=785;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=289.03;MQ=78.00;MQ0=0;NumGenotypesChanged=19;QD=16.43;R2=0.937;SB=-3761.16;VQSLOD=0.7897;set=Intersection
X 61929 rs57488339 T C 26443.04 PASS AC=423;AF=0.33625;AN=1258;DB;DP=2248;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=265.45;MQ=58.42;MQ0=138;QD=19.15;SB=-10693.61;VQSLOD=0.5426;set=Intersection
X 61938 . C T 1886.85 PASS AC=33;AF=0.0365;AN=904;DP=1621;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=386.53;MQ=58.02;MQ0=138;QD=13.48;SB=-4341.28;VQSLOD=0.8252;set=Intersection
X 61975 . C G 11292.70 PASS AC=74;AF=0.05882;AN=1258;DP=2390;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=290.02;MQ=66.46;MQ0=6;QD=39.62;SB=-5689.24;VQSLOD=0.4408;set=Intersection
X 62027 . C T 9776.64 PASS AC=70;AF=0.05564;AN=1258;DP=2618;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=249.19;MQ=69.00;MQ0=9;QD=36.48;SB=-5311.04;VQSLOD=0.8929;set=Intersection
X 62053 . G A 286.76 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=753;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=197.10;MQ=67.90;MQ0=12;NumGenotypesChanged=19;QD=13.03;R2=0.812;SB=-3933.40;VQSLOD=1.3852;set=Intersection
X 62079 . C G 15657.38 PASS AC=97;AF=0.07711;AN=1258;DP=2837;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=261.84;MQ=69.19;MQ0=10;QD=29.00;SB=-7796.10;VQSLOD=0.9167;set=Intersection
X 62093 . T C 529.55 PASS AC=4;AF=0.0054;AN=736;DP=1691;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=223.67;MQ=66.79;MQ0=30;QD=12.92;SB=-4247.95;VQSLOD=1.9140
X 62163 rs28406733 G A 36186.20 PASS AC=623;AF=0.49523;AN=1258;DB;DP=1925;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=315.84;MQ=70.52;MQ0=15;QD=25.61;SB=-16645.86;VQSLOD=0.1938;set=Intersection
X 62165 . T C 9927.26 PASS AC=82;AF=0.06518;AN=1258;DP=1980;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=322.86;MQ=71.05;MQ0=12;QD=30.45;SB=-4898.92;VQSLOD=0.3992;set=Intersection
X 62251 . C G 74.71 PASS AC=1;AF=0.0029;AN=348;DP=502;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=153.72;MQ=71.36;MQ0=16;NumGenotypesChanged=20;QD=18.68;R2=0.859;SB=-3222.14;VQSLOD=0.1925;set=Intersection
X 62257 . C G 9493.45 PASS AC=119;AF=0.09459;AN=1258;DP=1761;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=136.00;MQ=73.84;MQ0=16;QD=36.51;SB=-3387.60;VQSLOD=0.6581;set=Intersection
X 62321 rs28503286 T C 27377.36 PASS AC=667;AF=0.53021;AN=1258;DB;DP=1657;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=164.54;MQ=73.82;MQ0=0;QD=22.72;SB=-11668.27;VQSLOD=1.0112;set=Intersection
X 62411 rs62581347 C G 21905.08 PASS AC=351;AF=0.27901;AN=1258;DB;DP=1916;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=276.67;MQ=61.99;MQ0=40;QD=27.48;SB=-9617.21;VQSLOD=0.7530;set=Intersection
X 62417 rs28630506 G T 1817.05 PASS AC=42;AF=0.1207;AN=348;DB;DP=627;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=284.17;MQ=61.49;MQ0=41;NumGenotypesChanged=38;QD=13.07;R2=0.909;SB=-3463.43;VQSLOD=2.5413;set=Intersection
X 62468 rs28536752 T C 10441.57 PASS AC=121;AF=0.09618;AN=1258;DB;DP=1401;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=504.75;MQ=54.98;MQ0=265;QD=23.62;SB=-4484.38;VQSLOD=0.2910
X 62568 . C T 1690.17 PASS AC=41;AF=0.0454;AN=904;DP=1308;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=190.10;MQ=59.12;MQ0=153;QD=12.34;SB=-4015.98;VQSLOD=2.0939;set=Intersection
X 62583 . C T 2363.44 PASS AC=41;AF=0.0454;AN=904;DP=1477;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=261.92;MQ=65.47;MQ0=20;QD=15.35;SB=-4272.51;VQSLOD=2.1335;set=Intersection
X 62591 rs28576869 G C 42648.48 PASS AC=585;AF=0.46502;AN=1258;DB;DP=2138;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=252.19;MQ=64.64;MQ0=11;QD=26.74;SB=-19730.53;VQSLOD=0.9336;set=Intersection
X 62598 . C A 301.38 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=650;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=190.88;MQ=64.26;MQ0=20;NumGenotypesChanged=22;QD=8.15;R2=0.906;SB=-3633.32;VQSLOD=1.0343;set=Intersection
X 62615 rs28491545 A C 31840.09 PASS AC=589;AF=0.46820;AN=1258;DB;DP=2078;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=197.50;MQ=60.47;MQ0=21;QD=20.29;SB=-13077.99;VQSLOD=1.7207;set=Intersection
X 62632 . C T 1164.57 PASS AC=36;AF=0.1034;AN=348;DP=558;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=237.99;MQ=58.77;MQ0=5;NumGenotypesChanged=36;QD=10.88;R2=0.91;SB=-3869.25;VQSLOD=1.5031;set=Intersection
X 62650 . C T 11642.96 PASS AC=99;AF=0.07870;AN=1258;DP=1889;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=193.33;MQ=58.07;MQ0=61;QD=31.64;SB=-5899.15;VQSLOD=1.4446;set=Intersection
X 62675 . C T 291.61 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=437;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=247.99;MQ=69.19;MQ0=6;NumGenotypesChanged=35;QD=19.44;R2=0.788;SB=-2585.30;VQSLOD=0.5097;set=Intersection
X 62707 . C A 61.50 PASS AC=1;AF=0.00079;AN=1258;DP=2013;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=151.72;MQ=69.08;MQ0=0;QD=7.69;SB=-3366.84;VQSLOD=0.4883
X 62729 . C G 78.71 PASS AC=1;AF=0.0018;AN=566;DP=862;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=193.34;MQ=65.27;MQ0=0;NumGenotypesChanged=36;QD=15.74;R2=0.854;SB=-3561.48;VQSLOD=0.4918;set=Intersection
X 62779 . G A 10987.94 PASS AC=81;AF=0.06439;AN=1258;DP=2073;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=191.73;MQ=56.40;MQ0=44;QD=34.23;SB=-4979.04;VQSLOD=1.2379;set=Intersection
X 62786 . G T 152.73 PASS AC=5;AF=0.0068;AN=736;DP=1156;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=271.26;MQ=56.23;MQ0=21;QD=7.27;SB=-3213.52;VQSLOD=0.4654
X 62789 . A C 56.60 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=920;DP=1507;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=286.79;MQ=57.27;MQ0=10;QD=4.35;SB=-3526.01;VQSLOD=0.2710
X 62819 rs28578105 T G 12909.59 PASS AC=148;AF=0.11765;AN=1258;DB;DP=1860;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=356.45;MQ=64.04;MQ0=10;QD=24.92;SB=-5851.92;VQSLOD=0.7075;set=Intersection
X 62852 . G C 591.23 PASS AC=14;AF=0.0402;AN=348;DP=426;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=286.26;MQ=61.93;MQ0=26;NumGenotypesChanged=34;QD=13.75;R2=0.767;SB=-2960.18;VQSLOD=0.9300;set=Intersection
X 62873 . C T 356.03 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=404;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=206.69;MQ=57.26;MQ0=55;NumGenotypesChanged=39;QD=17.80;R2=0.89;SB=-2948.07;VQSLOD=1.6424;set=Intersection
X 62919 . T C 13451.28 PASS AC=245;AF=0.19475;AN=1258;DP=1688;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=221.98;MQ=59.70;MQ0=26;QD=31.07;SB=-5241.24;VQSLOD=1.0838;set=Intersection
X 62926 . C G 1788.58 PASS AC=36;AF=0.02862;AN=1258;DP=1761;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=225.16;MQ=59.79;MQ0=15;QD=15.42;SB=-3539.08;VQSLOD=2.2643;set=Intersection
X 63047 . A G 2077.09 PASS AC=81;AF=0.06439;AN=1258;DP=1185;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=245.70;MQ=44.01;MQ0=307;QD=8.91;SB=-2766.14;VQSLOD=0.3192;set=Intersection
X 63055 . G A 530.15 PASS AC=11;AF=0.0122;AN=904;DP=932;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=238.80;MQ=45.14;MQ0=304;QD=12.33;SB=-2375.94;VQSLOD=0.4777
X 63116 . T G 12852.14 PASS AC=190;AF=0.15103;AN=1258;DP=1850;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=211.32;MQ=56.93;MQ0=19;QD=25.65;SB=-5685.18;VQSLOD=1.3269;set=Intersection
X 63147 . G A 2565.81 PASS AC=59;AF=0.04690;AN=1258;DP=1989;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=186.72;MQ=54.56;MQ0=88;QD=10.52;SB=-4305.46;VQSLOD=1.4127;set=Intersection
X 63158 . C T 33096.07 PASS AC=521;AF=0.41415;AN=1258;DP=2022;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=205.82;MQ=55.18;MQ0=43;QD=24.52;SB=-12467.59;VQSLOD=0.4758;set=Intersection
X 63253 . T G 13540.44 PASS AC=152;AF=0.12083;AN=1258;DP=1869;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=157.64;MQ=64.11;MQ0=3;QD=25.89;SB=-5785.62;VQSLOD=0.8326;set=Intersection
X 63262 . G C 65.37 PASS AC=2;AF=0.0027;AN=736;DP=1051;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=183.60;MQ=67.39;MQ0=2;QD=10.90;SB=-3327.03;VQSLOD=0.5552;set=Intersection
X 63347 . G A 10282.67 PASS AC=119;AF=0.09459;AN=1258;DP=1605;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=137.24;MQ=55.52;MQ0=118;QD=30.24;SB=-3919.56;VQSLOD=0.7222;set=Intersection
X 63367 . G C 820.39 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DP=432;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=177.97;MQ=58.88;MQ0=46;NumGenotypesChanged=42;QD=17.83;R2=0.832;SB=-3028.98;VQSLOD=1.9883;set=Intersection
X 63376 . T C 1644.55 PASS AC=44;AF=0.03498;AN=1258;DP=1651;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=177.27;MQ=62.75;MQ0=8;QD=9.34;SB=-3286.33;VQSLOD=1.2510;set=Intersection
X 63534 rs28522163 G A 19416.49 PASS AC=671;AF=0.53339;AN=1258;DB;DP=913;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=158.27;MQ=54.72;MQ0=18;QD=25.85;SB=-5243.38;VQSLOD=2.3105;set=Intersection
X 63717 rs28494486 C T 7365.72 PASS AC=363;AF=0.28855;AN=1258;DB;DP=521;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=309.12;MQ=44.06;MQ0=54;QD=24.97;SB=-1487.87;VQSLOD=0.5744;set=Intersection
X 64352 rs28679710 C G 8729 PASS AC=148;AF=0.11765;AN=1258;DB;DP=1417;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=214.70;MQ=40.27;MQ0=146;QD=28.53;SB=-3172.85;VQSLOD=1.2303;set=Intersection
X 64356 rs28372078 A T 8491.21 PASS AC=142;AF=0.11288;AN=1258;DB;DP=1658;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=204.81;MQ=41.44;MQ0=92;QD=26.79;SB=-3154.93;VQSLOD=1.3269;set=Intersection
X 64389 . A G 1874.38 PASS AC=35;AF=0.02782;AN=1258;DP=1943;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=235.23;MQ=39.90;MQ0=82;QD=7.65;SB=-2975.89;VQSLOD=0.4257;set=Intersection
X 64612 . C G 2333.50 PASS AC=310;AF=0.24642;AN=1258;DP=611;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=158.42;MQ=42.65;MQ0=22;QD=16.43;SB=-1954.88;VQSLOD=0.1928;set=Intersection
X 64873 . C T 15954.73 PASS AC=400;AF=0.31797;AN=1258;DP=1056;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=319.93;MQ=61.33;MQ0=0;QD=27.41;SB=-4818.06;VQSLOD=0.4611;set=Intersection
X 64891 . G A 15142.57 PASS AC=395;AF=0.31399;AN=1258;DP=1179;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=223.15;MQ=60.97;MQ0=0;QD=23.51;SB=-5164.75;VQSLOD=1.1666;set=Intersection
X 64932 . C A 2211.03 PASS AC=42;AF=0.03339;AN=1258;DP=1549;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=197.87;MQ=60.64;MQ0=0;QD=6.66;SB=-2984.58;VQSLOD=0.4469;set=Intersection
X 65021 . G A 8925.23 PASS AC=100;AF=0.1106;AN=904;DP=1199;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=287.48;MQ=63.19;MQ0=0;QD=38.64;SB=-3965.47;VQSLOD=0.1906;set=Intersection
X 65077 . A C 288.03 PASS AC=9;AF=0.00715;AN=1258;DP=1792;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=231.00;MQ=69.15;MQ0=0;QD=3.10;SB=-3025.57;VQSLOD=0.3336
X 65142 . C T 327.77 PASS AC=8;AF=0.00636;AN=1258;DP=1769;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=201.54;MQ=68.18;MQ0=0;QD=3.15;SB=-2986.69;VQSLOD=0.3480
X 65392 . G A 7371.89 PASS AC=331;AF=0.26312;AN=1258;DP=632;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=250.30;MQ=43.03;MQ0=362;QD=23.48;SB=-1386.03;VQSLOD=0.5316;set=Intersection
X 65493 . A G 2848.42 PASS AC=289;AF=0.22973;AN=1258;DP=1001;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=152.32;MQ=43.41;MQ0=33;QD=13.76;SB=-2162.18;VQSLOD=0.8466;set=Intersection
X 65502 . C T 74.18 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=238;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=111.75;MQ=42.33;MQ0=92;NumGenotypesChanged=78;QD=24.73;R2=0.738;SB=-1540.04;VQSLOD=0.2161;set=Intersection
X 65809 rs7472121 T C 517.18 PASS AC=26;AF=0.02067;AN=1258;DB;DP=742;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=99.79;MQ=48.35;MQ0=16;QD=23.51;SB=-1191.65;VQSLOD=0.5785;set=Intersection
X 65977 rs7473084 T C 105.91 PASS AC=1;AF=0.0014;AN=736;DB;DP=696;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=122.56;MQ=43.73;MQ0=16;QD=13.24;SB=-1693.70;VQSLOD=0.7073
X 66042 rs7474154 C T 268.44 PASS AC=11;AF=0.0149;AN=736;DB;DP=656;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=105.01;MQ=43.46;MQ0=90;QD=20.65;SB=-1830.01;VQSLOD=1.2936;set=Intersection
X 68663 . C T 63.88 PASS AC=536;AF=0.5929;AN=904;DP=44;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=128.02;MQ=57.65;MQ0=30;QD=21.29;SB=-50.01;VQSLOD=0.3038;set=Intersection
X 68669 . T A 88.69 PASS AC=352;AF=0.3826;AN=920;DP=30;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=108.68;MQ=50.37;MQ0=51;QD=22.17;SB=-63.04;VQSLOD=0.5387;set=Intersection
X 70518 . A T 340.65 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=638;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=194.80;MQ=64.73;MQ0=0;NumGenotypesChanged=49;QD=17.93;R2=0.803;SB=-3114.93;VQSLOD=2.0139;set=Intersection
X 70532 . T C 295.15 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=660;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=215.55;MQ=65.43;MQ0=0;NumGenotypesChanged=45;QD=8.43;R2=0.702;SB=-3132.37;VQSLOD=0.3857;set=Intersection
X 70560 . C A 731.20 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=904;DP=1203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=291.14;MQ=69.49;MQ0=0;QD=14.92;SB=-2952.53;VQSLOD=0.5250
X 71376 . G A 1067.29 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DP=548;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=173.71;MQ=38.64;MQ0=224;NumGenotypesChanged=40;QD=14.04;R2=0.708;SB=-3245.32;VQSLOD=2.1324;set=Intersection
X 71537 rs6649907 C T 778.29 PASS AC=19;AF=0.0546;AN=348;DB;DP=478;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=183.11;MQ=41.95;MQ0=37;NumGenotypesChanged=58;QD=11.97;R2=0.676;SB=-2695.53;VQSLOD=2.1524;set=Intersection
X 72189 rs7057080 C G 2571.57 PASS AC=73;AF=0.05803;AN=1258;DB;DP=395;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=103.11;MQ=16.54;MQ0=1216;QD=11.28;SB=-1792.75;VQSLOD=0.4410;set=Intersection
X 73327 . T G 8243.29 PASS AC=186;AF=0.14785;AN=1258;DP=839;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=150.99;MQ=33.14;MQ0=600;QD=21.98;SB=-3406.96;VQSLOD=1.1069
X 73971 rs12401259 G A 1850.07 PASS AC=160;AF=0.12719;AN=1258;DB;DP=583;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=135.70;MQ=35.98;MQ0=495;QD=13.91;SB=-1779.03;VQSLOD=0.9651;set=Intersection
X 74076 rs7050656 G A 160.51 PASS AC=337;AF=0.9684;AN=348;DB;DP=15;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=101.16;MQ=21.71;MQ0=1222;NumGenotypesChanged=168;QD=20.06;R2=0.387;SB=-10.03;VQSLOD=0.6543;set=Intersection
X 75359 rs6649900 A G 207.17 PASS AC=10;AF=0.0136;AN=736;DB;DP=650;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=120.73;MQ=41.55;MQ0=37;QD=9.87;SB=-1726.05;VQSLOD=0.2207;set=Intersection
X 75941 rs6608419 A G 498.52 PASS AC=19;AF=0.0258;AN=736;DB;DP=889;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=256.67;MQ=40.43;MQ0=9;QD=8.17;SB=-2291.42;VQSLOD=0.8710;set=Intersection
X 76246 . T A 2099.85 PASS AC=36;AF=0.1034;AN=348;DP=574;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=278.31;MQ=36.89;MQ0=662;NumGenotypesChanged=49;QD=11.35;R2=0.822;SB=-3374.47;VQSLOD=1.1562;set=Intersection
X 76263 . C A 1874.95 PASS AC=30;AF=0.0862;AN=348;DP=450;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=288.14;MQ=33.33;MQ0=1055;NumGenotypesChanged=68;QD=12.42;R2=0.803;SB=-2785.71;VQSLOD=0.9882;set=Intersection
X 76425 rs35672226 C A 1385.31 PASS AC=38;AF=0.03021;AN=1258;DB;DP=1058;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=284.28;MQ=22.94;MQ0=1403;QD=6.79;SB=-2154.22;VQSLOD=0.5441;set=Intersection
X 76473 . A G 6872.92 PASS AC=173;AF=0.13752;AN=1258;DP=879;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=280.80;MQ=23.90;MQ0=1077;QD=25.74;SB=-2577.06;VQSLOD=0.3650;set=Intersection
X 76492 . C G 12347.72 PASS AC=182;AF=0.14467;AN=1258;DP=1228;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=174.32;MQ=24.12;MQ0=820;QD=26.27;SB=-5128.77;VQSLOD=1.4883;set=Intersection
X 76532 . G C 1472.52 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=508;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=398.23;MQ=24.88;MQ0=692;NumGenotypesChanged=64;QD=13.89;R2=0.693;SB=-3184.36;VQSLOD=0.1736;set=Intersection
X 76541 . G C 1191.03 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=479;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=344.08;MQ=22.91;MQ0=958;NumGenotypesChanged=61;QD=14.18;R2=0.701;SB=-2650.02;VQSLOD=0.3235;set=Intersection
X 76883 rs28536534 C T 20617.84 PASS AC=1258;AF=1.00000;AN=1258;DB;DP=530;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=51.94;MQ=25.87;MQ0=351;QD=24.23;R2=NaN;SB=-9407.07;VQSLOD=0.9038;set=Intersection
X 77891 . A T 12539.11 PASS AC=574;AF=0.45628;AN=1258;DP=886;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=159.46;MQ=33.29;MQ0=116;QD=25.33;SB=-938.78;VQSLOD=1.1155;set=Intersection
X 78217 . G A 591.90 PASS AC=13;AF=0.01033;AN=1258;DP=2801;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=286.39;MQ=45.05;MQ0=86;QD=7.89;SB=-2923.23;VQSLOD=0.3311;set=Intersection
X 78229 . A G 225.22 PASS AC=5;AF=0.00397;AN=1258;DP=2887;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=261.48;MQ=42.88;MQ0=70;QD=7.27;SB=-2849.61;VQSLOD=0.3749
X 78245 . G C 106.20 PASS AC=2;AF=0.0035;AN=566;DP=783;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=247.47;MQ=35.93;MQ0=343;NumGenotypesChanged=92;QD=15.17;R2=0.755;SB=-2850.00;VQSLOD=1.0928;set=Intersection
X 78306 . A G 6531.16 PASS AC=308;AF=0.24483;AN=1258;DP=696;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.55;MQ=19.20;MQ0=1637;QD=16.53;SB=-2307.74;VQSLOD=0.5658
X 85928 . A T 991.53 PASS AC=16;AF=0.0174;AN=920;DP=1538;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=267.59;MQ=25.52;MQ0=578;QD=16.25;SB=-2786.45;VQSLOD=1.3495;set=Intersection
X 86472 . G A 66.02 PASS AC=333;AF=0.4524;AN=736;DP=24;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=112.96;MQ=27.74;MQ0=562;QD=22.01;SB=-40.18;VQSLOD=0.3430;set=Intersection
X 91944 . C G 17252.71 PASS AC=444;AF=0.35294;AN=1258;DP=1170;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=158.53;MQ=34.65;MQ0=294;QD=21.49;SB=-6099.41;VQSLOD=1.0701;set=Intersection
X 92089 rs28572145 A T 9671.14 PASS AC=592;AF=0.47059;AN=1258;DB;DP=889;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=288.63;MQ=38.12;MQ0=239;QD=14.77;SB=-2051.79;VQSLOD=0.8532;set=Intersection
X 92237 rs28568857 A C 14776.40 PASS AC=1239;AF=0.98490;AN=1258;DB;DP=432;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=150.12;MQ=40.46;MQ0=246;QD=15.34;SB=-3235.33;VQSLOD=2.5806;set=Intersection
X 92338 rs28406881 A C 612.46 PASS AC=40;AF=0.03180;AN=1258;DB;DP=2218;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=368.97;MQ=28.94;MQ0=659;QD=7.29;SB=-2973.78;VQSLOD=0.6512;set=Intersection
X 144876 . G A 76.02 PASS AC=2;AF=0.0027;AN=736;DP=140;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.40;MQ=34.32;MQ0=28;QD=25.34;SB=-310.04;VQSLOD=0.4783;set=Intersection
X 145388 rs28377933 A G 9604.76 PASS AC=207;AF=0.16455;AN=1258;DB;DP=813;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=79.10;MQ=31.25;MQ0=298;QD=28.50;SB=-4120.06;VQSLOD=2.0374;set=Intersection
X 145445 rs28422153 T C 6307.03 PASS AC=205;AF=0.16296;AN=1258;DB;DP=630;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=75.83;MQ=29.29;MQ0=375;QD=24.54;SB=-2426.39;VQSLOD=1.6463;set=Intersection
X 150272 rs6649907 T C 793.40 PASS AC=41;AF=0.0557;AN=736;DB;DP=599;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.33;MQ=36.06;MQ0=12;QD=11.50;SB=-1994.04;VQSLOD=0.6187;set=Intersection
X 150530 . C T 944.64 PASS AC=45;AF=0.0498;AN=904;DP=271;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=270.60;MQ=26.12;MQ0=387;QD=21.97;SB=-998.63;VQSLOD=0.1762;set=Intersection
X 150564 rs6649905 A G 239.29 PASS AC=6;AF=0.00477;AN=1258;DB;DP=441;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=194.89;MQ=27.72;MQ0=353;QD=15.95;SB=-816.34;VQSLOD=0.3419
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X 153977 rs28609999 G C 2050.15 PASS AC=181;AF=0.14388;AN=1258;DB;DP=291;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=104.60;MQ=23.04;MQ0=709;QD=13.85;SB=-1411.98;VQSLOD=0.2147;set=Intersection
X 154366 . C A 6629.16 PASS AC=206;AF=0.16375;AN=1258;DP=514;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=214.90;MQ=24.25;MQ0=588;QD=23.02;SB=-2206.89;VQSLOD=0.9129;set=Intersection
X 154675 rs6608419 G A 711.33 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DB;DP=327;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=129.78;MQ=33.68;MQ0=11;NumGenotypesChanged=83;QD=24.53;R2=0.617;SB=-1522.29;VQSLOD=1.8851;set=Intersection
X 154678 . A G 11480.56 PASS AC=285;AF=0.22655;AN=1258;DP=898;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=134.13;MQ=32.79;MQ0=61;QD=27.14;SB=-5037.19;VQSLOD=1.5297;set=Intersection
X 154746 . A T 9655.47 PASS AC=231;AF=0.18362;AN=1258;DP=801;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=78.71;MQ=32.92;MQ0=105;QD=33.07;SB=-3926.28;VQSLOD=0.9928;set=Intersection
X 154996 rs28469748 T C 15302.04 PASS AC=213;AF=0.16932;AN=1258;DB;DP=1745;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=291.01;MQ=33.15;MQ0=493;QD=10.76;SB=-1520.54;VQSLOD=0.1605;set=Intersection
X 155944 rs7876355 C A 11084.66 PASS AC=60;AF=0.04769;AN=1258;DB;DP=1758;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=397.58;MQ=35.55;MQ0=680;QD=20.95;SB=-5243.98;VQSLOD=0.7522;set=Intersection
X 156026 rs7890039 A C 10600.35 PASS AC=238;AF=0.18919;AN=1258;DB;DP=1315;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=245.24;MQ=48.12;MQ0=336;QD=13.78;SB=-5124.84;VQSLOD=2.2574;set=Intersection
X 156174 rs6649884 T A 1873.04 PASS AC=161;AF=0.12798;AN=1258;DB;DP=1397;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=197.63;MQ=46.25;MQ0=109;QD=7.49;SB=-2702.27;VQSLOD=1.0808;set=Intersection
X 156273 rs6608415 A T 212.33 PASS AC=11;AF=0.00874;AN=1258;DB;DP=1271;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=227.49;MQ=50.68;MQ0=33;QD=8.85;SB=-1974.49;VQSLOD=0.6814;set=Intersection
X 156755 rs6423167 T C 6505.57 PASS AC=253;AF=0.20111;AN=1258;DB;DP=1182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=138.20;MQ=31.95;MQ0=221;QD=23.07;SB=-1784.52;VQSLOD=1.7803;set=Intersection
X 156900 rs6608410 A G 10443.22 PASS AC=417;AF=0.33148;AN=1258;DB;DP=1097;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=386.57;MQ=33.13;MQ0=333;QD=20.01;SB=-2507.41;VQSLOD=0.4128;set=Intersection
X 156928 rs6608409 A C 8363.47 PASS AC=450;AF=0.35771;AN=1258;DB;DP=1045;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=220.07;MQ=32.21;MQ0=465;QD=17.10;SB=-2126.08;VQSLOD=1.0558;set=Intersection
X 157243 rs7391603 T C 12193.26 PASS AC=98;AF=0.07790;AN=1258;DB;DP=3464;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=482.01;MQ=26.12;MQ0=921;QD=15.02;SB=-6378.75;VQSLOD=0.2340;set=Intersection
X 157367 . G A 11007.90 PASS AC=181;AF=0.14388;AN=1258;DP=1252;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=337.61;MQ=27.21;MQ0=1444;QD=15.48;SB=-2562.65;VQSLOD=0.2973;set=Intersection
X 157386 . C T 15984.32 PASS AC=517;AF=0.41097;AN=1258;DP=1361;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=171.25;MQ=35.74;MQ0=294;QD=19.47;SB=-2691.92;VQSLOD=0.9658;set=Intersection
X 159448 rs58189546 A G 8702.23 PASS AC=341;AF=0.27107;AN=1258;DB;DP=1235;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=355.49;MQ=37.55;MQ0=244;QD=16.27;SB=-2965.32;VQSLOD=0.5163;set=Intersection
X 159467 . G C 8542.95 PASS AC=449;AF=0.35692;AN=1258;DP=1337;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=241.07;MQ=35.78;MQ0=336;QD=20.49;SB=-2835.10;VQSLOD=1.1911;set=Intersection
X 160196 rs6608404 C G 9123.24 PASS AC=360;AF=0.28617;AN=1258;DB;DP=1039;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=414.49;MQ=41.19;MQ0=132;QD=24.14;SB=-3377.40;VQSLOD=0.4671;set=Intersection
X 161222 . G A 13233.54 PASS AC=299;AF=0.23768;AN=1258;DP=1684;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=345.63;MQ=27.78;MQ0=844;QD=14.66;SB=-4617.16;VQSLOD=0.9282;set=Intersection
X 161237 rs6608394 G A 14243.13 PASS AC=539;AF=0.42846;AN=1258;DB;DP=1349;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=440.35;MQ=30.71;MQ0=360;QD=16.17;SB=-2244.22;VQSLOD=0.1760;set=Intersection
X 161256 rs28538399 C T 8221.11 PASS AC=287;AF=0.22814;AN=1258;DB;DP=1199;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=308.28;MQ=23.86;MQ0=1363;QD=12.81;SB=-2390.71;VQSLOD=1.0883;set=Intersection
X 161330 rs6423166 T C 30934.53 PASS AC=715;AF=0.56836;AN=1258;DB;DP=1763;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=228.90;MQ=36.05;MQ0=264;QD=20.99;SB=-9359.63;VQSLOD=1.7747;set=Intersection
X 161340 rs6608393 T C 132.73 PASS AC=4;AF=0.00318;AN=1258;DB;DP=1980;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=302.83;MQ=35.37;MQ0=266;QD=2.65;SB=-2497.05;VQSLOD=0.6966
X 162192 . A G 1697.25 PASS AC=147;AF=0.11685;AN=1258;DP=1484;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=169.52;MQ=45.26;MQ0=146;QD=11.24;SB=-2933.58;VQSLOD=0.5030
X 164068 rs28456049 G A 8552.23 PASS AC=430;AF=0.34181;AN=1258;DB;DP=1124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=321.44;MQ=25.87;MQ0=395;QD=20.61;SB=-2327.43;VQSLOD=0.7443;set=Intersection
X 164226 rs6649847 G A 22941.08 PASS AC=551;AF=0.43800;AN=1258;DB;DP=1714;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=295.49;MQ=29.21;MQ0=368;QD=16.86;SB=-8148.59;VQSLOD=0.5335;set=Intersection
X 164310 rs6649846 G T 21482.17 PASS AC=613;AF=0.48728;AN=1258;DB;DP=1863;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=560.04;MQ=34.31;MQ0=265;QD=13.93;SB=-9009.05;VQSLOD=0.1889;set=Intersection
X 164693 rs28516488 T C 1560.17 PASS AC=37;AF=0.02941;AN=1258;DB;DP=1713;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=283.51;MQ=32.09;MQ0=691;QD=3.81;SB=-2258.06;VQSLOD=0.6685;set=Intersection
X 164715 rs6649874 C T 7167.45 PASS AC=259;AF=0.20588;AN=1258;DB;DP=1212;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=166.70;MQ=41.41;MQ0=213;QD=27.15;SB=-2514.36;VQSLOD=2.0863;set=Intersection
X 164742 rs6649873 T G 12435.98 PASS AC=707;AF=0.56200;AN=1258;DB;DP=1163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=154.64;MQ=46.84;MQ0=163;QD=22.29;SB=-4627.54;VQSLOD=2.2107;set=Intersection
X 164772 rs6649845 T C 16980.19 PASS AC=656;AF=0.52146;AN=1258;DB;DP=1371;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=174.60;MQ=39.47;MQ0=689;QD=14.64;SB=-4231.81;VQSLOD=3.0572;set=Intersection
X 165078 rs6608387 T A 2579.23 PASS AC=227;AF=0.18045;AN=1258;DB;DP=1524;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=391.03;MQ=33.34;MQ0=807;QD=4.65;SB=-3168.54;VQSLOD=0.2926;set=Intersection
X 165876 rs28392730 G T 16489.88 PASS AC=131;AF=0.10413;AN=1258;DB;DP=3527;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=501.50;MQ=41.36;MQ0=836;QD=16.51;SB=-8202.43;VQSLOD=0.2649;set=Intersection
X 166168 rs28404746 T C 9625.61 PASS AC=25;AF=0.01987;AN=1258;DB;DP=3105;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=384.21;MQ=50.75;MQ0=596;QD=26.44;SB=-5683.86;VQSLOD=0.6441
X 166195 . C T 1197.37 PASS AC=5;AF=0.00397;AN=1258;DP=3188;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=383.21;MQ=56.98;MQ0=308;QD=13.16;SB=-4655.04;VQSLOD=0.7648
X 166254 . C T 1548.81 PASS AC=26;AF=0.0747;AN=348;DP=762;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=364.21;MQ=66.56;MQ0=0;NumGenotypesChanged=22;QD=12.20;R2=0.913;SB=-4246.54;VQSLOD=1.0246;set=Intersection
X 166315 . G A 637.65 PASS AC=7;AF=0.0077;AN=904;DP=1748;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=322.79;MQ=67.46;MQ0=0;QD=13.86;SB=-3679.88;VQSLOD=1.1281;set=Intersection
X 166318 . C G 138.57 PASS AC=2;AF=0.0052;AN=388;DP=754;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=304.60;MQ=67.46;MQ0=0;NumGenotypesChanged=20;QD=15.40;R2=0.837;SB=-3551.03;VQSLOD=0.5803;set=Intersection
X 166395 . C T 716.18 PASS AC=11;AF=0.0122;AN=904;DP=1805;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=249.32;MQ=64.71;MQ0=1;QD=12.35;SB=-4283.81;VQSLOD=1.9599
X 166449 . G T 370.07 PASS AC=5;AF=0.00397;AN=1258;DP=2525;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=236.55;MQ=60.46;MQ0=2;QD=7.71;SB=-3698.87;VQSLOD=0.9004
X 166485 rs28672839 A G 42203.55 PASS AC=806;AF=0.64070;AN=1258;DB;DP=2003;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.31;MQ=57.49;MQ0=19;QD=22.34;SB=-19472.36;VQSLOD=1.3231;set=Intersection
X 166489 . C G 2245.37 PASS AC=36;AF=0.1034;AN=348;DP=580;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=253.88;MQ=56.87;MQ0=27;NumGenotypesChanged=38;QD=19.52;R2=0.882;SB=-4183.86;VQSLOD=1.8492;set=Intersection
X 166516 rs28448554 C A 20138.97 PASS AC=808;AF=0.64229;AN=1258;DB;DP=903;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=250.31;MQ=49.89;MQ0=144;QD=21.27;SB=-7342.19;VQSLOD=1.5846;set=Intersection
X 167855 . C T 1589.37 PASS AC=29;AF=0.0833;AN=348;DP=603;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=334.13;MQ=54.46;MQ0=166;NumGenotypesChanged=45;QD=10.96;R2=0.887;SB=-3700.67;VQSLOD=1.0959;set=Intersection
X 167869 . G A 15969.55 PASS AC=186;AF=0.14785;AN=1258;DP=2000;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=190.27;MQ=53.84;MQ0=171;QD=26.57;SB=-6780.84;VQSLOD=1.6002;set=Intersection
X 167948 rs28550696 C T 32349.42 PASS AC=622;AF=0.49444;AN=1258;DB;DP=1810;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=350.09;MQ=59.31;MQ0=94;QD=22.11;SB=-13266.60;VQSLOD=0.4727;set=Intersection
X 168091 . G C 484.08 PASS AC=10;AF=0.0111;AN=904;DP=1277;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=291.50;MQ=52.93;MQ0=447;QD=11.81;SB=-3121.42;VQSLOD=0.9099
X 168153 rs6608383 C T 14214.83 PASS AC=604;AF=0.48013;AN=1258;DB;DP=1250;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=127.10;MQ=65.71;MQ0=98;QD=19.99;SB=-5175.37;VQSLOD=1.7960;set=Intersection
X 168383 rs28613900 T C 372.82 PASS AC=55;AF=0.04372;AN=1258;DB;DP=2166;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=320.00;MQ=60.38;MQ0=42;QD=4.60;SB=-3563.13;VQSLOD=0.6994
X 168385 rs28552579 A G 427.97 PASS AC=60;AF=0.04769;AN=1258;DB;DP=2074;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=349.81;MQ=60.50;MQ0=14;QD=5.09;SB=-3418.46;VQSLOD=0.8021
X 168395 rs28449168 T C 1379.72 PASS AC=80;AF=0.06359;AN=1258;DB;DP=2215;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=354.91;MQ=60.90;MQ0=34;QD=7.30;SB=-3970.23;VQSLOD=0.9716;set=Intersection
X 168418 rs6649865 G A 36157.55 PASS AC=641;AF=0.50954;AN=1258;DB;DP=1836;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=294.63;MQ=54.36;MQ0=316;QD=21.01;SB=-16135.37;VQSLOD=0.1997;set=Intersection
X 168492 . G A 422.74 PASS AC=5;AF=0.00397;AN=1258;DP=2176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=355.03;MQ=58.67;MQ0=32;QD=10.57;SB=-3587.81;VQSLOD=0.7346
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X 168602 rs7057807 G A 2594.91 PASS AC=29;AF=0.0315;AN=920;DB;DP=1747;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=502.89;MQ=57.04;MQ0=41;QD=13.45;SB=-5218.09;VQSLOD=0.2082;set=Intersection
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X 170915 rs6423163 G C 31468.27 PASS AC=808;AF=0.64229;AN=1258;DB;DP=1299;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=252.93;MQ=50.88;MQ0=347;QD=23.91;SB=-14427.98;VQSLOD=1.8723;set=Intersection
X 170936 rs6423162 A T 19986.11 PASS AC=802;AF=0.63752;AN=1258;DB;DP=1128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=219.56;MQ=65.06;MQ0=59;QD=23.38;SB=-6267.40;VQSLOD=1.9813;set=Intersection
X 170943 rs6423161 A C 22000.80 PASS AC=807;AF=0.64149;AN=1258;DB;DP=1255;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=218.25;MQ=69.48;MQ0=6;QD=23.58;SB=-7491.49;VQSLOD=1.5370;set=Intersection
X 170947 rs6423160 A T 26014.71 PASS AC=821;AF=0.65262;AN=1258;DB;DP=1315;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=205.74;MQ=68.72;MQ0=8;QD=24.22;SB=-8568.14;VQSLOD=2.2755;set=Intersection
X 171011 . T A 12856.18 PASS AC=59;AF=0.04690;AN=1258;DP=3422;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=360.28;MQ=57.65;MQ0=58;QD=11.22;SB=-5148.03;VQSLOD=0.2543;set=Intersection
X 171242 . G C 10717.94 PASS AC=61;AF=0.04849;AN=1258;DP=2149;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=322.84;MQ=50.70;MQ0=398;QD=12.10;SB=-4747.53;VQSLOD=1.2601;set=Intersection
X 171415 rs6649860 G A 68070.47 PASS AC=821;AF=0.65262;AN=1258;DB;DP=2760;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=235.00;MQ=80.04;MQ0=0;QD=25.49;SB=-33121.16;VQSLOD=0.7359;set=Intersection
X 171456 . C T 191.74 PASS AC=2;AF=0.0057;AN=348;DP=604;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=285.78;MQ=73.64;MQ0=0;NumGenotypesChanged=24;QD=9.13;R2=0.957;SB=-3512.93;VQSLOD=0.8407;set=Intersection
X 171593 rs55815554 G A 9512.70 PASS AC=119;AF=0.09459;AN=1258;DB;DP=1433;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=266.22;MQ=70.78;MQ0=0;QD=30.99;SB=-4475.53;VQSLOD=1.5056;set=Intersection
X 171635 . T A 250.84 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=535;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=304.62;MQ=69.88;MQ0=0;NumGenotypesChanged=28;QD=12.54;R2=0.894;SB=-3213.10;VQSLOD=1.3072;set=Intersection
X 171651 rs6649841 C T 32140.50 PASS AC=639;AF=0.50795;AN=1258;DB;DP=1791;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=271.68;MQ=69.66;MQ0=0;QD=22.86;SB=-14975.86;VQSLOD=0.6111;set=Intersection
X 171688 rs28522877 T A 1197.14 PASS AC=29;AF=0.0833;AN=348;DB;DP=455;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=295.84;MQ=71.66;MQ0=0;NumGenotypesChanged=47;QD=12.74;R2=0.746;SB=-3127.52;VQSLOD=2.1379;set=Intersection
X 171769 . G T 375.51 PASS AC=4;AF=0.0054;AN=736;DP=953;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=240.68;MQ=73.47;MQ0=0;QD=8.73;SB=-2872.81;VQSLOD=0.6830
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X 172037 rs28597840 T C 10973.75 PASS AC=285;AF=0.22655;AN=1258;DB;DP=1298;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=317.14;MQ=53.79;MQ0=135;QD=18.99;SB=-3945.82;VQSLOD=1.7721;set=Intersection
X 172062 rs28386920 A G 17410.15 PASS AC=551;AF=0.43800;AN=1258;DB;DP=1077;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=508.39;MQ=48.78;MQ0=402;QD=19.01;SB=-4154.17;VQSLOD=0.3109;set=Intersection
X 172065 rs56322700 C T 3089.75 PASS AC=95;AF=0.07552;AN=1258;DB;DP=1058;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=379.19;MQ=48.63;MQ0=417;QD=11.70;SB=-2070.75;VQSLOD=0.1793;set=Intersection
X 172115 rs28463626 A G 9786.90 PASS AC=756;AF=0.60095;AN=1258;DB;DP=533;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=183.85;MQ=53.34;MQ0=251;QD=26.96;SB=-1288.79;VQSLOD=0.5603;set=Intersection
X 172123 rs28597888 C T 8946.27 PASS AC=575;AF=0.45707;AN=1258;DB;DP=523;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=216.62;MQ=53.82;MQ0=239;QD=27.87;SB=-1425.68;VQSLOD=0.2481;set=Intersection
X 172226 rs28410000 C T 13739.31 PASS AC=302;AF=0.24006;AN=1258;DB;DP=1290;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=136.52;MQ=67.72;MQ0=0;QD=23.41;SB=-5374.41;VQSLOD=2.0790;set=Intersection
X 172237 rs28597083 T C 12582.72 PASS AC=300;AF=0.23847;AN=1258;DB;DP=1321;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=157.41;MQ=66.68;MQ0=0;QD=25.68;SB=-5410.39;VQSLOD=2.3139;set=Intersection
X 172526 rs6649859 C A 33737.83 PASS AC=945;AF=0.75119;AN=1258;DB;DP=1242;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=246.33;MQ=46.01;MQ0=485;QD=20.19;SB=-12185.24;VQSLOD=1.4877;set=Intersection
X 172611 rs6649919 T C 51957.57 PASS AC=961;AF=0.76391;AN=1258;DB;DP=1962;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=186.47;MQ=69.31;MQ0=0;QD=24.75;SB=-24271.00;VQSLOD=1.9124;set=Intersection
X 172656 rs6649918 T C 50235.53 PASS AC=1256;AF=0.99841;AN=1258;DB;DP=1504;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=191.15;MQ=68.01;MQ0=0;QD=27.04;SB=-23159.30;VQSLOD=1.3696;set=Intersection
X 172658 . G A 9383.18 PASS AC=115;AF=0.09141;AN=1258;DP=1482;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=187.71;MQ=68.90;MQ0=0;QD=35.54;SB=-4134.86;VQSLOD=0.9335;set=Intersection
X 172775 . G A 483.89 PASS AC=12;AF=0.0133;AN=904;DP=827;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=252.71;MQ=62.67;MQ0=0;QD=11.52;SB=-2196.02;VQSLOD=0.2908
X 172881 rs6649917 G T 25851.05 PASS AC=868;AF=0.68998;AN=1258;DB;DP=1070;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=261.35;MQ=67.53;MQ0=0;QD=23.65;SB=-8323.15;VQSLOD=1.7513;set=Intersection
X 172929 rs28698141 T C 32240.03 PASS AC=921;AF=0.73211;AN=1258;DB;DP=1365;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=166.69;MQ=64.45;MQ0=0;QD=21.86;SB=-14157.64;VQSLOD=1.0351;set=Intersection
X 172943 . G T 78.12 PASS AC=2;AF=0.0057;AN=348;DP=469;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=187.60;MQ=65.24;MQ0=0;NumGenotypesChanged=33;QD=13.02;R2=0.683;SB=-2648.82;VQSLOD=0.3178;set=Intersection
X 172974 rs60712768 C T 31696.69 PASS AC=713;AF=0.56677;AN=1258;DB;DP=1628;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=194.79;MQ=68.30;MQ0=0;QD=22.40;SB=-14349.31;VQSLOD=2.0886;set=Intersection
X 173050 rs55771472 C T 40825.27 PASS AC=748;AF=0.59459;AN=1258;DB;DP=1728;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=156.54;MQ=77.58;MQ0=0;QD=26.05;SB=-16133.66;VQSLOD=2.4919;set=Intersection
X 173091 . A G 472.38 PASS AC=5;AF=0.0055;AN=904;DP=1633;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=272.00;MQ=79.67;MQ0=0;QD=15.75;SB=-3921.39;VQSLOD=1.6071
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X 173109 . C G 30180.92 PASS AC=392;AF=0.31161;AN=1258;DP=2101;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=219.47;MQ=71.21;MQ0=0;QD=23.20;SB=-12762.31;VQSLOD=0.3626;set=Intersection
X 173159 . C T 179.85 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=403;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=217.61;MQ=55.16;MQ0=351;NumGenotypesChanged=50;QD=16.35;R2=0.662;SB=-2118.65;VQSLOD=0.2855;set=Intersection
X 173165 rs56254856 C T 25482.68 PASS AC=786;AF=0.62480;AN=1258;DB;DP=1095;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=218.10;MQ=54.12;MQ0=393;QD=23.42;SB=-10545.83;VQSLOD=1.1772;set=Intersection
X 173183 rs56278034 G A 16606 PASS AC=759;AF=0.60334;AN=1258;DB;DP=841;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=188.66;MQ=50.29;MQ0=439;QD=23.23;SB=-6409.79;VQSLOD=1.3969;set=Intersection
X 173204 rs55684439 G T 2798.61 PASS AC=296;AF=0.23529;AN=1258;DB;DP=636;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=334.46;MQ=44.70;MQ0=631;QD=11.24;SB=-2109.77;VQSLOD=0.4430;set=Intersection
X 173271 . C T 12260.07 PASS AC=458;AF=0.36407;AN=1258;DP=749;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=303.18;MQ=41.20;MQ0=441;QD=22.17;SB=-4563.96;VQSLOD=0.8847;set=Intersection
X 173417 . C A 457.61 PASS AC=19;AF=0.0210;AN=904;DP=1056;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=324.64;MQ=52.49;MQ0=230;QD=10.64;SB=-2877.91;VQSLOD=0.4945
X 173438 . A T 15500.41 PASS AC=143;AF=0.11367;AN=1258;DP=2010;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=171.69;MQ=58.37;MQ0=0;QD=18.77;SB=-7364.43;VQSLOD=0.6276;set=Intersection
X 173625 rs62582890 G A 11519.07 PASS AC=286;AF=0.22734;AN=1258;DB;DP=1152;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=331.30;MQ=46.70;MQ0=493;QD=16.18;SB=-4867.77;VQSLOD=2.0692;set=Intersection
X 173626 rs62582891 C T 10859.76 PASS AC=285;AF=0.22655;AN=1258;DB;DP=1197;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=310.44;MQ=46.96;MQ0=484;QD=15.92;SB=-4764.30;VQSLOD=2.3450;set=Intersection
X 173770 . T C 312.92 PASS AC=10;AF=0.0111;AN=904;DP=1048;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=183.59;MQ=53.53;MQ0=245;QD=8.94;SB=-2684.36;VQSLOD=0.6363
X 173783 . G C 547.77 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=464;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=275.50;MQ=54.28;MQ0=207;NumGenotypesChanged=54;QD=9.61;R2=0.819;SB=-2670.08;VQSLOD=0.4862;set=Intersection
X 173818 . C T 2289.05 PASS AC=74;AF=0.05882;AN=1258;DP=1513;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=265.04;MQ=60.56;MQ0=194;QD=10.80;SB=-3501.88;VQSLOD=1.2408;set=Intersection
X 173847 . C T 1318.88 PASS AC=36;AF=0.1034;AN=348;DP=412;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=264.23;MQ=65.61;MQ0=1;NumGenotypesChanged=56;QD=13.06;R2=0.857;SB=-3055.18;VQSLOD=1.5650;set=Intersection
X 173892 rs28398001 G C 25093.39 PASS AC=475;AF=0.37758;AN=1258;DB;DP=1560;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=197.29;MQ=64.70;MQ0=0;QD=28.10;SB=-10541.87;VQSLOD=2.3681;set=Intersection
X 173960 . A C 2247.40 PASS AC=52;AF=0.0707;AN=736;DP=1395;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=278.26;MQ=80.31;MQ0=0;QD=11.95;SB=-4495.30;VQSLOD=1.6879;set=Intersection
X 174139 . G C 3078.12 PASS AC=69;AF=0.05485;AN=1258;DP=1546;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=218.08;MQ=54.97;MQ0=171;QD=15.09;SB=-3566.37;VQSLOD=2.2917;set=Intersection
X 174162 . T C 206.08 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=904;DP=1135;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=238.17;MQ=51.23;MQ0=276;QD=6.44;SB=-2539.49;VQSLOD=0.2069
X 174230 rs6649911 G C 8552.74 PASS AC=414;AF=0.32909;AN=1258;DB;DP=893;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=329.89;MQ=47.52;MQ0=584;QD=25.61;SB=-3894.86;VQSLOD=0.9392;set=Intersection
X 174444 . C T 105.57 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=920;DP=964;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=242.95;MQ=66.27;MQ0=0;QD=17.60;SB=-2290.14;VQSLOD=0.2848;set=Intersection
X 174481 . G C 11024.11 PASS AC=147;AF=0.11685;AN=1258;DP=1653;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=249.41;MQ=66.29;MQ0=0;QD=26.69;SB=-4607.94;VQSLOD=1.0169;set=Intersection
X 174486 . G A 537.14 PASS AC=20;AF=0.0353;AN=566;DP=664;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=271.72;MQ=66.28;MQ0=0;NumGenotypesChanged=70;QD=10.96;R2=0.855;SB=-2913.11;VQSLOD=1.0513;set=Intersection
X 174654 . C G 845.74 PASS AC=15;AF=0.0166;AN=904;DP=1052;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=294.90;MQ=66.56;MQ0=0;QD=16.26;SB=-2934.84;VQSLOD=1.2610;set=Intersection
X 174728 . C A 214.87 PASS AC=8;AF=0.0088;AN=904;DP=1159;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=243.76;MQ=68.68;MQ0=0;QD=9.77;SB=-2882.60;VQSLOD=0.7395;set=Intersection
X 174788 . A G 1364.30 PASS AC=34;AF=0.02703;AN=1258;DP=1568;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=350.61;MQ=67.65;MQ0=0;QD=13.78;SB=-3278.59;VQSLOD=0.9257
X 175042 . G A 199.86 PASS AC=7;AF=0.0076;AN=920;DP=1307;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=268.63;MQ=70.81;MQ0=0;QD=12.49;SB=-3367.61;VQSLOD=1.7269;set=Intersection
X 175169 . G C 200.96 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=920;DP=1440;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=282.49;MQ=71.58;MQ0=0;QD=13.40;SB=-3466.15;VQSLOD=0.3156;set=Intersection
X 175203 . G C 1844.42 PASS AC=32;AF=0.0354;AN=904;DP=1560;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=308.48;MQ=70.58;MQ0=0;QD=14.30;R2=0.897;SB=-4115.31;VQSLOD=1.8018;set=Intersection
X 175245 . C T 15814.66 PASS AC=222;AF=0.17647;AN=1258;DP=1785;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=209.50;MQ=70.69;MQ0=1;QD=27.22;SB=-6423.11;VQSLOD=1.4448;set=Intersection
X 175257 . G A 614.37 PASS AC=3;AF=0.0077;AN=388;DP=417;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=306.38;MQ=70.70;MQ0=1;NumGenotypesChanged=51;QD=12.80;R2=0.754;SB=-2766.53;VQSLOD=0.6305;set=Intersection
X 175286 . G A 14598.18 PASS AC=196;AF=0.15580;AN=1258;DP=1974;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=259.59;MQ=69.08;MQ0=0;QD=26.35;SB=-6199.80;VQSLOD=0.8897;set=Intersection
X 175320 . G C 13327.75 PASS AC=120;AF=0.09539;AN=1258;DP=2340;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=229.77;MQ=70.04;MQ0=0;QD=30.64;SB=-6187.85;VQSLOD=1.1692;set=Intersection
X 175334 . C T 12211.28 PASS AC=127;AF=0.10095;AN=1258;DP=2210;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=282.97;MQ=69.45;MQ0=0;QD=28.14;SB=-5364.70;VQSLOD=0.6108;set=Intersection
X 175347 . G A 264.94 PASS AC=4;AF=0.0071;AN=566;DP=1175;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=303.26;MQ=69.67;MQ0=0;NumGenotypesChanged=52;QD=9.14;R2=0.621;SB=-3478.78;VQSLOD=0.5163;set=Intersection
X 175359 . G A 262.44 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=904;DP=1637;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=286.08;MQ=70.26;MQ0=0;QD=13.81;SB=-3444.80;VQSLOD=0.8520
X 175362 . C A 11651.86 PASS AC=119;AF=0.09459;AN=1258;DP=2251;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=269.20;MQ=70.42;MQ0=0;QD=26.30;SB=-5611.92;VQSLOD=0.7704;set=Intersection
X 175375 . A G 10289.77 PASS AC=104;AF=0.08267;AN=1258;DP=2302;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=280.25;MQ=71.39;MQ0=0;QD=24.68;SB=-5407.32;VQSLOD=0.4843;set=Intersection
X 175751 . C G 9904.20 PASS AC=263;AF=0.20906;AN=1258;DP=826;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=305.75;MQ=51.28;MQ0=39;QD=27.51;SB=-3178.82;VQSLOD=0.2321;set=Intersection
X 176827 rs6644978 C T 9618.73 PASS AC=81;AF=0.06439;AN=1258;DB;DP=2302;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=280.10;MQ=75.33;MQ0=0;QD=32.50;SB=-4547.78;VQSLOD=1.4462;set=Intersection
X 176901 rs34303310 G C 30082.60 PASS AC=415;AF=0.32989;AN=1258;DB;DP=2102;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=214.03;MQ=67.06;MQ0=9;QD=24.01;SB=-13028.75;VQSLOD=2.2062;set=Intersection
X 176919 rs35137397 G A 21264.64 PASS AC=379;AF=0.30127;AN=1258;DB;DP=1718;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=303.32;MQ=62.96;MQ0=85;QD=23.97;SB=-9008.32;VQSLOD=1.1922;set=Intersection
X 176942 rs34679917 G C 15210.89 PASS AC=329;AF=0.26153;AN=1258;DB;DP=1398;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=232.55;MQ=60.99;MQ0=150;QD=28.97;SB=-6569.91;VQSLOD=0.7792;set=Intersection
X 176956 rs6644968 A G 16998.82 PASS AC=472;AF=0.37520;AN=1258;DB;DP=1396;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=241.63;MQ=59.74;MQ0=154;QD=24.35;SB=-7417.85;VQSLOD=1.3456;set=Intersection
X 176967 . C A 14420.08 PASS AC=321;AF=0.25517;AN=1258;DP=1390;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=227.89;MQ=57.98;MQ0=178;QD=22.96;SB=-4645.72;VQSLOD=1.2638;set=Intersection
X 176973 . A C 306.19 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=456;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=239.11;MQ=58.42;MQ0=162;NumGenotypesChanged=45;QD=12.76;R2=0.812;SB=-2831.75;VQSLOD=0.5701;set=Intersection
X 177019 . C G 825.82 PASS AC=15;AF=0.0166;AN=904;DP=1518;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=306.35;MQ=60.90;MQ0=41;QD=14.75;SB=-3762.56;VQSLOD=1.3467;set=Intersection
X 177061 rs34304242 C G 36118.09 PASS AC=414;AF=0.32909;AN=1258;DB;DP=2425;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=208.74;MQ=65.70;MQ0=0;QD=24.50;SB=-17372.44;VQSLOD=2.2098;set=Intersection
X 177096 rs36067192 A G 20175.78 PASS AC=387;AF=0.30763;AN=1258;DB;DP=1984;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=252.30;MQ=61.38;MQ0=12;QD=19.88;SB=-8688.81;VQSLOD=1.4344;set=Intersection
X 177106 . C T 9208.75 PASS AC=317;AF=0.25199;AN=1258;DP=1337;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=400.03;MQ=53.99;MQ0=241;QD=19.55;SB=-3944.00;VQSLOD=0.2678;set=Intersection
X 177109 . A G 2555.32 PASS AC=305;AF=0.24245;AN=1258;DP=1363;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=313.72;MQ=52.10;MQ0=264;QD=6.74;SB=-3480.49;VQSLOD=0.3364;set=Intersection
X 177119 . G A 1925.85 PASS AC=191;AF=0.15183;AN=1258;DP=1059;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=230.52;MQ=48.65;MQ0=349;QD=8.45;SB=-2537.80;VQSLOD=0.2993;set=Intersection
X 177129 . C T 2878.88 PASS AC=265;AF=0.21065;AN=1258;DP=1122;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=208.14;MQ=46.10;MQ0=455;QD=8.80;SB=-2805.88;VQSLOD=0.7142;set=Intersection
X 177147 rs6644977 A G 12605.68 PASS AC=431;AF=0.34261;AN=1258;DB;DP=1166;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=179.15;MQ=45.16;MQ0=426;QD=22.04;SB=-4590.48;VQSLOD=2.2772;set=Intersection
X 177237 . G A 220.79 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=311;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=228.73;MQ=40.95;MQ0=523;NumGenotypesChanged=69;QD=13.80;R2=0.802;SB=-2041.09;VQSLOD=0.4162;set=Intersection
X 177252 rs6644976 T C 2629.70 PASS AC=120;AF=0.09539;AN=1258;DB;DP=869;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=274.28;MQ=41.72;MQ0=536;QD=9.39;SB=-2378.99;VQSLOD=0.9161;set=Intersection
X 177280 . T C 325.77 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DP=370;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=271.45;MQ=49.40;MQ0=220;NumGenotypesChanged=40;QD=11.23;R2=0.729;SB=-2478.68;VQSLOD=0.3514;set=Intersection
X 177307 rs57498314 C T 12336.13 PASS AC=341;AF=0.27107;AN=1258;DB;DP=1154;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=379.92;MQ=50.23;MQ0=165;QD=20.09;SB=-5410.50;VQSLOD=0.8134;set=Intersection
X 177323 rs59189010 T C 8997 PASS AC=238;AF=0.18919;AN=1258;DB;DP=1035;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=349.44;MQ=45.07;MQ0=320;QD=20.87;SB=-3751.19;VQSLOD=1.4552;set=Intersection
X 177351 . C G 8023.40 PASS AC=118;AF=0.09380;AN=1258;DP=981;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=256.83;MQ=35.52;MQ0=811;QD=29.61;SB=-3285.68;VQSLOD=0.5751;set=Intersection
X 177353 . A G 2747.37 PASS AC=118;AF=0.09380;AN=1258;DP=991;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=260.46;MQ=35.26;MQ0=815;QD=10.10;SB=-2816.80;VQSLOD=0.6478;set=Intersection
X 177609 rs6644967 C G 1809.84 PASS AC=89;AF=0.07075;AN=1258;DB;DP=1291;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=253.26;MQ=48.71;MQ0=381;QD=13.92;SB=-2992.80;VQSLOD=2.0326;set=Intersection
X 177668 . C T 806.39 PASS AC=15;AF=0.0166;AN=904;DP=1160;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=319.46;MQ=56.48;MQ0=190;QD=10.21;SB=-2988.89;VQSLOD=0.5902
X 177673 . C G 717.12 PASS AC=20;AF=0.0221;AN=904;DP=1280;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=326.70;MQ=58.61;MQ0=115;QD=9.69;SB=-3206.79;VQSLOD=0.6209;set=Intersection
X 177704 . A G 1308.99 PASS AC=22;AF=0.01749;AN=1258;DP=2115;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=287.80;MQ=68.56;MQ0=0;QD=10.31;SB=-4085.74;VQSLOD=1.4403
X 177767 rs6644974 A C 26361.19 PASS AC=519;AF=0.41256;AN=1258;DB;DP=1904;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=158.87;MQ=72.81;MQ0=0;QD=20.51;SB=-12585.70;VQSLOD=0.7438;set=Intersection
X 177780 . G A 299.07 PASS AC=4;AF=0.0044;AN=904;DP=1319;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=196.61;MQ=71.67;MQ0=0;QD=8.54;SB=-3288.81;VQSLOD=1.0310;set=Intersection
X 177797 . T A 52.20 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=904;DP=1351;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=227.52;MQ=72.90;MQ0=0;QD=8.70;SB=-3286.43;VQSLOD=0.5471
X 177816 rs6644966 T C 2462.87 PASS AC=71;AF=0.05644;AN=1258;DB;DP=1950;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=225.72;MQ=72.18;MQ0=0;QD=9.97;SB=-4359.76;VQSLOD=2.2982;set=Intersection
X 177914 rs6644965 C A 9252.86 PASS AC=106;AF=0.08426;AN=1258;DB;DP=1790;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=240.13;MQ=67.01;MQ0=0;QD=39.04;SB=-4630.93;VQSLOD=1.4995;set=Intersection
X 177942 . G T 9708.61 PASS AC=94;AF=0.07472;AN=1258;DP=1693;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=259.08;MQ=70.64;MQ0=0;QD=29.96;SB=-4716.67;VQSLOD=0.8035;set=Intersection
X 178053 rs6644964 A G 49778.84 PASS AC=1250;AF=0.99364;AN=1258;DB;DP=1476;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=257.97;MQ=65.93;MQ0=0;QD=27.59;SB=-23573.84;VQSLOD=1.5500;set=Intersection
X 178135 rs55658085 T C 17309.70 PASS AC=284;AF=0.22576;AN=1258;DB;DP=1699;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=248.82;MQ=69.57;MQ0=0;QD=22.19;SB=-7632.63;VQSLOD=1.1169;set=Intersection
X 178236 . G T 1036.21 PASS AC=18;AF=0.0245;AN=736;DP=1205;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=346.56;MQ=66.97;MQ0=0;QD=11.39;SB=-3862.05;VQSLOD=1.0850
X 178283 . G A 272.17 PASS AC=4;AF=0.0054;AN=736;DP=1555;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=290.94;MQ=68.77;MQ0=1;NumGenotypesChanged=21;QD=8.00;SB=-3872.09;VQSLOD=0.6177
X 178467 rs59629641 A C 13200.35 PASS AC=112;AF=0.08903;AN=1258;DB;DP=2667;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=271.37;MQ=69.51;MQ0=4;QD=28.57;SB=-6978.61;VQSLOD=1.5556;set=Intersection
X 178483 rs55770312 T C 16523.03 PASS AC=145;AF=0.11526;AN=1258;DB;DP=2966;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=195.83;MQ=72.16;MQ0=0;QD=23.40;SB=-8691.04;VQSLOD=1.7272;set=Intersection
X 178534 rs6644973 G C 53690.88 PASS AC=502;AF=0.39905;AN=1258;DB;DP=3019;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=234.09;MQ=65.36;MQ0=1;QD=26.82;SB=-24714.30;VQSLOD=1.7382;set=Intersection
X 178624 rs6644972 G A 54548.72 PASS AC=566;AF=0.44992;AN=1258;DB;DP=2828;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=290.54;MQ=69.35;MQ0=0;QD=25.75;SB=-23985.14;VQSLOD=1.5725;set=Intersection
X 178839 . C T 298.15 PASS AC=1;AF=0.0026;AN=388;DP=748;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=267.69;MQ=64.02;MQ0=0;NumGenotypesChanged=19;QD=14.91;R2=0.805;SB=-3839.74;VQSLOD=0.2618;set=Intersection
X 178934 . C T 21494.53 PASS AC=278;AF=0.22099;AN=1258;DP=2110;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=288.40;MQ=58.44;MQ0=7;QD=24.02;SB=-8829.64;VQSLOD=0.6120;set=Intersection
X 179494 rs6644963 G A 8843.14 PASS AC=82;AF=0.06518;AN=1258;DB;DP=1338;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=263.54;MQ=63.90;MQ0=156;QD=37.47;SB=-3130.00;VQSLOD=0.5636;set=Intersection
X 179701 rs6644971 G C 21138.99 PASS AC=330;AF=0.26232;AN=1258;DB;DP=1670;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=158.17;MQ=85.30;MQ0=0;QD=25.84;SB=-6762.80;VQSLOD=2.4591;set=Intersection
X 179774 rs6644962 A T 19650.49 PASS AC=336;AF=0.26709;AN=1258;DB;DP=1756;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=76.65;MQ=75.54;MQ0=0;QD=24.87;SB=-8487.38;VQSLOD=1.4804;set=Intersection
X 180267 rs28393942 T G 17926.98 PASS AC=524;AF=0.41653;AN=1258;DB;DP=1164;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=253.15;MQ=65.71;MQ0=212;QD=22.46;SB=-5314.63;VQSLOD=1.7105;set=Intersection
X 180295 . G C 10140.95 PASS AC=125;AF=0.09936;AN=1258;DP=1410;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=152.55;MQ=70.38;MQ0=0;QD=33.36;SB=-2978.33;VQSLOD=0.7908;set=Intersection
X 180350 . C T 864.80 PASS AC=23;AF=0.0661;AN=348;DP=460;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=115.42;MQ=81.70;MQ0=0;NumGenotypesChanged=29;QD=10.55;R2=0.88;SB=-2131.92;VQSLOD=0.1636;set=Intersection
X 180351 rs6644961 A G 22289.43 PASS AC=522;AF=0.41494;AN=1258;DB;DP=1650;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=118.19;MQ=81.86;MQ0=0;QD=20.85;SB=-6332.12;VQSLOD=1.5857;set=Intersection
X 180397 . C G 696.46 PASS AC=11;AF=0.0316;AN=348;DP=507;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=176.66;MQ=70.94;MQ0=0;NumGenotypesChanged=29;QD=12.01;R2=0.838;SB=-2633.40;VQSLOD=1.2857;set=Intersection
X 180515 rs28710083 G A 18809.67 PASS AC=379;AF=0.30127;AN=1258;DB;DP=1445;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=484.19;MQ=49.22;MQ0=402;QD=21.11;SB=-7239.42;VQSLOD=0.3592;set=Intersection
X 180567 rs28458223 G A 23989.02 PASS AC=387;AF=0.30763;AN=1258;DB;DP=1756;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=267.19;MQ=52.41;MQ0=251;QD=23.25;SB=-8905.80;VQSLOD=1.6624;set=Intersection
X 180956 rs56880520 G C 15166.51 PASS AC=233;AF=0.18521;AN=1258;DB;DP=1689;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=302.27;MQ=57.32;MQ0=130;QD=25.45;SB=-7150.25;VQSLOD=0.6274;set=Intersection
X 181381 rs6608380 T C 1647.50 PASS AC=65;AF=0.05167;AN=1258;DB;DP=1426;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=348.67;MQ=49.71;MQ0=268;QD=10.43;SB=-3041.23;VQSLOD=1.1763;set=Intersection
X 181434 rs6608377 G T 2607.16 PASS AC=62;AF=0.0842;AN=736;DB;DP=1250;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=286.05;MQ=54.67;MQ0=154;QD=11.24;SB=-3500.50;VQSLOD=2.2911;set=Intersection
X 181557 rs28819694 T A 11799.16 PASS AC=99;AF=0.07870;AN=1258;DB;DP=2106;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=459.10;MQ=55.18;MQ0=197;QD=17.61;SB=-3744.33;VQSLOD=0.4430;set=Intersection
X 181779 rs7885361 T C 40789.85 PASS AC=505;AF=0.40143;AN=1258;DB;DP=3054;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=230.44;MQ=64.77;MQ0=4;QD=19.03;SB=-19374.75;VQSLOD=1.1067;set=Intersection
X 181926 . T A 613.70 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=826;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=287.32;MQ=58.52;MQ0=213;NumGenotypesChanged=21;QD=11.16;R2=0.946;SB=-4035.47;VQSLOD=1.6169;set=Intersection
X 182012 . T C 2258.64 PASS AC=51;AF=0.1466;AN=348;DP=790;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=246.57;MQ=57.77;MQ0=199;NumGenotypesChanged=48;QD=9.57;R2=0.886;SB=-4664.33;VQSLOD=1.1852;set=Intersection
X 182074 rs34958119 C T 16628.60 PASS AC=196;AF=0.15580;AN=1258;DB;DP=2240;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=328.82;MQ=62.90;MQ0=48;QD=26.91;SB=-7483.98;VQSLOD=0.7248;set=Intersection
X 182077 rs28451052 T A 927.94 PASS AC=31;AF=0.0891;AN=348;DB;DP=764;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=297.40;MQ=63.09;MQ0=46;NumGenotypesChanged=32;QD=11.46;R2=0.833;SB=-4237.51;VQSLOD=2.0747;set=Intersection
X 182098 . C T 416.70 PASS AC=9;AF=0.0259;AN=348;DP=832;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=297.86;MQ=66.99;MQ0=3;NumGenotypesChanged=21;QD=9.69;R2=0.895;SB=-4312.63;VQSLOD=1.1965;set=Intersection
X 182099 rs34719434 A G 18220.95 PASS AC=221;AF=0.17568;AN=1258;DB;DP=2577;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=292.20;MQ=67.72;MQ0=3;QD=20.27;SB=-7985.67;VQSLOD=1.0479;set=Intersection
X 182228 rs34264278 T C 26615.06 PASS AC=296;AF=0.23529;AN=1258;DB;DP=2783;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=216.25;MQ=75.77;MQ0=0;QD=20.94;SB=-11303.76;VQSLOD=1.7979;set=Intersection
X 182276 rs28475515 T C 31928.26 PASS AC=459;AF=0.36486;AN=1258;DB;DP=2450;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=158.53;MQ=72.20;MQ0=0;QD=20.73;SB=-13803.22;VQSLOD=1.7762;set=Intersection
X 182297 . G A 465.06 PASS AC=10;AF=0.0287;AN=348;DP=679;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=207.38;MQ=72.10;MQ0=1;NumGenotypesChanged=16;QD=10.82;R2=0.944;SB=-3939.29;VQSLOD=1.5592;set=Intersection
X 182670 rs12385651 C T 979.37 PASS AC=38;AF=0.0516;AN=736;DB;DP=306;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=136.98;MQ=39.12;MQ0=469;QD=14.19;SB=-1348.71;VQSLOD=0.2304;set=Intersection
X 182805 rs28654289 G A 856.85 PASS AC=21;AF=0.01669;AN=1258;DB;DP=1500;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=316.12;MQ=51.68;MQ0=350;QD=13.39;SB=-2782.21;VQSLOD=1.5916
X 182843 rs28386893 C T 11932.39 PASS AC=139;AF=0.11049;AN=1258;DB;DP=1906;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=169.56;MQ=64.15;MQ0=0;QD=28.01;SB=-5516.38;VQSLOD=2.3568;set=Intersection
X 182898 . A G 263.92 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=904;DP=1531;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=248.67;MQ=69.24;MQ0=0;QD=9.43;SB=-3771.52;VQSLOD=1.3924
X 182936 rs60672098 C G 16016.06 PASS AC=148;AF=0.11765;AN=1258;DB;DP=2504;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=196.16;MQ=63.44;MQ0=0;QD=28.05;SB=-8037.16;VQSLOD=1.9452;set=Intersection
X 183123 . G C 1868.45 PASS AC=41;AF=0.03259;AN=1258;DP=2005;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=330.32;MQ=55.76;MQ0=23;QD=13.44;SB=-4251.43;VQSLOD=1.5289
X 183142 . G T 1805.30 PASS AC=43;AF=0.03418;AN=1258;DP=1848;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=253.59;MQ=55.23;MQ0=20;QD=12.04;SB=-3970.49;VQSLOD=1.9510
X 183157 . T A 806.59 PASS AC=17;AF=0.0489;AN=348;DP=613;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=222.61;MQ=55.92;MQ0=15;NumGenotypesChanged=28;QD=7.54;R2=0.827;SB=-3669.37;VQSLOD=0.7987;set=Intersection
X 183165 rs28425702 C A 22611.86 PASS AC=341;AF=0.27107;AN=1258;DB;DP=1906;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=270.98;MQ=54.84;MQ0=57;QD=22.37;SB=-10588.20;VQSLOD=1.5408;set=Intersection
X 183195 . G A 1964.71 PASS AC=37;AF=0.02941;AN=1258;DP=1743;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=310.07;MQ=50.11;MQ0=229;QD=14.66;SB=-3437.79;VQSLOD=1.5768;set=Intersection
X 183233 rs28463027 G C 21102.15 PASS AC=380;AF=0.30207;AN=1258;DB;DP=1632;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=603.84;MQ=51.88;MQ0=62;QD=21.27;SB=-9646.00;VQSLOD=0.2787;set=Intersection
X 183319 rs28537156 A G 19207.30 PASS AC=353;AF=0.28060;AN=1258;DB;DP=1681;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=338.56;MQ=50.76;MQ0=182;QD=20.37;SB=-8007.76;VQSLOD=0.4259;set=Intersection
X 183360 rs28380256 C T 22624.23 PASS AC=352;AF=0.27981;AN=1258;DB;DP=1868;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=405.56;MQ=48.67;MQ0=268;QD=20.27;SB=-9847.93;VQSLOD=0.3346;set=Intersection
X 183494 rs28633986 T C 11057.94 PASS AC=185;AF=0.14706;AN=1258;DB;DP=1532;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=375.36;MQ=57.93;MQ0=75;QD=18.81;SB=-4457.79;VQSLOD=0.7478;set=Intersection
X 183588 . G A 1339.57 PASS AC=32;AF=0.0354;AN=904;DP=1407;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=298.56;MQ=70.91;MQ0=0;QD=9.43;SB=-3463.12;VQSLOD=0.9912
X 183658 . G A 2364.94 PASS AC=40;AF=0.03180;AN=1258;DP=2232;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=361.94;MQ=72.95;MQ0=0;QD=12.45;SB=-4389.15;VQSLOD=1.0603;set=Intersection
X 184091 . A T 383.42 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=509;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=170.57;MQ=71.44;MQ0=0;NumGenotypesChanged=28;QD=10.65;R2=0.878;SB=-3296.02;VQSLOD=1.3317;set=Intersection
X 184211 . C G 1195.11 PASS AC=35;AF=0.1006;AN=348;DP=470;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=287.85;MQ=60.87;MQ0=27;NumGenotypesChanged=41;QD=13.43;R2=0.816;SB=-2944.65;VQSLOD=1.2846;set=Intersection
X 184226 rs28689896 G T 9324.74 PASS AC=142;AF=0.11288;AN=1258;DB;DP=1377;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=437.74;MQ=58.35;MQ0=366;QD=26.72;SB=-3720.74;VQSLOD=0.3900;set=Intersection
X 184366 rs28619237 G A 7753.43 PASS AC=170;AF=0.13514;AN=1258;DB;DP=916;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=272.16;MQ=56.61;MQ0=344;QD=30.17;SB=-2285.54;VQSLOD=0.7978;set=Intersection
X 184426 . C T 86.30 PASS AC=4;AF=0.0044;AN=904;DP=995;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=164.02;MQ=69.25;MQ0=1;QD=9.59;SB=-2214.47;VQSLOD=0.1890
X 184430 rs28725467 T C 17582.04 PASS AC=465;AF=0.36963;AN=1258;DB;DP=1278;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=157.41;MQ=69.88;MQ0=3;QD=24.12;SB=-7343.97;VQSLOD=1.8665;set=Intersection
X 184485 . C T 981.23 PASS AC=20;AF=0.0272;AN=736;DP=774;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.03;MQ=69.20;MQ0=5;NumGenotypesChanged=50;QD=16.92;SB=-2281.32;VQSLOD=0.5174;set=Intersection
X 184486 . G A 402.18 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=387;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=241.82;MQ=69.34;MQ0=4;NumGenotypesChanged=53;QD=11.17;R2=0.779;SB=-2539.83;VQSLOD=0.5676;set=Intersection
X 184501 . G C 318.25 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=428;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=229.77;MQ=71.28;MQ0=0;NumGenotypesChanged=38;QD=13.84;R2=0.939;SB=-2477.31;VQSLOD=0.6372;set=Intersection
X 184509 . G A 380.11 PASS AC=5;AF=0.00397;AN=1258;DP=1493;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=262.22;MQ=71.63;MQ0=0;QD=10.56;SB=-2589.93;VQSLOD=0.6495
X 184513 . C A 149.88 PASS AC=3;AF=0.0041;AN=736;DP=943;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=250.82;MQ=71.60;MQ0=0;QD=6.81;SB=-2794.55;VQSLOD=0.2959
X 184515 . G C 292.72 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=480;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=254.45;MQ=71.84;MQ0=0;NumGenotypesChanged=37;QD=10.09;R2=0.935;SB=-2910.20;VQSLOD=0.4806;set=Intersection
X 184545 . G C 351.66 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=507;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=265.58;MQ=73.53;MQ0=0;NumGenotypesChanged=31;QD=15.29;R2=0.811;SB=-2944.91;VQSLOD=1.5664;set=Intersection
X 184571 rs28429757 T C 15916.23 PASS AC=374;AF=0.29730;AN=1258;DB;DP=1427;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=215.48;MQ=70.54;MQ0=0;QD=24.37;SB=-6812.33;VQSLOD=1.4607;set=Intersection
X 184574 . C T 425.53 PASS AC=8;AF=0.0087;AN=920;DP=1011;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=268.89;MQ=68.95;MQ0=0;QD=15.76;SB=-2551.81;VQSLOD=1.0269
X 184583 . G A 580.94 PASS AC=6;AF=0.0066;AN=904;DP=1069;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=269.99;MQ=67.75;MQ0=0;QD=9.85;SB=-2691.35;VQSLOD=0.5923
X 184618 rs28391060 T C 12578.21 PASS AC=437;AF=0.34738;AN=1258;DB;DP=1020;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=255.90;MQ=64.59;MQ0=0;QD=19.90;SB=-4588.44;VQSLOD=2.4061;set=Intersection
X 184662 . C T 698.30 PASS AC=21;AF=0.0232;AN=904;DP=919;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=218.59;MQ=65.78;MQ0=0;QD=13.69;SB=-2395.74;VQSLOD=0.6787;set=Intersection
X 184689 . C T 462.29 PASS AC=9;AF=0.0100;AN=904;DP=913;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=214.17;MQ=66.93;MQ0=0;QD=15.94;SB=-2426.21;VQSLOD=1.2276
X 184745 . G A 159.88 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=904;DP=999;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=196.80;MQ=67.10;MQ0=0;QD=10.66;SB=-2403.54;VQSLOD=0.1829
X 184776 . T C 151.63 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=498;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=191.49;MQ=65.68;MQ0=0;NumGenotypesChanged=28;QD=16.85;R2=0.394;SB=-3006.77;VQSLOD=1.5006;set=Intersection
X 184780 . A G 540.26 PASS AC=18;AF=0.0199;AN=904;DP=1136;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=197.56;MQ=64.70;MQ0=0;QD=8.19;SB=-2898.18;VQSLOD=0.6406
X 184789 . C T 1279.95 PASS AC=23;AF=0.0254;AN=904;DP=1145;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=248.05;MQ=63.68;MQ0=0;QD=10.85;SB=-3076.79;VQSLOD=1.3422;set=Intersection
X 187507 . G A 362.25 PASS AC=6;AF=0.0065;AN=920;DP=1055;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=302.21;MQ=58.76;MQ0=0;QD=15.75;SB=-2666.67;VQSLOD=0.8533;set=Intersection
X 187514 . C G 240.59 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=503;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=300.99;MQ=58.75;MQ0=0;NumGenotypesChanged=33;QD=12.66;R2=0.846;SB=-2770.76;VQSLOD=0.3518;set=Intersection
X 187529 . G A 370.04 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=568;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=233.52;MQ=61.87;MQ0=0;NumGenotypesChanged=27;QD=13.71;R2=0.751;SB=-3142.12;VQSLOD=1.4813;set=Intersection
X 187536 . C A 247.30 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=603;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=229.44;MQ=64.53;MQ0=0;NumGenotypesChanged=28;QD=10.75;R2=0.857;SB=-3214.43;VQSLOD=1.3200;set=Intersection
X 187573 . G C 377.12 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=904;DP=1398;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=298.23;MQ=71.95;MQ0=0;QD=17.96;SB=-3592.29;VQSLOD=1.1364;set=Intersection
X 187574 . G A 1506.58 PASS AC=19;AF=0.01510;AN=1258;DP=2073;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=289.27;MQ=72.08;MQ0=0;QD=9.85;SB=-4084.13;VQSLOD=1.3259;set=Intersection
X 187605 . A C 241.05 PASS AC=1;AF=0.0029;AN=348;DP=692;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.80;MQ=70.68;MQ0=0;NumGenotypesChanged=22;QD=6.89;R2=0.664;SB=-3553.76;VQSLOD=0.4961;set=Intersection
X 187608 . G A 210.31 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=920;DP=1398;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=264.73;MQ=71.32;MQ0=0;QD=10.52;SB=-3310.33;VQSLOD=0.2411
X 187764 . G A 905.11 PASS AC=19;AF=0.0258;AN=736;DP=1424;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=267.89;MQ=67.18;MQ0=0;QD=10.17;SB=-3687.55;VQSLOD=1.4705;set=Intersection
X 187839 rs28576570 G C 1135.38 PASS AC=18;AF=0.0245;AN=736;DB;DP=1264;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=464.44;MQ=59.93;MQ0=0;QD=9.01;SB=-3969.66;VQSLOD=0.2059
X 187890 . C T 1267.73 PASS AC=17;AF=0.01351;AN=1258;DP=2464;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=381.35;MQ=58.58;MQ0=0;QD=11.85;SB=-3737.85;VQSLOD=0.6511;set=Intersection
X 187989 . G A 177.35 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=168;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=162.22;MQ=58.56;MQ0=1;NumGenotypesChanged=109;QD=25.34;R2=0.614;SB=-1243.70;VQSLOD=1.1410;set=Intersection
X 190697 . G C 121.35 PASS AC=626;AF=0.6804;AN=920;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=82.96;MQ=11.83;MQ0=590;QD=24.27;SB=-62.96;VQSLOD=0.6416;set=Intersection
X 191644 rs55844928 C T 30982.35 PASS AC=605;AF=0.48092;AN=1258;DB;DP=1581;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=252.32;MQ=52.95;MQ0=0;QD=25.05;SB=-8922.07;VQSLOD=1.9125;set=Intersection
X 191968 . G A 109.50 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=308;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=148.06;MQ=67.40;MQ0=0;NumGenotypesChanged=46;QD=27.37;R2=0.625;SB=-1200.04;VQSLOD=1.1870;set=Intersection
X 191998 rs28463388 G T 22096.55 PASS AC=801;AF=0.63672;AN=1258;DB;DP=920;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=268.86;MQ=73.00;MQ0=1;QD=27.93;SB=-5274.13;VQSLOD=1.5670;set=Intersection
X 192048 rs28454120 G C 20549.14 PASS AC=471;AF=0.37440;AN=1258;DB;DP=1225;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=194.94;MQ=70.49;MQ0=1;QD=25.24;SB=-7163.01;VQSLOD=2.3540;set=Intersection
X 192182 . C T 319.60 PASS AC=5;AF=0.0129;AN=388;DP=377;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=230.12;MQ=71.93;MQ0=0;NumGenotypesChanged=53;QD=10.65;R2=0.862;SB=-2678.38;VQSLOD=0.9507;set=Intersection
X 192204 . T C 463.09 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DP=370;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=224.22;MQ=69.22;MQ0=0;NumGenotypesChanged=54;QD=14.47;R2=0.863;SB=-2560.28;VQSLOD=1.3332;set=Intersection
X 192345 rs4078319 C G 13971.82 PASS AC=193;AF=0.15342;AN=1258;DB;DP=1286;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=367.86;MQ=69.05;MQ0=0;QD=32.05;SB=-4284.84;VQSLOD=0.8654;set=Intersection
X 192380 rs4078320 G A 17369.09 PASS AC=568;AF=0.45151;AN=1258;DB;DP=975;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=498.56;MQ=69.88;MQ0=0;QD=20.01;SB=-6893.20;VQSLOD=0.3451;set=Intersection
X 192469 . G A 580.33 PASS AC=8;AF=0.0088;AN=904;DP=840;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=280.66;MQ=70.71;MQ0=0;QD=15.68;SB=-2110.72;VQSLOD=0.2266
X 192504 . C G 196.66 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=368;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=246.35;MQ=71.90;MQ0=0;NumGenotypesChanged=51;QD=21.85;R2=0.81;SB=-2386.49;VQSLOD=0.6976;set=Intersection
X 192558 rs28498346 C T 22957.46 PASS AC=664;AF=0.52782;AN=1258;DB;DP=1079;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=387.99;MQ=74.59;MQ0=0;QD=22.87;SB=-8979.05;VQSLOD=0.4030;set=Intersection
X 192597 . T C 488.71 PASS AC=9;AF=0.0259;AN=348;DP=374;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=254.39;MQ=72.83;MQ0=0;NumGenotypesChanged=45;QD=18.10;R2=0.594;SB=-2699.06;VQSLOD=1.2308;set=Intersection
X 192716 . C T 235.49 PASS AC=2;AF=0.0057;AN=348;DP=445;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=230.50;MQ=71.71;MQ0=0;NumGenotypesChanged=40;QD=15.70;R2=0.79;SB=-2622.99;VQSLOD=0.2906;set=Intersection
X 192838 rs28392563 G A 17936.23 PASS AC=383;AF=0.30445;AN=1258;DB;DP=1460;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=190.53;MQ=71.27;MQ0=0;QD=23.63;SB=-7795.17;VQSLOD=2.2823;set=Intersection
X 192921 rs28658378 G A 13247.86 PASS AC=379;AF=0.30127;AN=1258;DB;DP=1081;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=368.09;MQ=72.15;MQ0=0;QD=21.30;SB=-5345.28;VQSLOD=0.8726;set=Intersection
X 193159 . C T 855.21 PASS AC=30;AF=0.0862;AN=348;DP=387;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=305.44;MQ=78.76;MQ0=0;NumGenotypesChanged=51;QD=17.10;R2=0.836;SB=-2501.97;VQSLOD=0.5307;set=Intersection
X 193323 . G A 508.16 PASS AC=10;AF=0.0111;AN=904;DP=912;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=309.31;MQ=77.01;MQ0=0;QD=14.52;SB=-2328.74;VQSLOD=0.2733;set=Intersection
X 193330 . C T 225.18 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=400;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=247.99;MQ=76.49;MQ0=0;NumGenotypesChanged=39;QD=15.01;R2=0.836;SB=-2653.62;VQSLOD=0.8356;set=Intersection
X 193412 rs28677870 C T 343.97 PASS AC=5;AF=0.0055;AN=904;DB;DP=1134;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=301.69;MQ=71.10;MQ0=0;QD=11.10;SB=-2520.03;VQSLOD=0.9528;set=Intersection
X 193433 rs28550099 G A 30522.70 PASS AC=628;AF=0.49921;AN=1258;DB;DP=1543;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=333.39;MQ=70.50;MQ0=0;QD=23.79;SB=-12935.82;VQSLOD=0.7448;set=Intersection
X 193438 rs28424188 G C 28771.46 PASS AC=606;AF=0.48172;AN=1258;DB;DP=1471;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=296.26;MQ=70.44;MQ0=0;QD=22.67;SB=-10632.67;VQSLOD=0.5341;set=Intersection
X 193439 . G A 301.17 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=403;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.33;MQ=70.77;MQ0=0;NumGenotypesChanged=45;QD=8.86;R2=0.796;SB=-2641.00;VQSLOD=0.3090;set=Intersection
X 193456 . G T 282.27 PASS AC=12;AF=0.0133;AN=904;DP=1324;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=301.12;MQ=69.06;MQ0=0;QD=9.11;SB=-2880.71;VQSLOD=0.4378;set=Intersection
X 193467 rs28432303 G A 31853.69 PASS AC=631;AF=0.50159;AN=1258;DB;DP=1701;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=245.43;MQ=70.87;MQ0=0;QD=22.82;SB=-14607.31;VQSLOD=1.8495;set=Intersection
X 193650 rs28488373 G C 27200.49 PASS AC=741;AF=0.58903;AN=1258;DB;DP=1086;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=228.38;MQ=71.64;MQ0=0;QD=25.76;SB=-12580.21;VQSLOD=2.1881;set=Intersection
X 193686 . G A 76.79 PASS AC=11;AF=0.00874;AN=1258;DP=1282;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=195.95;MQ=72.01;MQ0=0;QD=15.36;SB=-1984.13;VQSLOD=0.3646;set=Intersection
X 193691 . G C 155.88 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=369;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=212.25;MQ=71.11;MQ0=0;NumGenotypesChanged=45;QD=11.13;R2=0.808;SB=-2330.49;VQSLOD=0.4318;set=Intersection
X 193768 . G A 74.85 PASS AC=4;AF=0.0054;AN=736;DP=644;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=184.64;MQ=67.47;MQ0=0;QD=24.95;SB=-1750.03;VQSLOD=0.3028;set=Intersection
X 193857 . G A 1763.90 PASS AC=81;AF=0.06439;AN=1258;DP=901;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=210.32;MQ=70.88;MQ0=1;QD=15.08;SB=-2024.21;VQSLOD=0.5589;set=Intersection
X 193861 . G C 1470.19 PASS AC=91;AF=0.07234;AN=1258;DP=900;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=232.45;MQ=69.63;MQ0=1;QD=15.81;SB=-1889.04;VQSLOD=0.2327;set=Intersection
X 193864 . C G 1483.23 PASS AC=99;AF=0.07870;AN=1258;DP=869;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=232.79;MQ=67.70;MQ0=2;QD=14.40;SB=-1876.55;VQSLOD=0.1444;set=Intersection
X 193902 . C G 3122.90 PASS AC=122;AF=0.09698;AN=1258;DP=902;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=256.83;MQ=56.65;MQ0=73;QD=15.93;SB=-2131.75;VQSLOD=0.4637;set=Intersection
X 193953 . T C 7366.01 PASS AC=487;AF=0.38712;AN=1258;DP=718;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=186.34;MQ=38.00;MQ0=164;QD=26.50;SB=-2260.60;VQSLOD=1.1872;set=Intersection
X 194630 . T C 11383.81 PASS AC=208;AF=0.16534;AN=1258;DP=1069;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=287.80;MQ=29.66;MQ0=431;QD=14.23;SB=-4574.13;VQSLOD=1.8199;set=Intersection
X 194636 rs61012380 G T 762.43 PASS AC=16;AF=0.01272;AN=1258;DB;DP=979;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=268.74;MQ=28.54;MQ0=590;QD=3.51;SB=-1880.87;VQSLOD=0.1747
X 194718 rs28677007 C G 12459.75 PASS AC=546;AF=0.43402;AN=1258;DB;DP=816;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=196.21;MQ=44.29;MQ0=223;QD=19.78;SB=-3798.03;VQSLOD=1.6339;set=Intersection
X 194741 . G C 1023.88 PASS AC=17;AF=0.01351;AN=1258;DP=1282;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=252.60;MQ=51.53;MQ0=116;QD=15.51;SB=-2487.26;VQSLOD=1.0691;set=Intersection
X 194819 rs28639689 G A 12126.86 PASS AC=506;AF=0.40223;AN=1258;DB;DP=1044;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=368.86;MQ=42.75;MQ0=176;QD=21.31;SB=-4027.83;VQSLOD=1.2360;set=Intersection
X 194824 rs28409689 T C 15059.96 PASS AC=563;AF=0.44754;AN=1258;DB;DP=1026;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=382.02;MQ=44.42;MQ0=126;QD=18.57;SB=-6312.25;VQSLOD=0.4532;set=Intersection
X 195014 rs28669107 G C 49703.06 PASS AC=650;AF=0.51669;AN=1258;DB;DP=2262;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=297.72;MQ=68.70;MQ0=0;QD=25.51;SB=-22035.11;VQSLOD=1.0788;set=Intersection
X 195112 rs28608980 G C 50241.03 PASS AC=601;AF=0.47774;AN=1258;DB;DP=2590;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=183.25;MQ=59.37;MQ0=0;QD=25.44;SB=-22109.55;VQSLOD=2.1510;set=Intersection
X 195128 . G A 436.19 PASS AC=9;AF=0.0259;AN=348;DP=638;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=284.49;MQ=56.72;MQ0=172;NumGenotypesChanged=28;QD=9.69;R2=0.852;SB=-3152.14;VQSLOD=0.9333;set=Intersection
X 195274 rs56236081 T C 19394.69 PASS AC=508;AF=0.40382;AN=1258;DB;DP=1391;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=367.72;MQ=53.68;MQ0=244;QD=17.57;SB=-8591.83;VQSLOD=0.2991;set=Intersection
X 195360 . T C 12938.38 PASS AC=530;AF=0.42130;AN=1258;DP=1071;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=263.99;MQ=50.11;MQ0=396;QD=19.11;SB=-4333.63;VQSLOD=1.8108;set=Intersection
X 195393 rs28655690 A G 10307.09 PASS AC=591;AF=0.46979;AN=1258;DB;DP=795;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=398.17;MQ=48.94;MQ0=335;QD=19.34;SB=-3525.22;VQSLOD=0.9584;set=Intersection
X 195509 . C G 1527.63 PASS AC=20;AF=0.0217;AN=920;DP=1652;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=354.26;MQ=65.83;MQ0=0;QD=15.91;SB=-4296.87;VQSLOD=1.2812;set=Intersection
X 195543 rs28785030 T A 544.74 PASS AC=6;AF=0.0066;AN=904;DB;DP=1999;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=289.15;MQ=65.91;MQ0=0;QD=11.59;SB=-4439.69;VQSLOD=2.1026
X 195553 . C T 280.80 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=904;DP=1870;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=298.50;MQ=66.57;MQ0=0;QD=8.78;SB=-4281.06;VQSLOD=0.9663
X 195623 . C T 554.30 PASS AC=3;AF=0.00238;AN=1258;DP=2319;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=285.71;MQ=65.00;MQ0=3;QD=9.72;SB=-3806.74;VQSLOD=1.2921
X 195669 . G A 326.18 PASS AC=6;AF=0.00477;AN=1258;DP=2510;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=310.18;MQ=61.65;MQ0=104;QD=5.18;SB=-3600.15;VQSLOD=0.1843
X 195758 . T C 13032.04 PASS AC=63;AF=0.05008;AN=1258;DP=3538;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=284.20;MQ=58.58;MQ0=12;QD=12.51;SB=-5530.21;VQSLOD=0.6592;set=Intersection
X 196000 . A G 530.66 PASS AC=8;AF=0.00636;AN=1258;DP=2336;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=229.47;MQ=61.24;MQ0=80;QD=2.54;SB=-3600.03;VQSLOD=0.2019
X 196052 rs28515539 A C 22375.80 PASS AC=405;AF=0.32194;AN=1258;DB;DP=2064;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=537.29;MQ=67.53;MQ0=1;QD=21.11;SB=-8430.70;VQSLOD=0.3320;set=Intersection
X 196055 rs28625144 G T 31355.90 PASS AC=536;AF=0.42607;AN=1258;DB;DP=1980;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=570.28;MQ=67.61;MQ0=1;QD=21.33;SB=-11718.08;VQSLOD=0.2078;set=Intersection
X 196069 rs28662161 T A 25807.17 PASS AC=389;AF=0.30922;AN=1258;DB;DP=2256;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=200.91;MQ=68.94;MQ0=1;QD=23.21;SB=-9071.17;VQSLOD=2.2029;set=Intersection
X 196201 . A G 380.97 PASS AC=5;AF=0.00397;AN=1258;DP=1979;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=319.74;MQ=55.41;MQ0=317;QD=5.44;SB=-3188.07;VQSLOD=0.1536;set=Intersection
X 196265 . C T 270.35 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=570;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=301.86;MQ=60.66;MQ0=71;NumGenotypesChanged=26;QD=11.26;R2=0.805;SB=-3385.87;VQSLOD=1.0929;set=Intersection
X 196399 . A G 31370.84 PASS AC=660;AF=0.52464;AN=1258;DP=1672;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=190.96;MQ=62.54;MQ0=15;QD=21.34;SB=-10479.02;VQSLOD=0.3426;set=Intersection
X 196465 . A T 1227.06 PASS AC=22;AF=0.0243;AN=904;DP=1582;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=348.75;MQ=62.29;MQ0=4;QD=11.36;SB=-4107.86;VQSLOD=1.0975
X 196712 rs62580071 T C 19071.74 PASS AC=518;AF=0.41176;AN=1258;DB;DP=1281;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=209.55;MQ=57.87;MQ0=61;QD=20.51;SB=-7289.74;VQSLOD=1.7360;set=Intersection
X 196792 rs62580072 C G 26090.06 PASS AC=549;AF=0.43641;AN=1258;DB;DP=1149;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=155.32;MQ=61.73;MQ0=3;QD=28.61;SB=-10442.90;VQSLOD=1.4466;set=Intersection
X 197026 . G A 240.50 PASS AC=336;AF=0.3717;AN=904;DP=38;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=130.24;MQ=33.11;MQ0=163;QD=21.86;SB=-101.19;VQSLOD=0.6153;set=Intersection
X 197765 . G C 170.06 PASS AC=881;AF=0.9746;AN=904;DP=19;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=103.30;MQ=88.73;MQ0=29;QD=24.29;SB=-75.44;VQSLOD=0.8020;set=Intersection
X 198078 . T C 1334.10 PASS AC=43;AF=0.03418;AN=1258;DP=1486;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=169.73;MQ=69.39;MQ0=0;QD=9.81;SB=-2505.65;VQSLOD=0.6436;set=Intersection
X 198403 . G A 1531.31 PASS AC=36;AF=0.0398;AN=904;DP=1333;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=286.20;MQ=72.01;MQ0=0;QD=12.55;SB=-3676.35;VQSLOD=1.7700;set=Intersection
X 198471 . G A 470.50 PASS AC=17;AF=0.0188;AN=904;DP=1140;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=286.06;MQ=58.85;MQ0=157;QD=8.55;SB=-2685.25;VQSLOD=0.2453
X 198492 rs28728224 T C 32773.12 PASS AC=825;AF=0.65580;AN=1258;DB;DP=1471;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=246.35;MQ=61.80;MQ0=55;QD=20.55;SB=-11732.78;VQSLOD=1.5500;set=Intersection
X 198587 . G A 310.60 PASS AC=9;AF=0.0098;AN=920;DP=1272;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=270.46;MQ=58.86;MQ0=74;QD=11.09;SB=-3049.38;VQSLOD=1.2263;set=Intersection
X 198605 . G C 146.03 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=543;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=254.35;MQ=56.54;MQ0=189;NumGenotypesChanged=37;QD=13.28;R2=0.878;SB=-2942.52;VQSLOD=0.7290;set=Intersection
X 198709 rs60177123 C T 10603.79 PASS AC=129;AF=0.10254;AN=1258;DB;DP=1621;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=408.96;MQ=61.72;MQ0=134;QD=30.12;SB=-5088.81;VQSLOD=0.6359;set=Intersection
X 198981 . G A 222.54 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=457;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=222.48;MQ=44.46;MQ0=395;NumGenotypesChanged=44;QD=12.36;R2=0.857;SB=-2426.54;VQSLOD=0.7383;set=Intersection
X 199177 rs28393333 G A 24184.27 PASS AC=442;AF=0.35135;AN=1258;DB;DP=1653;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=214.49;MQ=50.20;MQ0=243;QD=22.48;SB=-10637.38;VQSLOD=1.1209;set=Intersection
X 199298 . G C 610.06 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=413;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=209.57;MQ=43.21;MQ0=456;NumGenotypesChanged=53;QD=17.43;R2=0.738;SB=-2336.50;VQSLOD=1.0752;set=Intersection
X 199408 . A T 215.74 PASS AC=10;AF=0.0287;AN=348;DP=475;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=169.38;MQ=70.44;MQ0=0;NumGenotypesChanged=22;QD=13.48;R2=0.934;SB=-2177.21;VQSLOD=0.4818;set=Intersection
X 199419 . G A 156.15 PASS AC=5;AF=0.0129;AN=388;DP=534;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=108.57;MQ=70.84;MQ0=0;NumGenotypesChanged=38;QD=15.61;R2=0.853;SB=-2208.68;VQSLOD=0.4844;set=Intersection
X 200005 . C T 285.59 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=337;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=210.72;MQ=69.22;MQ0=0;NumGenotypesChanged=46;QD=12.42;R2=0.95;SB=-2262.10;VQSLOD=0.7332;set=Intersection
X 200185 rs28811324 A G 13047.65 PASS AC=656;AF=0.52146;AN=1258;DB;DP=653;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=108.58;MQ=61.02;MQ0=1;QD=28.24;SB=-1150.98;VQSLOD=0.4749;set=Intersection
X 200203 rs28817996 G A 9202.49 PASS AC=595;AF=0.47297;AN=1258;DB;DP=441;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=73.17;MQ=63.84;MQ0=12;QD=35.81;SB=-430.25;VQSLOD=0.8120;set=Intersection
X 200265 . C T 173.34 PASS AC=1158;AF=0.92051;AN=1258;DP=45;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.80;MQ=72.81;MQ0=19;QD=24.76;SB=-42.75;VQSLOD=0.2643;set=Intersection
X 200424 rs6644981 C T 18051.72 PASS AC=461;AF=0.36645;AN=1258;DB;DP=1166;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=134.53;MQ=73.74;MQ0=0;QD=25.35;SB=-2594.28;VQSLOD=2.0694;set=Intersection
X 200450 rs28378478 C T 669.63 PASS AC=18;AF=0.0517;AN=348;DB;DP=460;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=193.45;MQ=66.43;MQ0=1;NumGenotypesChanged=33;QD=16.33;R2=0.954;SB=-1258.00;VQSLOD=0.5339;set=Intersection
X 200860 rs9785927 T C 40611.41 PASS AC=953;AF=0.75755;AN=1258;DB;DP=1689;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=294.52;MQ=70.34;MQ0=0;QD=20.59;SB=-19160.79;VQSLOD=0.8732;set=Intersection
X 201935 rs6655397 G A 28160.67 PASS AC=121;AF=0.09618;AN=1258;DB;DP=6218;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=422.10;MQ=61.45;MQ0=0;QD=23.55;SB=-13506.43;VQSLOD=0.6983;set=Intersection
X 202337 rs6603173 C T 29823.42 PASS AC=155;AF=0.12321;AN=1258;DB;DP=5443;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=608.04;MQ=64.34;MQ0=0;QD=22.04;SB=-12344.84;VQSLOD=0.1395;set=Intersection
X 202437 . C T 600.61 PASS AC=8;AF=0.0088;AN=904;DP=3141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=315.07;MQ=66.36;MQ0=0;QD=17.66;SB=-4842.33;VQSLOD=1.1291
X 202439 rs6603172 T C 20748.90 PASS AC=114;AF=0.09062;AN=1258;DB;DP=4760;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=341.23;MQ=66.35;MQ0=0;QD=23.05;SB=-8600.31;VQSLOD=1.1547;set=Intersection
X 202663 rs7884203 C T 10747.91 PASS AC=51;AF=0.0693;AN=736;DB;DP=2010;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=373.44;MQ=75.77;MQ0=0;QD=36.81;SB=-6002.34;VQSLOD=0.5072
X 203145 . G A 1457.11 PASS AC=19;AF=0.0207;AN=920;DP=1560;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=253.03;MQ=63.65;MQ0=2;QD=10.87;SB=-4400.16;VQSLOD=1.6402;set=Intersection
X 203256 . G A 15277.88 PASS AC=131;AF=0.10413;AN=1258;DP=2425;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=245.27;MQ=63.50;MQ0=4;QD=26.07;SB=-7556.97;VQSLOD=0.6278;set=Intersection
X 203305 rs28510852 G A 14254.43 PASS AC=124;AF=0.09857;AN=1258;DB;DP=2562;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=244.34;MQ=62.61;MQ0=23;QD=29.95;SB=-7391.08;VQSLOD=1.9214;set=Intersection
X 203353 . C T 303.29 PASS AC=4;AF=0.0071;AN=566;DP=982;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=241.59;MQ=68.61;MQ0=0;NumGenotypesChanged=37;QD=8.67;R2=0.916;SB=-4326.67;VQSLOD=1.1333;set=Intersection
X 203371 rs34090455 C G 462.10 PASS AC=3;AF=0.0053;AN=566;DB;DP=1047;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=253.96;MQ=69.73;MQ0=0;NumGenotypesChanged=30;QD=18.48;R2=0.868;SB=-4460.65;VQSLOD=2.2062;set=Intersection
X 203556 . G A 307.46 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=697;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=240.26;MQ=73.98;MQ0=6;NumGenotypesChanged=20;QD=9.32;R2=0.775;SB=-3780.13;VQSLOD=1.3895;set=Intersection
X 203610 . C T 530.49 PASS AC=5;AF=0.0088;AN=566;DP=816;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=285.47;MQ=70.17;MQ0=0;NumGenotypesChanged=50;QD=14.74;R2=0.889;SB=-3285.50;VQSLOD=0.2170;set=Intersection
X 203611 . G C 1000.54 PASS AC=19;AF=0.0210;AN=904;DP=1374;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=277.00;MQ=70.32;MQ0=0;QD=14.50;SB=-3375.76;VQSLOD=1.4011
X 203748 . T A 973.36 PASS AC=20;AF=0.0221;AN=904;DP=1044;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=247.20;MQ=58.12;MQ0=182;QD=14.97;SB=-2466.00;VQSLOD=1.0687;set=Intersection
X 204511 . A G 11977.62 PASS AC=99;AF=0.07870;AN=1258;DP=1983;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=198.16;MQ=80.24;MQ0=0;QD=35.33;SB=-3652.52;VQSLOD=0.6082;set=Intersection
X 204570 . A C 302.37 PASS AC=7;AF=0.00556;AN=1258;DP=2162;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=189.51;MQ=74.96;MQ0=0;QD=11.20;SB=-3245.10;VQSLOD=1.7039;set=Intersection
X 204598 . C G 261.91 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=705;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=191.75;MQ=69.01;MQ0=0;NumGenotypesChanged=14;QD=18.71;R2=0.851;SB=-3328.54;VQSLOD=0.6120;set=Intersection
X 204640 . C T 1884.01 PASS AC=31;AF=0.02464;AN=1258;DP=2235;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=322.42;MQ=65.70;MQ0=1;QD=13.17;SB=-3485.41;VQSLOD=1.3929;set=Intersection
X 204901 rs7053744 G A 14825.62 PASS AC=56;AF=0.04452;AN=1258;DB;DP=3258;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=387.07;MQ=63.04;MQ0=0;QD=16.94;SB=-7433.70;VQSLOD=0.2791;set=Intersection
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X 205867 . G A 550.94 PASS AC=8;AF=0.00636;AN=1258;DP=2024;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=306.60;MQ=55.33;MQ0=238;QD=9.67;SB=-3466.77;VQSLOD=0.9836
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X 206504 rs7472220 C G 20634.12 PASS AC=230;AF=0.18283;AN=1258;DB;DP=2386;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=222.57;MQ=63.02;MQ0=0;QD=24.71;SB=-9241.03;VQSLOD=2.1804;set=Intersection
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X 206833 rs7058278 G A 23953.96 PASS AC=855;AF=0.67965;AN=1258;DB;DP=888;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=174.58;MQ=54.65;MQ0=281;QD=24.67;SB=-9305.73;VQSLOD=2.4004;set=Intersection
X 206877 rs28635765 G A 13489.74 PASS AC=279;AF=0.3086;AN=904;DB;DP=930;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=184.47;MQ=50.92;MQ0=299;QD=29.52;SB=-6017.37;VQSLOD=1.8582;set=Intersection
X 206888 . A T 811.83 PASS AC=22;AF=0.0243;AN=904;DP=1084;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=279.66;MQ=50.71;MQ0=260;QD=12.49;SB=-2814.03;VQSLOD=0.7591;set=Intersection
X 206897 . G A 579.15 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=480;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=318.22;MQ=52.02;MQ0=193;NumGenotypesChanged=57;QD=9.49;R2=0.81;SB=-2771.17;VQSLOD=0.2617;set=Intersection
X 206905 . T C 2497.70 PASS AC=46;AF=0.03657;AN=1258;DP=1749;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=368.76;MQ=52.14;MQ0=159;QD=10.63;SB=-3946.68;VQSLOD=0.4555;set=Intersection
X 206965 rs7055593 C T 28543.86 PASS AC=926;AF=0.73609;AN=1258;DB;DP=1046;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=422.78;MQ=49.28;MQ0=330;QD=20.17;SB=-10577.02;VQSLOD=0.3024;set=Intersection
X 206969 rs7055592 C T 25636.12 PASS AC=921;AF=0.73211;AN=1258;DB;DP=935;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=384.59;MQ=48.21;MQ0=373;QD=19.83;SB=-9669.70;VQSLOD=0.3431;set=Intersection
X 207010 . C T 7348.69 PASS AC=195;AF=0.15501;AN=1258;DP=811;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=233.25;MQ=49.58;MQ0=355;QD=33.10;SB=-2940.15;VQSLOD=0.2303;set=Intersection
X 207074 rs28652847 G C 19783.52 PASS AC=638;AF=0.50715;AN=1258;DB;DP=862;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=260.37;MQ=46.75;MQ0=376;QD=22.40;SB=-8314.32;VQSLOD=1.6678;set=Intersection
X 207205 . C T 1024.17 PASS AC=10;AF=0.0109;AN=920;DP=1254;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=351.74;MQ=64.72;MQ0=0;QD=13.48;SB=-3232.74;VQSLOD=0.8531
X 207230 . G A 151.49 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=442;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=273.92;MQ=66.69;MQ0=0;NumGenotypesChanged=42;QD=15.15;R2=0.77;SB=-2618.42;VQSLOD=0.5754;set=Intersection
X 207362 rs11556996 C T 41406.01 PASS AC=732;AF=0.58188;AN=1258;DB;DP=1857;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=253.82;MQ=68.98;MQ0=0;QD=24.54;SB=-16940.22;VQSLOD=1.8595;set=Intersection
X 207451 rs6603167 C T 29186.85 PASS AC=511;AF=0.40620;AN=1258;DB;DP=1526;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=328.12;MQ=57.65;MQ0=0;QD=26.68;SB=-12508.58;VQSLOD=0.7751;set=Intersection
X 207590 rs28405533 A C 260.30 PASS AC=46;AF=0.0509;AN=904;DB;DP=169;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=113.11;MQ=46.14;MQ0=161;QD=26.03;SB=-404.17;VQSLOD=1.8278;set=Intersection
X 207595 rs28671158 G T 312.25 PASS AC=54;AF=0.04293;AN=1258;DB;DP=260;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=167.06;MQ=48.78;MQ0=139;QD=16.43;SB=-353.60;VQSLOD=0.3596;set=Intersection
X 207601 rs28392841 C G 619.07 PASS AC=62;AF=0.04928;AN=1258;DB;DP=292;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=189.75;MQ=51.66;MQ0=115;QD=21.35;SB=-579.58;VQSLOD=1.4479;set=Intersection
X 207604 rs62580074 C T 426.79 PASS AC=62;AF=0.04928;AN=1258;DB;DP=254;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=242.47;MQ=51.94;MQ0=100;QD=23.71;SB=-482.99;VQSLOD=1.3351;set=Intersection
X 207620 rs28408629 G A 2855.62 PASS AC=107;AF=0.08506;AN=1258;DB;DP=477;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=305.80;MQ=54.79;MQ0=21;QD=17.96;SB=-1562.03;VQSLOD=0.3809;set=Intersection
X 207724 . A G 3069.05 PASS AC=63;AF=0.05008;AN=1258;DP=1682;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=268.03;MQ=63.06;MQ0=0;QD=13.89;SB=-3867.42;VQSLOD=2.0773;set=Intersection
X 207847 rs28626619 G C 23588.15 PASS AC=649;AF=0.51590;AN=1258;DB;DP=1156;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=260.19;MQ=52.60;MQ0=230;QD=25.17;SB=-9590.21;VQSLOD=1.8098;set=Intersection
X 207998 . A G 561.38 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=594;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=323.16;MQ=49.80;MQ0=590;NumGenotypesChanged=44;QD=8.77;R2=0.742;SB=-3122.80;VQSLOD=0.3404;set=Intersection
X 208276 . C T 523.43 PASS AC=6;AF=0.0155;AN=388;DP=586;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=365.03;MQ=77.89;MQ0=0;NumGenotypesChanged=36;QD=10.26;R2=0.895;SB=-3682.92;VQSLOD=0.3816;set=Intersection
X 208386 rs7892580 A G 13639.42 PASS AC=209;AF=0.2312;AN=904;DB;DP=1436;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=300.58;MQ=65.32;MQ0=0;QD=20.95;SB=-6445.76;VQSLOD=0.9607;set=Intersection
X 208664 rs7878567 G C 19105 PASS AC=205;AF=0.2268;AN=904;DB;DP=1479;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=241.09;MQ=55.84;MQ0=72;QD=28.64;SB=-8856.82;VQSLOD=1.9507;set=Intersection
X 208706 rs7889587 C T 1155.25 PASS AC=14;AF=0.01113;AN=1258;DB;DP=1843;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=379.77;MQ=53.54;MQ0=48;QD=13.75;SB=-3338.14;VQSLOD=1.3670;set=Intersection
X 208938 rs7889205 C T 10430.91 PASS AC=183;AF=0.14547;AN=1258;DB;DP=1244;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=308.49;MQ=47.06;MQ0=471;QD=26.08;SB=-3488.73;VQSLOD=1.2135
X 208982 rs7889182 C T 993.18 PASS AC=22;AF=0.0299;AN=736;DB;DP=789;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=329.76;MQ=50.49;MQ0=280;QD=12.11;SB=-2549.73;VQSLOD=1.0313
X 209318 . C T 156.42 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=453;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=227.91;MQ=61.76;MQ0=21;NumGenotypesChanged=39;QD=7.11;R2=0.66;SB=-2672.27;VQSLOD=0.3308;set=Intersection
X 209553 rs28390201 T G 31448.70 PASS AC=877;AF=0.69714;AN=1258;DB;DP=1344;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=201.33;MQ=51.97;MQ0=261;QD=21.96;SB=-14745.86;VQSLOD=1.9954;set=Intersection
X 209576 rs28496552 G A 30221.09 PASS AC=555;AF=0.44118;AN=1258;DB;DP=1666;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=194.94;MQ=58.84;MQ0=95;QD=23.65;SB=-12991.40;VQSLOD=2.2611;set=Intersection
X 209638 . C T 202.92 PASS AC=5;AF=0.0055;AN=904;DP=1201;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=226.48;MQ=65.86;MQ0=0;QD=11.94;SB=-2871.11;VQSLOD=1.2407
X 209652 . C T 118.16 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=463;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=278.67;MQ=66.20;MQ0=0;NumGenotypesChanged=29;QD=11.82;R2=0.711;SB=-2895.00;VQSLOD=0.6205;set=Intersection
X 209941 . C T 11829.06 PASS AC=150;AF=0.11924;AN=1258;DP=1662;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=316.78;MQ=69.11;MQ0=0;QD=29.95;SB=-4743.69;VQSLOD=0.4545;set=Intersection
X 210148 . C T 601.52 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=592;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=290.56;MQ=62.22;MQ0=8;NumGenotypesChanged=26;QD=15.04;R2=0.854;SB=-3333.15;VQSLOD=1.7052;set=Intersection
X 210372 . G A 364.40 PASS AC=7;AF=0.0077;AN=904;DP=1956;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=263.63;MQ=69.40;MQ0=1;QD=12.15;SB=-4200.73;VQSLOD=0.7672
X 210433 . C T 120.66 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=916;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=307.60;MQ=62.64;MQ0=22;NumGenotypesChanged=13;QD=15.08;R2=0.955;SB=-4210.03;VQSLOD=0.3491;set=Intersection
X 210449 . C T 283.24 PASS AC=4;AF=0.00318;AN=1258;DP=2891;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=316.04;MQ=67.05;MQ0=2;QD=7.66;SB=-4212.33;VQSLOD=0.3579
X 210534 . G A 936.71 PASS AC=22;AF=0.01749;AN=1258;DP=2543;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=339.21;MQ=70.77;MQ0=0;QD=13.38;SB=-4270.01;VQSLOD=1.4270;set=Intersection
X 210613 . A G 389.78 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=971;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=267.56;MQ=70.13;MQ0=0;NumGenotypesChanged=7;QD=9.99;R2=0.957;SB=-4001.74;VQSLOD=0.2316;set=Intersection
X 210658 . T G 429.47 PASS AC=6;AF=0.00477;AN=1258;DP=2565;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=194.56;MQ=66.86;MQ0=1;QD=15.34;SB=-3974.40;VQSLOD=1.8811
X 210732 . G A 14870.27 PASS AC=225;AF=0.17886;AN=1258;DP=1592;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=226.78;MQ=65.95;MQ0=59;QD=25.68;SB=-4264.91;VQSLOD=1.2063;set=Intersection
X 210872 . G A 330.38 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=467;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=338.34;MQ=56.78;MQ0=177;NumGenotypesChanged=35;QD=15.02;R2=0.876;SB=-2637.40;VQSLOD=0.3902;set=Intersection
X 210876 . G A 1235.88 PASS AC=26;AF=0.02067;AN=1258;DP=1451;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=366.33;MQ=55.42;MQ0=225;QD=14.04;SB=-3027.94;VQSLOD=0.4751;set=Intersection
X 211425 rs28584544 C T 27983.88 PASS AC=500;AF=0.39746;AN=1258;DB;DP=1585;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=351.75;MQ=54.72;MQ0=65;QD=23.76;SB=-12283.55;VQSLOD=0.3421;set=Intersection
X 211447 . G C 2674.03 PASS AC=44;AF=0.03498;AN=1258;DP=2071;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=365.27;MQ=52.43;MQ0=192;QD=14.69;SB=-4590.02;VQSLOD=1.0824;set=Intersection
X 211537 . G A 11452.46 PASS AC=87;AF=0.0962;AN=904;DP=1676;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=229.06;MQ=67.08;MQ0=0;QD=31.90;SB=-5966.25;VQSLOD=0.8377
X 211716 rs28521683 A G 14657.73 PASS AC=218;AF=0.17329;AN=1258;DB;DP=1725;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=323.82;MQ=55.62;MQ0=277;QD=21.78;SB=-6506.70;VQSLOD=0.7584;set=Intersection
X 211730 . G A 1600.51 PASS AC=45;AF=0.03577;AN=1258;DP=1438;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=328.96;MQ=52.26;MQ0=487;QD=11.51;SB=-3138.11;VQSLOD=0.8453;set=Intersection
X 212068 rs28681152 G A 33245.22 PASS AC=926;AF=0.73609;AN=1258;DB;DP=1176;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=297.40;MQ=65.85;MQ0=0;QD=27.23;SB=-15652.39;VQSLOD=1.2512;set=Intersection
X 212125 rs28490293 A G 15647.04 PASS AC=261;AF=0.20747;AN=1258;DB;DP=1716;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=203.18;MQ=66.36;MQ0=0;QD=22.16;SB=-6839.74;VQSLOD=1.0206;set=Intersection
X 212154 . G A 165.12 PASS AC=2;AF=0.0057;AN=348;DP=530;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=184.96;MQ=67.86;MQ0=0;NumGenotypesChanged=26;QD=9.71;R2=0.844;SB=-3336.98;VQSLOD=0.5818;set=Intersection
X 212212 rs28414752 G A 30957.75 PASS AC=925;AF=0.73529;AN=1258;DB;DP=1113;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=282.66;MQ=57.16;MQ0=63;QD=25.15;SB=-13163.85;VQSLOD=1.5434;set=Intersection
X 212253 . G A 535.91 PASS AC=19;AF=0.0546;AN=348;DP=336;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=253.46;MQ=53.09;MQ0=136;NumGenotypesChanged=63;QD=19.14;R2=0.723;SB=-2239.53;VQSLOD=0.5632;set=Intersection
X 212284 rs34340520 C T 2791.40 PASS AC=128;AF=0.10175;AN=1258;DB;DP=888;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=254.06;MQ=48.52;MQ0=265;QD=13.17;SB=-2201.58;VQSLOD=1.2815;set=Intersection
X 212385 rs28774393 A G 3050.36 PASS AC=103;AF=0.08188;AN=1258;DB;DP=1295;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=212.22;MQ=43.07;MQ0=408;QD=11.05;SB=-3367.26;VQSLOD=1.1797;set=Intersection
X 212594 . G A 430.87 PASS AC=9;AF=0.00715;AN=1258;DP=1656;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=316.11;MQ=51.12;MQ0=88;QD=11.05;SB=-2973.93;VQSLOD=0.7473;set=Intersection
X 212622 rs28391474 C T 10449.81 PASS AC=103;AF=0.08188;AN=1258;DB;DP=1947;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=422.87;MQ=53.63;MQ0=29;QD=35.18;SB=-5137.73;VQSLOD=0.3076;set=Intersection
X 212642 rs28576689 G A 34767.57 PASS AC=695;AF=0.55246;AN=1258;DB;DP=1562;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=257.49;MQ=52.19;MQ0=116;QD=22.49;SB=-15341.93;VQSLOD=1.6876;set=Intersection
X 212707 . G A 275.77 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=438;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=235.04;MQ=43.19;MQ0=381;NumGenotypesChanged=54;QD=11.99;R2=0.83;SB=-2404.41;VQSLOD=0.5066;set=Intersection
X 212742 . G C 1722.60 PASS AC=40;AF=0.03180;AN=1258;DP=1696;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=344.46;MQ=46.64;MQ0=344;QD=14.35;SB=-3451.49;VQSLOD=1.1679;set=Intersection
X 212964 rs28509357 G A 22257.34 PASS AC=196;AF=0.15580;AN=1258;DB;DP=3115;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=215.66;MQ=61.46;MQ0=1;QD=22.26;SB=-10303.85;VQSLOD=2.0017;set=Intersection
X 213113 . T C 373.57 PASS AC=5;AF=0.0068;AN=736;DP=1957;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=301.49;MQ=69.85;MQ0=0;QD=8.89;SB=-4620.81;VQSLOD=0.4829
X 213116 rs28605266 G A 23990.63 PASS AC=212;AF=0.16852;AN=1258;DB;DP=3069;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=323.51;MQ=70.64;MQ0=0;QD=22.78;SB=-11749.87;VQSLOD=0.3848;set=Intersection
X 213142 . C A 3079.43 PASS AC=47;AF=0.0520;AN=904;DP=1960;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=287.44;MQ=69.92;MQ0=0;QD=11.16;SB=-4993.51;VQSLOD=1.1301;set=Intersection
X 213302 . C T 244.94 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=957;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=334.38;MQ=63.48;MQ0=0;NumGenotypesChanged=13;QD=9.07;R2=0.909;SB=-4214.93;VQSLOD=0.5865;set=Intersection
X 213303 . C T 207.22 PASS AC=2;AF=0.0052;AN=388;DP=914;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=323.40;MQ=63.29;MQ0=0;NumGenotypesChanged=23;QD=9.42;R2=0.521;SB=-4322.61;VQSLOD=0.4419;set=Intersection
X 213757 rs28614090 C T 9392.59 PASS AC=302;AF=0.24006;AN=1258;DB;DP=1008;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=418.07;MQ=33.73;MQ0=362;QD=17.52;SB=-2468.74;VQSLOD=0.2977;set=Intersection
X 214252 . C T 6721.77 PASS AC=207;AF=0.16455;AN=1258;DP=748;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=298.76;MQ=18.06;MQ0=2349;QD=12.52;SB=-2650.91;VQSLOD=0.7215;set=Intersection
X 214399 . C T 8646.53 PASS AC=270;AF=0.2935;AN=920;DP=607;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=295.97;MQ=20.34;MQ0=2336;QD=12.92;SB=-3551.97;VQSLOD=1.6738;set=Intersection
X 215330 . C T 13321.95 PASS AC=286;AF=0.22734;AN=1258;DP=933;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=330.66;MQ=17.20;MQ0=3235;QD=8.64;SB=-4717.21;VQSLOD=0.5214;set=Intersection
X 215809 . A G 1013.78 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DP=665;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=309.58;MQ=66.93;MQ0=0;NumGenotypesChanged=27;QD=15.60;R2=0.922;SB=-3876.31;VQSLOD=1.7829;set=Intersection
X 215944 . G T 1951.54 PASS AC=40;AF=0.0442;AN=904;DP=1465;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=292.11;MQ=68.85;MQ0=0;QD=12.12;SB=-4014.88;VQSLOD=1.7396;set=Intersection
X 216079 . G A 1479.02 PASS AC=19;AF=0.01510;AN=1258;DP=2193;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=353.78;MQ=77.92;MQ0=0;QD=13.82;SB=-4029.80;VQSLOD=1.2790
X 216154 . G A 231.94 PASS AC=6;AF=0.0066;AN=904;DP=1598;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.67;MQ=66.95;MQ0=0;QD=9.28;SB=-3510.86;VQSLOD=0.9348;set=Intersection
X 216165 . G A 2020.43 PASS AC=40;AF=0.0435;AN=920;DP=1443;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=354.65;MQ=64.03;MQ0=30;QD=12.25;SB=-3729.64;VQSLOD=1.0511
X 216254 . A G 2441.18 PASS AC=55;AF=0.04372;AN=1258;DP=1959;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=359.37;MQ=55.29;MQ0=236;QD=10.30;SB=-4014.95;VQSLOD=0.7842;set=Intersection
X 216354 . A G 9502.81 PASS AC=61;AF=0.04849;AN=1258;DP=2066;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=284.07;MQ=55.13;MQ0=24;QD=29.79;SB=-4892.08;VQSLOD=0.6658;set=Intersection
X 216398 . T A 1167.60 PASS AC=26;AF=0.0747;AN=348;DP=648;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=367.93;MQ=56.82;MQ0=7;NumGenotypesChanged=27;QD=14.41;R2=0.907;SB=-4062.99;VQSLOD=1.1160;set=Intersection
X 216467 rs34986674 C A 29433.45 PASS AC=487;AF=0.38712;AN=1258;DB;DP=2169;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=331.45;MQ=50.95;MQ0=137;QD=20.13;SB=-13177.50;VQSLOD=0.2201;set=Intersection
X 216493 . C T 1731.81 PASS AC=24;AF=0.01908;AN=1258;DP=1857;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=306.83;MQ=50.83;MQ0=105;QD=9.73;SB=-3278.95;VQSLOD=0.8679;set=Intersection
X 216538 . T C 1517.46 PASS AC=32;AF=0.0348;AN=920;DP=1087;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=163.94;MQ=48.64;MQ0=255;QD=10.25;SB=-3066.77;VQSLOD=1.3324;set=Intersection
X 216572 . C T 37885.76 PASS AC=710;AF=0.56439;AN=1258;DP=1919;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=207.44;MQ=54.39;MQ0=23;QD=23.20;SB=-18069.65;VQSLOD=0.3383;set=Intersection
X 216682 . T C 1105.72 PASS AC=34;AF=0.0370;AN=920;DP=1088;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=340.09;MQ=47.02;MQ0=381;QD=11.40;SB=-2916.93;VQSLOD=0.2622;set=Intersection
X 216845 rs12401269 A G 1794.26 PASS AC=40;AF=0.03180;AN=1258;DB;DP=2144;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=337.48;MQ=63.83;MQ0=0;QD=9.15;SB=-4076.14;VQSLOD=1.5798;set=Intersection
X 216880 . T A 855.24 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DP=657;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=247.83;MQ=68.26;MQ0=0;NumGenotypesChanged=17;QD=10.83;R2=0.957;SB=-3909.76;VQSLOD=1.7487;set=Intersection
X 216895 . G A 369.10 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=596;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=261.06;MQ=71.03;MQ0=0;NumGenotypesChanged=22;QD=10.55;R2=0.915;SB=-3359.85;VQSLOD=1.2369;set=Intersection
X 216899 rs28861697 G A 13240.58 PASS AC=97;AF=0.1073;AN=904;DB;DP=1675;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=295.00;MQ=71.04;MQ0=0;QD=30.44;SB=-6304.24;VQSLOD=1.0808
X 216910 rs12401270 A G 28562.22 PASS AC=472;AF=0.37520;AN=1258;DB;DP=2297;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=300.44;MQ=70.13;MQ0=0;QD=18.94;SB=-11814.53;VQSLOD=0.2795;set=Intersection
X 216917 . G A 261.28 PASS AC=4;AF=0.0071;AN=566;DP=1069;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=289.60;MQ=69.39;MQ0=0;NumGenotypesChanged=36;QD=8.16;R2=0.909;SB=-3869.67;VQSLOD=0.2388;set=Intersection
X 217034 . T C 244.14 PASS AC=2;AF=0.00159;AN=1258;DP=2822;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=201.49;MQ=64.49;MQ0=5;QD=9.77;SB=-4214.72;VQSLOD=1.2984
X 217199 . A G 2555.59 PASS AC=23;AF=0.0593;AN=388;DP=861;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=360.80;MQ=65.78;MQ0=2;NumGenotypesChanged=29;QD=11.78;R2=0.841;SB=-5191.17;VQSLOD=0.4945;set=Intersection
X 217286 . C T 357.95 PASS AC=4;AF=0.0054;AN=736;DP=1428;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=245.08;MQ=67.04;MQ0=1;QD=9.94;SB=-3719.93;VQSLOD=1.5248
X 217316 . C T 925.10 PASS AC=13;AF=0.01033;AN=1258;DP=2480;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=256.52;MQ=67.03;MQ0=3;QD=14.45;SB=-3778.97;VQSLOD=2.1624;set=Intersection
X 217317 . G A 21675.63 PASS AC=210;AF=0.16693;AN=1258;DP=2628;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=258.73;MQ=67.06;MQ0=3;QD=26.56;SB=-9279.68;VQSLOD=1.0174;set=Intersection
X 217348 . C T 510.73 PASS AC=5;AF=0.0055;AN=904;DP=1620;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=194.64;MQ=68.59;MQ0=5;QD=10.01;SB=-3203.22;VQSLOD=1.1995;set=Intersection
X 217386 . T C 69.53 PASS AC=2;AF=0.0035;AN=566;DP=801;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=224.17;MQ=67.46;MQ0=31;NumGenotypesChanged=43;QD=11.59;R2=0.76;SB=-3023.70;VQSLOD=0.4105;set=Intersection
X 217532 . G A 1080.10 PASS AC=20;AF=0.0221;AN=904;DP=1406;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=250.32;MQ=58.84;MQ0=49;QD=12.27;SB=-3650.27;VQSLOD=1.5930
X 217546 rs28842899 A T 13405.44 PASS AC=182;AF=0.14467;AN=1258;DB;DP=2152;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=172.47;MQ=60.84;MQ0=35;QD=26.92;SB=-6464.19;VQSLOD=1.0007;set=Intersection
X 217569 . C T 175.42 PASS AC=2;AF=0.0035;AN=566;DP=878;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=272.27;MQ=60.05;MQ0=47;NumGenotypesChanged=40;QD=10.32;R2=0.864;SB=-3299.11;VQSLOD=0.4624;set=Intersection
X 217622 . G C 541.28 PASS AC=24;AF=0.0326;AN=736;DP=860;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=277.23;MQ=51.75;MQ0=264;QD=16.40;SB=-2451.42;VQSLOD=0.3782;set=Intersection
X 217704 . G C 179.27 PASS AC=8;AF=0.0141;AN=566;DP=897;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=356.09;MQ=62.09;MQ0=11;NumGenotypesChanged=36;QD=16.30;R2=0.882;SB=-3876.53;VQSLOD=1.2008;set=Intersection
X 217721 rs28829574 A C 779.05 PASS AC=20;AF=0.0221;AN=904;DB;DP=1688;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=366.68;MQ=59.78;MQ0=38;QD=9.39;SB=-3997.22;VQSLOD=0.2608
X 217736 rs28781313 G C 10355.06 PASS AC=71;AF=0.05644;AN=1258;DB;DP=2320;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=320.30;MQ=57.51;MQ0=100;QD=38.49;SB=-4721.78;VQSLOD=1.0606;set=Intersection
X 217780 . C T 266.08 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=597;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=255.29;MQ=57.63;MQ0=101;NumGenotypesChanged=30;QD=15.65;R2=0.802;SB=-3308.34;VQSLOD=0.8468;set=Intersection
X 217814 rs28862351 G A 17555.05 PASS AC=202;AF=0.16057;AN=1258;DB;DP=2189;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=278.14;MQ=62.29;MQ0=6;QD=24.02;SB=-8508.12;VQSLOD=1.5566;set=Intersection
X 217882 rs28849372 G T 2607.16 PASS AC=54;AF=0.0597;AN=904;DB;DP=1813;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=338.30;MQ=59.62;MQ0=0;QD=9.34;SB=-4970.29;VQSLOD=1.1038;set=Intersection
X 217911 . C G 28876.58 PASS AC=333;AF=0.26471;AN=1258;DP=2463;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=285.39;MQ=58.76;MQ0=43;QD=25.71;SB=-12406.36;VQSLOD=0.6917;set=Intersection
X 218045 . A G 2029.81 PASS AC=24;AF=0.0690;AN=348;DP=745;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=385.27;MQ=56.20;MQ0=47;NumGenotypesChanged=40;QD=9.44;R2=0.962;SB=-4596.92;VQSLOD=0.2441;set=Intersection
X 218131 . G A 2464.46 PASS AC=56;AF=0.04452;AN=1258;DP=2295;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=242.64;MQ=55.33;MQ0=9;QD=10.72;SB=-4441.30;VQSLOD=1.6129;set=Intersection
X 218199 rs28895897 C T 2060.61 PASS AC=42;AF=0.03339;AN=1258;DB;DP=2344;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=412.58;MQ=57.48;MQ0=5;QD=11.20;SB=-4285.32;VQSLOD=1.0473;set=Intersection
X 218292 rs28882404 T G 16617.47 PASS AC=170;AF=0.1881;AN=904;DB;DP=1956;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=259.67;MQ=61.05;MQ0=0;QD=24.91;SB=-7390.24;VQSLOD=1.1529;set=Intersection
X 218402 rs28808093 T C 908.36 PASS AC=12;AF=0.0133;AN=904;DB;DP=1293;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=255.50;MQ=48.90;MQ0=399;QD=11.80;SB=-3183.73;VQSLOD=2.3722;set=Intersection
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X 219045 . G A 950.53 PASS AC=12;AF=0.0133;AN=904;DP=1722;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=249.53;MQ=67.80;MQ0=0;QD=11.73;SB=-4118.52;VQSLOD=1.9035
X 219117 . A G 20043.06 PASS AC=374;AF=0.29730;AN=1258;DP=1902;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=221.55;MQ=53.60;MQ0=221;QD=21.57;SB=-7328.34;VQSLOD=1.0456;set=Intersection
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X 219261 rs57503874 C T 27646.96 PASS AC=436;AF=0.34658;AN=1258;DB;DP=1935;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=238.08;MQ=54.25;MQ0=19;QD=22.46;SB=-12256.80;VQSLOD=1.8825;set=Intersection
X 219501 . A G 3177.42 PASS AC=121;AF=0.1644;AN=736;DP=793;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=361.75;MQ=50.20;MQ0=550;QD=8.06;SB=-3657.52;VQSLOD=0.2084;set=Intersection
X 219504 rs28580476 G C 10865.26 PASS AC=132;AF=0.10493;AN=1258;DB;DP=1477;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=366.09;MQ=50.15;MQ0=585;QD=25.75;SB=-4685.22;VQSLOD=1.0096
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X 219601 . A G 261.24 PASS AC=4;AF=0.0043;AN=920;DP=1904;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=300.85;MQ=72.17;MQ0=0;QD=8.43;SB=-3949.87;VQSLOD=0.8809
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X 219760 rs3186272 G A 10335.81 PASS AC=86;AF=0.06836;AN=1258;DB;DP=2186;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=242.57;MQ=76.27;MQ0=0;QD=38.00;SB=-5447.98;VQSLOD=1.8022;set=Intersection
X 219806 rs61156782 C T 330 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DB;DP=537;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=209.81;MQ=74.00;MQ0=0;NumGenotypesChanged=26;QD=7.50;R2=0.927;SB=-3263.21;VQSLOD=1.4970;set=Intersection
X 219881 . G A 533.36 PASS AC=7;AF=0.0077;AN=904;DP=945;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=241.91;MQ=74.95;MQ0=0;QD=11.11;SB=-2363.40;VQSLOD=0.5456
X 219931 . G A 1272.33 PASS AC=27;AF=0.0293;AN=920;DP=1163;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=360.24;MQ=74.49;MQ0=0;QD=15.71;SB=-3057.71;VQSLOD=0.5944;set=Intersection
X 219978 rs11019 G A 27611.61 PASS AC=395;AF=0.31399;AN=1258;DB;DP=2038;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=151.04;MQ=87.57;MQ0=0;QD=23.58;SB=-10466.41;VQSLOD=1.3851;set=Intersection
X 220092 rs3209493 A G 20095.48 PASS AC=510;AF=0.40541;AN=1258;DB;DP=1581;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=145.16;MQ=74.67;MQ0=0;QD=18.99;SB=-7323.26;VQSLOD=1.0822;set=Intersection
X 220095 rs3209495 A G 22441.06 PASS AC=523;AF=0.41574;AN=1258;DB;DP=1639;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=161.34;MQ=74.26;MQ0=0;QD=20.49;SB=-9335.34;VQSLOD=1.4394;set=Intersection
X 220116 rs1132353 T C 17456.68 PASS AC=344;AF=0.27345;AN=1258;DB;DP=1538;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=155.58;MQ=68.92;MQ0=4;QD=27.49;SB=-6336.11;VQSLOD=2.9896;set=Intersection
X 220308 . A G 15286 PASS AC=420;AF=0.33386;AN=1258;DP=1247;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=183.74;MQ=51.33;MQ0=440;QD=17.94;SB=-4417.75;VQSLOD=0.8057;set=Intersection
X 220344 rs59413380 A G 11616 PASS AC=469;AF=0.37281;AN=1258;DB;DP=868;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=206.40;MQ=47.87;MQ0=375;QD=23.00;SB=-3599.31;VQSLOD=2.2394;set=Intersection
X 220399 . C T 12473.39 PASS AC=321;AF=0.25517;AN=1258;DP=979;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=154.00;MQ=47.34;MQ0=267;QD=26.26;SB=-3909.51;VQSLOD=1.4543;set=Intersection
X 220630 rs28605716 G A 25625.53 PASS AC=731;AF=0.58108;AN=1258;DB;DP=1144;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=269.57;MQ=44.59;MQ0=377;QD=20.16;SB=-11350.29;VQSLOD=1.2851;set=Intersection
X 220632 rs28373734 G T 20981.13 PASS AC=727;AF=0.57790;AN=1258;DB;DP=1054;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=302.23;MQ=46.47;MQ0=369;QD=18.42;SB=-9005.60;VQSLOD=0.7269;set=Intersection
X 220660 rs28517798 T C 18204.64 PASS AC=413;AF=0.32830;AN=1258;DB;DP=1562;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=265.36;MQ=57.19;MQ0=154;QD=18.75;SB=-7390.91;VQSLOD=1.0567;set=Intersection
X 220686 rs28380283 A G 22454.70 PASS AC=425;AF=0.33784;AN=1258;DB;DP=1934;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=247.48;MQ=56.63;MQ0=34;QD=17.69;SB=-9067.88;VQSLOD=1.0708;set=Intersection
X 220724 . G A 555.89 PASS AC=5;AF=0.0055;AN=904;DP=1461;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=249.56;MQ=52.06;MQ0=268;QD=11.12;SB=-2902.34;VQSLOD=1.2115;set=Intersection
X 220770 rs28736870 A G 71988.07 PASS AC=1215;AF=0.96582;AN=1258;DB;DP=2400;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=275.56;MQ=62.65;MQ0=1;QD=23.91;SB=-31108.06;VQSLOD=0.4641;set=Intersection
X 220811 . G A 10631.12 PASS AC=66;AF=0.05246;AN=1258;DP=2294;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=335.26;MQ=70.00;MQ0=0;QD=34.86;SB=-5438.52;VQSLOD=0.1831;set=Intersection
X 220857 rs28777707 C G 403.29 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DB;DP=741;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=237.82;MQ=71.75;MQ0=0;NumGenotypesChanged=11;QD=10.61;R2=0.946;SB=-4102.88;VQSLOD=2.0241;set=Intersection
X 220959 rs28464553 C T 901.31 PASS AC=38;AF=0.0516;AN=736;DB;DP=649;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=306.81;MQ=51.52;MQ0=339;QD=11.41;SB=-2106.98;VQSLOD=0.3203;set=Intersection
X 220978 rs28563146 C T 17141.76 PASS AC=527;AF=0.41892;AN=1258;DB;DP=1090;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=390.47;MQ=50.50;MQ0=355;QD=20.21;SB=-6443.87;VQSLOD=0.4005;set=Intersection
X 221081 rs28626930 G A 22135.28 PASS AC=458;AF=0.36407;AN=1258;DB;DP=1432;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=280.26;MQ=53.58;MQ0=262;QD=23.03;SB=-8534.81;VQSLOD=1.4791;set=Intersection
X 221312 rs55790022 T C 1638.29 PASS AC=46;AF=0.0509;AN=904;DB;DP=1373;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=379.25;MQ=74.02;MQ0=0;QD=11.14;SB=-3840.74;VQSLOD=1.4317
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X 221588 rs60426150 T C 755.86 PASS AC=18;AF=0.01431;AN=1258;DB;DP=1610;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=386.92;MQ=71.79;MQ0=0;QD=9.69;SB=-2912.89;VQSLOD=0.5743
X 221665 rs1140801 G A 675.71 PASS AC=7;AF=0.0124;AN=566;DB;DP=936;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=322.02;MQ=69.12;MQ0=0;NumGenotypesChanged=65;QD=15.71;R2=0.859;SB=-3357.20;VQSLOD=2.1831;set=Intersection
X 221705 rs9551 G A 21816.92 PASS AC=334;AF=0.26550;AN=1258;DB;DP=1861;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=288.79;MQ=69.59;MQ0=0;QD=23.74;SB=-10192.38;VQSLOD=0.6424;set=Intersection
X 221795 rs28676317 C G 2674.69 PASS AC=44;AF=0.03498;AN=1258;DB;DP=2162;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=386.62;MQ=73.17;MQ0=0;QD=12.38;SB=-4549.61;VQSLOD=1.4969;set=Intersection
X 221903 . C T 342.84 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=730;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=295.00;MQ=72.39;MQ0=0;NumGenotypesChanged=14;QD=11.82;R2=0.902;SB=-3988.59;VQSLOD=0.5425;set=Intersection
X 221939 rs28609216 C G 2852.80 PASS AC=46;AF=0.0625;AN=736;DB;DP=1490;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=236.01;MQ=74.95;MQ0=0;QD=12.19;SB=-4683.29;VQSLOD=2.2772;set=Intersection
X 222030 rs57496976 G C 394.64 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DB;DP=326;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=353.60;MQ=49.34;MQ0=222;NumGenotypesChanged=67;QD=14.09;R2=0.737;SB=-2067.48;VQSLOD=0.3487;set=Intersection
X 222031 rs55716031 T C 386.46 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DB;DP=340;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=378.30;MQ=49.25;MQ0=228;NumGenotypesChanged=67;QD=12.47;R2=0.737;SB=-2219.33;VQSLOD=0.2995;set=Intersection
X 222099 rs28642329 C T 11275.53 PASS AC=269;AF=0.21383;AN=1258;DB;DP=1227;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=275.25;MQ=37.63;MQ0=574;QD=19.08;SB=-4015.98;VQSLOD=2.1348;set=Intersection
X 222136 rs28594308 A C 2586.78 PASS AC=287;AF=0.22814;AN=1258;DB;DP=1018;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=214.69;MQ=38.73;MQ0=477;QD=8.59;SB=-2107.10;VQSLOD=0.8063;set=Intersection
X 222137 rs28740470 T C 2622.48 PASS AC=289;AF=0.22973;AN=1258;DB;DP=1017;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=214.53;MQ=38.82;MQ0=474;QD=8.92;SB=-2083.67;VQSLOD=0.6809;set=Intersection
X 222190 rs57885641 G A 466.57 PASS AC=20;AF=0.0221;AN=904;DB;DP=623;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=261.50;MQ=33.90;MQ0=533;QD=9.52;SB=-1663.35;VQSLOD=0.1932;set=Intersection
X 222195 rs60337508 A G 515.76 PASS AC=24;AF=0.01908;AN=1258;DB;DP=915;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=256.74;MQ=33.76;MQ0=518;QD=8.19;SB=-1718.53;VQSLOD=0.3865
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X 222210 rs28683496 G C 1492.52 PASS AC=44;AF=0.0598;AN=736;DB;DP=512;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=209.59;MQ=34.88;MQ0=507;QD=13.69;SB=-1897.54;VQSLOD=0.7972
X 222358 rs56303911 C A 621.55 PASS AC=20;AF=0.0221;AN=904;DB;DP=757;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=297.16;MQ=45.38;MQ0=295;QD=10.72;SB=-1968.99;VQSLOD=0.4532
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X 222648 . C G 188.57 PASS AC=4;AF=0.0054;AN=736;DP=1508;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=285.19;MQ=58.11;MQ0=35;QD=20.95;SB=-3756.53;VQSLOD=0.1997;set=Intersection
X 222765 . C T 173.42 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=887;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=312.27;MQ=61.82;MQ0=0;NumGenotypesChanged=16;QD=7.23;R2=0.883;SB=-4189.02;VQSLOD=0.4592;set=Intersection
X 222771 . G C 498.15 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=942;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=357.61;MQ=61.14;MQ0=0;NumGenotypesChanged=11;QD=11.86;R2=0.776;SB=-4439.86;VQSLOD=0.8342;set=Intersection
X 222846 rs60212869 A G 18853.79 PASS AC=126;AF=0.10016;AN=1258;DB;DP=3784;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.61;MQ=53.15;MQ0=179;QD=18.09;SB=-9089.14;VQSLOD=0.9174;set=Intersection
X 222848 . C T 292.59 PASS AC=4;AF=0.0103;AN=388;DP=1167;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=305.65;MQ=52.98;MQ0=203;NumGenotypesChanged=20;QD=10.84;R2=0.851;SB=-4620.89;VQSLOD=0.1955;set=Intersection
X 222888 rs28747674 C T 14367.90 PASS AC=83;AF=0.06598;AN=1258;DB;DP=3610;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=347.04;MQ=53.38;MQ0=37;QD=23.52;SB=-7119.62;VQSLOD=0.5664;set=Intersection
X 223155 . C G 13864.25 PASS AC=115;AF=0.09141;AN=1258;DP=3990;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=262.65;MQ=54.50;MQ0=55;QD=19.86;SB=-5865.21;VQSLOD=0.5162;set=Intersection
X 223183 rs28366905 G C 2373.57 PASS AC=22;AF=0.0243;AN=904;DB;DP=2866;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=404.49;MQ=51.03;MQ0=171;QD=11.75;SB=-5224.94;VQSLOD=0.7994
X 223361 . G A 15453.44 PASS AC=114;AF=0.09062;AN=1258;DP=2916;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=294.12;MQ=37.95;MQ0=1054;QD=19.91;SB=-7451.62;VQSLOD=0.1503;set=Intersection
X 223418 . T C 11730.48 PASS AC=106;AF=0.1440;AN=736;DP=1395;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=367.20;MQ=27.69;MQ0=1611;QD=16.38;SB=-5349.01;VQSLOD=0.4364;set=Intersection
X 223744 . C T 18665.92 PASS AC=134;AF=0.10652;AN=1258;DP=3201;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=269.41;MQ=51.08;MQ0=60;QD=22.71;SB=-9405.22;VQSLOD=0.7927;set=Intersection
X 223854 rs28685641 C G 14332.01 PASS AC=112;AF=0.08903;AN=1258;DB;DP=3529;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=250.58;MQ=59.21;MQ0=0;QD=28.32;SB=-7702.72;VQSLOD=1.9049;set=Intersection
X 223916 rs28585017 A G 20582.72 PASS AC=168;AF=0.13355;AN=1258;DB;DP=3127;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=240.31;MQ=69.51;MQ0=0;QD=23.91;SB=-9799.60;VQSLOD=1.9796;set=Intersection
X 223924 . C T 218.83 PASS AC=2;AF=0.0052;AN=388;DP=878;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=270.52;MQ=70.54;MQ0=0;NumGenotypesChanged=20;QD=12.87;R2=0.86;SB=-4037.99;VQSLOD=0.1506;set=Intersection
X 223989 rs28495731 A G 16577.62 PASS AC=159;AF=0.12639;AN=1258;DB;DP=2253;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=328.49;MQ=70.68;MQ0=0;QD=26.07;SB=-7717.53;VQSLOD=0.7685;set=Intersection
X 224036 . G A 538.32 PASS AC=7;AF=0.0077;AN=904;DP=1282;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=306.25;MQ=69.89;MQ0=0;QD=12.82;SB=-3057.79;VQSLOD=1.1703
X 224044 . G A 555.23 PASS AC=9;AF=0.00715;AN=1258;DP=1855;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=269.99;MQ=70.29;MQ0=0;QD=14.61;SB=-3081.48;VQSLOD=1.2116;set=Intersection
X 224222 rs57181772 C T 1673.41 PASS AC=38;AF=0.1092;AN=348;DB;DP=410;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=395.42;MQ=67.95;MQ0=0;NumGenotypesChanged=52;QD=14.55;R2=0.882;SB=-2897.46;VQSLOD=0.7698;set=Intersection
X 224319 rs28630611 G A 9230.72 PASS AC=93;AF=0.07393;AN=1258;DB;DP=1588;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=289.95;MQ=69.37;MQ0=0;QD=32.28;SB=-3885.72;VQSLOD=1.2104;set=Intersection
X 224532 . C A 307.93 PASS AC=4;AF=0.0054;AN=736;DP=873;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=269.16;MQ=67.21;MQ0=0;QD=9.33;SB=-2787.34;VQSLOD=0.4931
X 224593 rs28594653 T C 23478.52 PASS AC=629;AF=0.50000;AN=1258;DB;DP=1348;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=181.74;MQ=68.49;MQ0=0;QD=22.05;SB=-9954.99;VQSLOD=0.9151;set=Intersection
X 224677 . G T 385.33 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=468;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=267.26;MQ=71.14;MQ0=0;NumGenotypesChanged=32;QD=13.29;R2=0.782;SB=-2905.87;VQSLOD=1.0064;set=Intersection
X 224716 rs28434565 C T 9657.16 PASS AC=92;AF=0.07313;AN=1258;DB;DP=1641;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=287.87;MQ=68.42;MQ0=0;QD=33.53;SB=-4559.82;VQSLOD=1.3315;set=Intersection
X 224729 . G A 2513.52 PASS AC=55;AF=0.04372;AN=1258;DP=1356;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=259.66;MQ=68.98;MQ0=0;QD=13.51;SB=-3068.77;VQSLOD=1.2417
X 224738 rs28729843 C T 366.41 PASS AC=10;AF=0.0287;AN=348;DB;DP=383;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=361.21;MQ=69.25;MQ0=0;NumGenotypesChanged=53;QD=10.78;R2=0.68;SB=-2474.45;VQSLOD=0.5473;set=Intersection
X 224849 rs28434617 G A 12972.19 PASS AC=127;AF=0.10095;AN=1258;DB;DP=1776;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=226.34;MQ=74.82;MQ0=1;QD=26.21;SB=-5452.07;VQSLOD=2.0099;set=Intersection
X 224882 . C A 932.46 PASS AC=22;AF=0.0567;AN=388;DP=744;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=224.87;MQ=80.12;MQ0=2;NumGenotypesChanged=20;QD=9.82;R2=0.878;SB=-3762.84;VQSLOD=1.5531;set=Intersection
X 224939 rs28590518 T C 15746.05 PASS AC=318;AF=0.25278;AN=1258;DB;DP=1860;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=207.48;MQ=73.95;MQ0=1;QD=18.83;SB=-6609.53;VQSLOD=0.6969;set=Intersection
X 224979 . C T 539.99 PASS AC=11;AF=0.0149;AN=736;DP=1153;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=359.65;MQ=78.12;MQ0=0;QD=12.56;SB=-3140.21;VQSLOD=0.5917
X 225020 . G A 287.15 PASS AC=5;AF=0.00397;AN=1258;DP=2261;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=235.43;MQ=77.65;MQ0=0;QD=8.45;SB=-3322.31;VQSLOD=0.9782
X 225036 . T C 187.93 PASS AC=4;AF=0.0043;AN=920;DP=1564;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=224.01;MQ=85.04;MQ0=0;QD=12.53;SB=-3468.87;VQSLOD=1.5107;set=Intersection
X 225090 . A C 492.52 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=698;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=155.02;MQ=72.86;MQ0=0;NumGenotypesChanged=15;QD=13.68;R2=0.971;SB=-3734.36;VQSLOD=1.7222;set=Intersection
X 225137 . C A 1303.10 PASS AC=31;AF=0.02464;AN=1258;DP=2049;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=177.94;MQ=61.80;MQ0=34;QD=8.35;SB=-3934.78;VQSLOD=0.9683
X 225269 . C G 764.22 PASS AC=21;AF=0.0603;AN=348;DP=408;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=251.11;MQ=54.92;MQ0=219;NumGenotypesChanged=55;QD=10.92;R2=0.851;SB=-2443.06;VQSLOD=0.3941;set=Intersection
X 225274 rs28493734 G A 1231.38 PASS AC=28;AF=0.0380;AN=736;DB;DP=844;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=308.85;MQ=55.40;MQ0=229;QD=10.62;SB=-2515.43;VQSLOD=0.9236;set=Intersection
X 225277 . G A 936.37 PASS AC=21;AF=0.0603;AN=348;DP=430;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=298.29;MQ=55.39;MQ0=224;NumGenotypesChanged=52;QD=11.70;R2=0.852;SB=-2471.34;VQSLOD=0.3838;set=Intersection
X 225537 rs28454735 G C 1434.24 PASS AC=26;AF=0.0353;AN=736;DB;DP=652;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=351.64;MQ=58.27;MQ0=138;QD=12.92;SB=-2118.11;VQSLOD=0.3930;set=Intersection
X 225602 . C T 213.12 PASS AC=4;AF=0.00318;AN=1258;DP=1682;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=257.99;MQ=59.32;MQ0=25;QD=12.54;SB=-2888.77;VQSLOD=0.5594
X 225637 rs28575261 C G 10562.39 PASS AC=106;AF=0.08426;AN=1258;DB;DP=1576;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=473.95;MQ=58.36;MQ0=151;QD=27.29;SB=-3935.94;VQSLOD=0.2274;set=Intersection
X 225727 . C T 214.45 PASS AC=8;AF=0.0206;AN=388;DP=499;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=273.21;MQ=69.29;MQ0=0;NumGenotypesChanged=38;QD=7.94;R2=0.764;SB=-2914.44;VQSLOD=0.4264;set=Intersection
X 225867 rs28706144 G A 32700.34 PASS AC=385;AF=0.30604;AN=1258;DB;DP=2742;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=238.21;MQ=75.85;MQ0=0;QD=22.84;SB=-15430.52;VQSLOD=1.8997;set=Intersection
X 225901 . C A 839.16 PASS AC=10;AF=0.00795;AN=1258;DP=2786;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=226.56;MQ=74.87;MQ0=0;QD=13.53;SB=-4486.46;VQSLOD=1.7455;set=Intersection
X 226056 . G A 93.93 PASS AC=2;AF=0.0035;AN=566;DP=956;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=189.11;MQ=76.05;MQ0=2;NumGenotypesChanged=43;QD=18.79;R2=0.774;SB=-3701.57;VQSLOD=0.3443;set=Intersection
X 226083 . G A 1917.27 PASS AC=29;AF=0.02305;AN=1258;DP=2510;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.73;MQ=73.77;MQ0=2;QD=13.69;SB=-4513.59;VQSLOD=1.8858
X 226302 rs4131393 T C 29479.53 PASS AC=545;AF=0.43323;AN=1258;DB;DP=2059;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=294.40;MQ=54.74;MQ0=179;QD=17.91;SB=-13460.61;VQSLOD=0.6181;set=Intersection
X 226386 rs4131392 A C 15380.09 PASS AC=497;AF=0.39507;AN=1258;DB;DP=1318;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=235.83;MQ=51.12;MQ0=36;QD=21.18;SB=-3056.88;VQSLOD=1.2312;set=Intersection
X 226627 rs62580080 A G 20981.34 PASS AC=466;AF=0.37043;AN=1258;DB;DP=1824;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=241.50;MQ=35.00;MQ0=746;QD=13.67;SB=-4732.06;VQSLOD=2.3662;set=Intersection
X 226741 rs62580081 A G 10883.88 PASS AC=347;AF=0.27583;AN=1258;DB;DP=806;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=295.27;MQ=15.40;MQ0=2766;QD=6.58;SB=-2304.08;VQSLOD=0.5999;set=Intersection
X 227081 rs62580085 A G 15901.44 PASS AC=550;AF=0.43720;AN=1258;DB;DP=909;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=277.08;MQ=17.33;MQ0=2635;QD=7.41;SB=-4505.13;VQSLOD=1.0390;set=Intersection
X 227450 rs9652792 C T 44281.30 PASS AC=622;AF=0.49444;AN=1258;DB;DP=2288;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=264.69;MQ=63.76;MQ0=0;QD=24.79;SB=-16394.80;VQSLOD=0.7866;set=Intersection
X 227584 rs28680930 C T 2252.81 PASS AC=52;AF=0.04134;AN=1258;DB;DP=2050;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=272.75;MQ=66.87;MQ0=0;QD=13.25;SB=-4048.59;VQSLOD=2.8067;set=Intersection
X 227620 rs28457761 G T 1568.16 PASS AC=34;AF=0.0462;AN=736;DB;DP=1030;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=375.04;MQ=71.02;MQ0=0;QD=9.56;SB=-3190.36;VQSLOD=0.8085;set=Intersection
X 227628 rs34480540 C T 26316.14 PASS AC=498;AF=0.39587;AN=1258;DB;DP=1802;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=336.55;MQ=71.14;MQ0=0;QD=22.73;SB=-9217.54;VQSLOD=0.7034;set=Intersection
X 227722 rs28647586 C T 26083.61 PASS AC=437;AF=0.34738;AN=1258;DB;DP=1591;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=263.80;MQ=71.60;MQ0=0;QD=24.49;SB=-11263.94;VQSLOD=1.7622;set=Intersection
X 227736 rs28493101 T C 28978.31 PASS AC=969;AF=0.77027;AN=1258;DB;DP=1201;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=302.09;MQ=67.14;MQ0=0;QD=21.25;SB=-10883.38;VQSLOD=1.0496;set=Intersection
X 227801 rs28547070 G C 1017.62 PASS AC=23;AF=0.0313;AN=736;DB;DP=841;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=279.26;MQ=72.67;MQ0=0;QD=10.28;SB=-2768.99;VQSLOD=1.5065;set=Intersection
X 227865 . T C 12854.49 PASS AC=438;AF=0.34817;AN=1258;DP=1253;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=382.84;MQ=63.34;MQ0=0;QD=20.21;SB=-4844.95;VQSLOD=0.1766;set=Intersection
X 227868 . G A 12976.75 PASS AC=402;AF=0.31955;AN=1258;DP=1222;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=339.86;MQ=63.63;MQ0=0;QD=20.15;SB=-5545.37;VQSLOD=0.1384;set=Intersection
X 228329 rs9635652 T C 14831.68 PASS AC=266;AF=0.21145;AN=1258;DB;DP=1580;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=237.49;MQ=67.06;MQ0=0;QD=22.17;SB=-5641.24;VQSLOD=0.9591;set=Intersection
X 229118 rs35047434 T C 2675.42 PASS AC=43;AF=0.03418;AN=1258;DB;DP=4081;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=547.78;MQ=65.19;MQ0=0;QD=7.73;SB=-5568.19;VQSLOD=0.3200;set=Intersection
X 229348 . A C 632.57 PASS AC=11;AF=0.0149;AN=736;DP=1146;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=376.94;MQ=68.04;MQ0=0;QD=13.46;SB=-3293.25;VQSLOD=0.2421
X 229425 rs35593800 G A 2768.35 PASS AC=69;AF=0.05485;AN=1258;DB;DP=1605;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=321.02;MQ=69.31;MQ0=0;QD=13.57;SB=-3970.53;VQSLOD=2.4350;set=Intersection
X 229493 rs34297062 G A 2961.55 PASS AC=75;AF=0.05962;AN=1258;DB;DP=1600;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=383.89;MQ=71.89;MQ0=0;QD=12.93;SB=-3844.56;VQSLOD=1.5645;set=Intersection
X 229542 rs1140798 G A 33579.76 PASS AC=571;AF=0.45390;AN=1258;DB;DP=1972;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=198.62;MQ=74.26;MQ0=0;QD=23.52;SB=-13453.45;VQSLOD=2.2322;set=Intersection
X 229557 . C T 1422.83 PASS AC=35;AF=0.0387;AN=904;DP=1389;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=281.45;MQ=75.30;MQ0=0;QD=10.78;SB=-3433.46;VQSLOD=1.0929
X 229564 . C T 840.48 PASS AC=22;AF=0.0632;AN=348;DP=468;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=319.71;MQ=75.52;MQ0=0;NumGenotypesChanged=47;QD=12.01;R2=0.799;SB=-2981.64;VQSLOD=0.8531;set=Intersection
X 229594 rs9635649 A G 705.40 PASS AC=19;AF=0.0546;AN=348;DB;DP=443;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=342.00;MQ=71.53;MQ0=0;NumGenotypesChanged=50;QD=7.67;R2=0.683;SB=-3004.96;VQSLOD=0.8024;set=Intersection
X 229627 rs7498293 C T 11303.86 PASS AC=197;AF=0.15660;AN=1258;DB;DP=1175;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=395.08;MQ=68.71;MQ0=0;QD=27.17;SB=-3393.46;VQSLOD=0.5234;set=Intersection
X 229651 rs7498289 C T 17077.58 PASS AC=432;AF=0.34340;AN=1258;DB;DP=1134;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=394.67;MQ=68.25;MQ0=0;QD=25.60;SB=-5892.63;VQSLOD=0.5320;set=Intersection
X 229665 . G C 9292.82 PASS AC=104;AF=0.08267;AN=1258;DP=1254;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=207.27;MQ=67.65;MQ0=0;QD=35.33;SB=-4147.76;VQSLOD=0.8273;set=Intersection
X 229771 . G C 27914.74 PASS AC=572;AF=0.45469;AN=1258;DP=1499;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=191.44;MQ=73.61;MQ0=0;QD=24.90;SB=-10542.29;VQSLOD=0.5903;set=Intersection
X 229784 . C G 1332.99 PASS AC=22;AF=0.0632;AN=348;DP=497;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=228.71;MQ=74.05;MQ0=0;NumGenotypesChanged=41;QD=16.46;R2=0.785;SB=-3371.89;VQSLOD=2.1549;set=Intersection
X 229816 rs7499265 C T 12206.81 PASS AC=134;AF=0.10652;AN=1258;DB;DP=1729;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=200.12;MQ=70.67;MQ0=1;QD=29.13;SB=-4833.28;VQSLOD=2.0998;set=Intersection
X 229863 . G A 503.69 PASS AC=4;AF=0.0043;AN=920;DP=1164;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=266.72;MQ=69.94;MQ0=0;QD=9.69;SB=-2786.20;VQSLOD=0.6889
X 230028 . C T 551.27 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=717;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=245.73;MQ=71.65;MQ0=0;NumGenotypesChanged=25;QD=10.81;R2=0.688;SB=-3554.57;VQSLOD=1.6672;set=Intersection
X 230044 . A G 339.56 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=737;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=196.32;MQ=69.62;MQ0=0;NumGenotypesChanged=21;QD=8.08;R2=0.88;SB=-3507.14;VQSLOD=0.9842;set=Intersection
X 230056 rs36066198 C G 10704.25 PASS AC=82;AF=0.06518;AN=1258;DB;DP=2043;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=223.33;MQ=68.53;MQ0=0;QD=41.81;SB=-4366.07;VQSLOD=1.7279;set=Intersection
X 230206 rs35174923 A G 38349.53 PASS AC=414;AF=0.32909;AN=1258;DB;DP=2959;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=236.94;MQ=66.96;MQ0=1;QD=22.64;SB=-18456.14;VQSLOD=1.7917;set=Intersection
X 230230 . C T 1828.22 PASS AC=21;AF=0.0232;AN=904;DP=2025;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=336.68;MQ=65.52;MQ0=1;QD=15.49;SB=-4970.57;VQSLOD=1.1527;set=Intersection
X 230298 . G A 446.93 PASS AC=3;AF=0.00238;AN=1258;DP=2741;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=309.66;MQ=75.12;MQ0=0;QD=9.12;SB=-4137.62;VQSLOD=1.0037;set=Intersection
X 230363 rs9646387 G A 9403.62 PASS AC=42;AF=0.03339;AN=1258;DB;DP=2487;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=402.36;MQ=48.65;MQ0=655;QD=28.07;SB=-4908.80;VQSLOD=0.7310;set=Intersection
X 230470 . C T 132.75 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=920;DP=1563;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=247.51;MQ=67.25;MQ0=0;QD=16.59;SB=-3306.44;VQSLOD=1.1925
X 230474 . G T 57.41 PASS AC=2;AF=0.0052;AN=388;DP=748;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=211.75;MQ=67.07;MQ0=0;NumGenotypesChanged=24;QD=19.14;R2=0.957;SB=-3711.97;VQSLOD=0.6395;set=Intersection
X 230605 rs4074620 C A 9990.02 PASS AC=64;AF=0.05087;AN=1258;DB;DP=2224;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=415.08;MQ=73.63;MQ0=0;QD=31.12;SB=-4956.05;VQSLOD=0.5842;set=Intersection
X 230772 . C T 387.08 PASS AC=7;AF=0.0095;AN=736;DP=957;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=243.46;MQ=67.18;MQ0=0;NumGenotypesChanged=37;QD=14.34;SB=-2963.44;VQSLOD=1.5197;set=Intersection
X 230780 rs62580116 G A 2350.07 PASS AC=64;AF=0.05087;AN=1258;DB;DP=1567;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=257.67;MQ=66.65;MQ0=0;QD=14.51;SB=-3709.85;VQSLOD=2.5256;set=Intersection
X 230788 . T C 1915.18 PASS AC=62;AF=0.04928;AN=1258;DP=1667;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=246.60;MQ=65.54;MQ0=0;QD=12.12;SB=-3699.37;VQSLOD=0.3418;set=Intersection
X 230805 rs9635648 G C 1134.06 PASS AC=26;AF=0.0747;AN=348;DB;DP=421;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=240.83;MQ=65.83;MQ0=0;NumGenotypesChanged=51;QD=14.18;R2=0.767;SB=-2832.26;VQSLOD=0.7920;set=Intersection
X 230877 . A G 287.59 PASS AC=9;AF=0.0100;AN=904;DP=1237;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=238.37;MQ=67.83;MQ0=0;QD=6.69;SB=-2856.88;VQSLOD=0.3844;set=Intersection
X 231031 rs9635647 C G 32778.81 PASS AC=781;AF=0.62083;AN=1258;DB;DP=1195;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=134.33;MQ=64.88;MQ0=0;QD=27.92;SB=-12249.65;VQSLOD=2.5665;set=Intersection
X 231125 . C A 15804.47 PASS AC=487;AF=0.38712;AN=1258;DP=1131;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=296.56;MQ=59.63;MQ0=0;QD=20.85;SB=-5028.54;VQSLOD=0.8768;set=Intersection
X 231202 rs62580119 T C 7380.87 PASS AC=675;AF=0.53657;AN=1258;DB;DP=485;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=102.42;MQ=43.49;MQ0=289;QD=23.81;SB=-1822.27;VQSLOD=1.6986;set=Intersection
X 231319 . A G 7958.88 PASS AC=600;AF=0.47695;AN=1258;DP=540;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=165.35;MQ=42.27;MQ0=186;QD=27.07;SB=-2104.99;VQSLOD=1.2460;set=Intersection
X 231329 . C G 8691.76 PASS AC=615;AF=0.48887;AN=1258;DP=494;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=133.89;MQ=42.48;MQ0=166;QD=33.82;SB=-2321.03;VQSLOD=0.6605;set=Intersection
X 281412 . C T 1117.16 PASS AC=21;AF=0.0603;AN=348;DP=360;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=234.69;MQ=55.89;MQ0=86;NumGenotypesChanged=50;QD=13.30;R2=0.742;SB=-2144.38;VQSLOD=0.5197;set=Intersection
X 281582 . A G 1139.25 PASS AC=24;AF=0.0326;AN=736;DP=1540;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=303.28;MQ=59.28;MQ0=4;NumGenotypesChanged=23;QD=7.50;SB=-4332.92;VQSLOD=0.2011
X 281652 . T A 1021.85 PASS AC=23;AF=0.0593;AN=388;DP=718;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=347.34;MQ=60.29;MQ0=5;NumGenotypesChanged=25;QD=9.21;R2=0.891;SB=-4112.93;VQSLOD=0.6960;set=Intersection
X 281653 . C A 1020.70 PASS AC=23;AF=0.0593;AN=388;DP=655;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=349.09;MQ=60.51;MQ0=4;NumGenotypesChanged=29;QD=9.03;R2=0.891;SB=-4016.31;VQSLOD=0.6314;set=Intersection
X 281763 . G C 878.31 PASS AC=8;AF=0.0230;AN=348;DP=649;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=271.26;MQ=58.96;MQ0=4;NumGenotypesChanged=21;QD=14.17;R2=0.905;SB=-3760.69;VQSLOD=2.0521;set=Intersection
X 281827 . G C 106.70 PASS AC=2;AF=0.0022;AN=920;DP=1678;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=240.54;MQ=59.20;MQ0=25;QD=11.86;SB=-3803.88;VQSLOD=0.4894;set=Intersection
X 281852 . G C 213.15 PASS AC=4;AF=0.0054;AN=736;DP=1182;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=281.50;MQ=53.24;MQ0=190;QD=12.54;SB=-3030.73;VQSLOD=0.7773
X 281860 . C T 181.42 PASS AC=3;AF=0.0053;AN=566;DP=695;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=219.63;MQ=51.45;MQ0=220;NumGenotypesChanged=60;QD=16.49;R2=0.794;SB=-2965.30;VQSLOD=1.0631;set=Intersection
X 281969 rs1141395 A G 1863.32 PASS AC=26;AF=0.02067;AN=1258;DB;DP=1422;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=304.21;MQ=43.63;MQ0=222;QD=5.19;SB=-2827.27;VQSLOD=0.6704;set=Intersection
X 283412 . C T 1446.66 PASS AC=30;AF=0.0862;AN=348;DP=671;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=294.72;MQ=46.96;MQ0=115;NumGenotypesChanged=38;QD=9.71;R2=0.88;SB=-4459.50;VQSLOD=0.9509;set=Intersection
X 283580 . C T 15382.82 PASS AC=119;AF=0.09459;AN=1258;DP=2550;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=281.31;MQ=51.37;MQ0=118;QD=24.81;SB=-7161.94;VQSLOD=0.6614;set=Intersection
X 283591 . G T 334.58 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=701;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=331.25;MQ=50.17;MQ0=187;NumGenotypesChanged=27;QD=7.97;R2=0.402;SB=-3643.45;VQSLOD=0.4604;set=Intersection
X 283675 . G A 241.77 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=391;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=229.36;MQ=46.14;MQ0=234;NumGenotypesChanged=49;QD=7.56;R2=0.759;SB=-2436.95;VQSLOD=0.2055;set=Intersection
X 283731 . T C 353.12 PASS AC=8;AF=0.00636;AN=1258;DP=1498;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=277.42;MQ=55.29;MQ0=82;QD=6.92;SB=-2694.21;VQSLOD=0.1427;set=Intersection
X 283737 rs28516086 C A 35514.96 PASS AC=853;AF=0.67806;AN=1258;DB;DP=1589;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=254.61;MQ=57.68;MQ0=21;QD=22.21;SB=-15894.37;VQSLOD=1.6717;set=Intersection
X 283800 . C T 460.96 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=561;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=293.82;MQ=54.32;MQ0=152;NumGenotypesChanged=29;QD=12.80;R2=0.865;SB=-3244.35;VQSLOD=0.2682;set=Intersection
X 283820 . A T 2517.23 PASS AC=45;AF=0.03577;AN=1258;DP=1879;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=240.40;MQ=50.40;MQ0=302;QD=14.89;SB=-3543.48;VQSLOD=1.7594;set=Intersection
X 283846 . C A 918.42 PASS AC=16;AF=0.0177;AN=904;DP=1543;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=310.30;MQ=53.45;MQ0=220;QD=9.88;SB=-3555.76;VQSLOD=0.8044
X 283986 . C A 251.41 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=811;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=258.46;MQ=64.34;MQ0=2;NumGenotypesChanged=15;QD=8.98;R2=0.934;SB=-3621.24;VQSLOD=0.3806;set=Intersection
X 283997 . C T 526.96 PASS AC=6;AF=0.00477;AN=1258;DP=2433;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=251.60;MQ=67.01;MQ0=0;QD=8.93;SB=-3878.59;VQSLOD=1.0696
X 284029 . A G 558.05 PASS AC=8;AF=0.0109;AN=736;DP=1486;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=201.26;MQ=66.01;MQ0=0;QD=7.15;SB=-3497.79;VQSLOD=0.6798
X 284047 . G A 726.80 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=678;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=244.15;MQ=60.94;MQ0=0;NumGenotypesChanged=19;QD=16.52;R2=0.959;SB=-3247.01;VQSLOD=1.9843;set=Intersection
X 284804 . G A 394.26 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=920;DP=1414;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=269.91;MQ=52.02;MQ0=152;QD=13.60;SB=-3149.47;VQSLOD=0.8521
X 284847 . G A 662.13 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=630;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=265.14;MQ=55.76;MQ0=63;NumGenotypesChanged=30;QD=10.35;R2=0.871;SB=-3520.33;VQSLOD=1.4579;set=Intersection
X 284931 . G A 761.23 PASS AC=10;AF=0.0287;AN=348;DP=549;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=288.46;MQ=62.49;MQ0=1;NumGenotypesChanged=26;QD=19.03;R2=0.96;SB=-3378.82;VQSLOD=1.4676;set=Intersection
X 284938 . G C 330.94 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=567;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=288.56;MQ=62.96;MQ0=1;NumGenotypesChanged=28;QD=7.88;R2=0.791;SB=-3159.19;VQSLOD=0.4904;set=Intersection
X 285037 . G A 9159.76 PASS AC=79;AF=0.06280;AN=1258;DP=1748;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=283.32;MQ=69.40;MQ0=0;QD=37.23;SB=-4421.96;VQSLOD=0.4545;set=Intersection
X 285039 . C T 187.88 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=480;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=268.77;MQ=69.59;MQ0=0;NumGenotypesChanged=35;QD=15.66;R2=0.891;SB=-2804.79;VQSLOD=0.7182;set=Intersection
X 285074 . G T 1157 PASS AC=29;AF=0.02305;AN=1258;DP=1809;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=299.33;MQ=67.68;MQ0=0;QD=9.89;SB=-3427.19;VQSLOD=0.3476;set=Intersection
X 285111 rs5989631 G C 17663.38 PASS AC=301;AF=0.23927;AN=1258;DB;DP=1350;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=345.72;MQ=65.26;MQ0=13;QD=23.81;SB=-7960.61;VQSLOD=0.6025;set=Intersection
X 285152 . A C 406.99 PASS AC=14;AF=0.0402;AN=348;DP=422;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=195.53;MQ=65.60;MQ0=1;NumGenotypesChanged=37;QD=9.46;R2=0.738;SB=-2602.18;VQSLOD=0.3194;set=Intersection
X 285174 rs59876043 T C 31068.98 PASS AC=842;AF=0.66932;AN=1258;DB;DP=1350;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=320.97;MQ=62.19;MQ0=58;QD=21.77;SB=-10918.48;VQSLOD=0.4098;set=Intersection
X 285302 . T C 31287.63 PASS AC=833;AF=0.66216;AN=1258;DP=1447;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=194.01;MQ=57.02;MQ0=93;QD=20.38;SB=-11685.43;VQSLOD=0.9527;set=Intersection
X 285325 . T C 24324.75 PASS AC=622;AF=0.49444;AN=1258;DP=1462;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=237.94;MQ=56.49;MQ0=63;QD=21.47;SB=-8724.30;VQSLOD=0.4680;set=Intersection
X 285565 . T C 95.53 PASS AC=1;AF=0.0029;AN=348;DP=619;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=161.38;MQ=60.35;MQ0=6;NumGenotypesChanged=19;QD=11.94;R2=0.89;SB=-3123.35;VQSLOD=0.2773;set=Intersection
X 285607 . C T 176.32 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=473;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=334.88;MQ=65.87;MQ0=0;NumGenotypesChanged=31;QD=11.75;R2=0.88;SB=-2801.32;VQSLOD=0.2520;set=Intersection
X 285671 rs57328518 C T 640.45 PASS AC=11;AF=0.0316;AN=348;DB;DP=575;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=312.12;MQ=65.88;MQ0=3;NumGenotypesChanged=28;QD=11.04;R2=0.726;SB=-3405.92;VQSLOD=1.9710;set=Intersection
X 285672 . A T 1529.33 PASS AC=22;AF=0.01749;AN=1258;DP=1962;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=254.39;MQ=65.58;MQ0=3;QD=13.78;SB=-3731.21;VQSLOD=2.1205;set=Intersection
X 285690 . G A 10011.63 PASS AC=86;AF=0.0951;AN=904;DP=1509;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=238.30;MQ=65.53;MQ0=0;QD=36.54;SB=-5232.97;VQSLOD=0.8415;set=Intersection
X 285837 . A T 271.06 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=785;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=204.78;MQ=59.33;MQ0=115;NumGenotypesChanged=13;QD=9.04;R2=0.921;SB=-3965.20;VQSLOD=0.6062;set=Intersection
X 285850 rs7066272 G C 46704.32 PASS AC=644;AF=0.51192;AN=1258;DB;DP=2151;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=164.61;MQ=55.79;MQ0=279;QD=24.48;SB=-21088.56;VQSLOD=2.1336;set=Intersection
X 286138 . G C 1656.34 PASS AC=55;AF=0.0608;AN=904;DP=1219;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=377.67;MQ=49.73;MQ0=81;QD=10.97;SB=-3672.31;VQSLOD=0.5554;set=Intersection
X 286140 rs7054864 C A 35264.73 PASS AC=767;AF=0.60970;AN=1258;DB;DP=1661;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=362.10;MQ=49.39;MQ0=80;QD=21.57;SB=-13540.15;VQSLOD=0.3263;set=Intersection
X 286218 rs28581232 A G 18674.26 PASS AC=697;AF=0.55405;AN=1258;DB;DP=1087;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=624.25;MQ=48.00;MQ0=189;QD=17.47;SB=-6663.09;VQSLOD=0.2276;set=Intersection
X 286274 . G C 10031.50 PASS AC=88;AF=0.06995;AN=1258;DP=1537;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=259.80;MQ=42.90;MQ0=454;QD=34.12;SB=-4329.05;VQSLOD=0.6434
X 286641 . C G 11411.34 PASS AC=79;AF=0.0859;AN=920;DP=1541;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=225.00;MQ=60.89;MQ0=53;QD=36.11;SB=-5211.82;VQSLOD=1.1064;set=Intersection
X 286789 . G A 11545.09 PASS AC=127;AF=0.1405;AN=904;DP=1447;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=232.61;MQ=58.86;MQ0=75;QD=37.85;SB=-5959.00;VQSLOD=1.1371;set=Intersection
X 287181 rs5948804 T C 25175.17 PASS AC=655;AF=0.52067;AN=1258;DB;DP=1316;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=273.07;MQ=47.09;MQ0=236;QD=23.10;SB=-9260.77;VQSLOD=1.5786;set=Intersection
X 287466 rs5948805 G A 30503.59 PASS AC=669;AF=0.53180;AN=1258;DB;DP=1439;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=230.69;MQ=46.69;MQ0=317;QD=22.10;SB=-10981.23;VQSLOD=1.8882;set=Intersection
X 287481 . C T 510.13 PASS AC=16;AF=0.0460;AN=348;DP=342;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=237.99;MQ=43.24;MQ0=480;NumGenotypesChanged=60;QD=8.95;R2=0.917;SB=-2379.35;VQSLOD=0.1941;set=Intersection
X 287538 rs5948806 G A 24756.86 PASS AC=667;AF=0.53021;AN=1258;DB;DP=1162;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=580.23;MQ=52.55;MQ0=152;QD=21.57;SB=-8370.17;VQSLOD=0.2965;set=Intersection
X 287546 rs5948791 A G 25924.05 PASS AC=673;AF=0.53498;AN=1258;DB;DP=1393;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=436.05;MQ=55.42;MQ0=71;QD=20.46;SB=-11546.32;VQSLOD=0.2615;set=Intersection
X 287573 rs5948792 A T 2567.35 PASS AC=63;AF=0.05008;AN=1258;DB;DP=1996;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=348.77;MQ=60.85;MQ0=1;QD=11.21;SB=-4326.53;VQSLOD=1.5649;set=Intersection
X 287653 . A T 141.14 PASS AC=3;AF=0.0053;AN=566;DP=778;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=262.50;MQ=71.29;MQ0=0;NumGenotypesChanged=45;QD=11.76;R2=0.951;SB=-3811.69;VQSLOD=1.0375;set=Intersection
X 287661 . G A 92.94 PASS AC=2;AF=0.0057;AN=348;DP=693;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=251.79;MQ=70.25;MQ0=0;NumGenotypesChanged=11;QD=13.28;R2=1.0;SB=-3808.55;VQSLOD=0.2446;set=Intersection
X 287698 . G A 1506.52 PASS AC=19;AF=0.0210;AN=904;DP=1715;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=277.68;MQ=70.91;MQ0=0;QD=20.36;SB=-4673.51;VQSLOD=1.3409;set=Intersection
X 287731 . C G 781.82 PASS AC=10;AF=0.0287;AN=348;DP=860;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=221.04;MQ=66.01;MQ0=0;NumGenotypesChanged=17;QD=16.63;R2=0.971;SB=-4453.85;VQSLOD=1.7875;set=Intersection
X 287835 rs28643290 C T 31381.30 PASS AC=637;AF=0.50636;AN=1258;DB;DP=1720;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=207.80;MQ=50.24;MQ0=318;QD=22.34;SB=-14082.63;VQSLOD=2.0411;set=Intersection
X 287917 rs7058644 G A 54343.77 PASS AC=887;AF=0.70509;AN=1258;DB;DP=2168;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=230.71;MQ=55.59;MQ0=29;QD=24.35;SB=-20863.66;VQSLOD=1.0593;set=Intersection
X 287932 . G A 389.38 PASS AC=2;AF=0.0052;AN=388;DP=628;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=234.47;MQ=51.58;MQ0=226;NumGenotypesChanged=38;QD=11.13;R2=0.833;SB=-3243.31;VQSLOD=0.4723;set=Intersection
X 288196 . G C 281.53 PASS AC=1;AF=0.0029;AN=348;DP=680;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=226.33;MQ=57.87;MQ0=31;NumGenotypesChanged=25;QD=14.82;R2=0.917;SB=-3619.27;VQSLOD=0.8038;set=Intersection
X 288219 rs35684950 T C 39491.25 PASS AC=845;AF=0.67170;AN=1258;DB;DP=1803;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.62;MQ=55.03;MQ0=148;QD=19.90;SB=-14637.30;VQSLOD=1.1372;set=Intersection
X 288264 . C A 1597.87 PASS AC=40;AF=0.0442;AN=904;DP=1075;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=309.28;MQ=47.84;MQ0=301;QD=11.33;SB=-3187.01;VQSLOD=0.7632
X 288350 . G A 464.93 PASS AC=6;AF=0.0065;AN=920;DP=1480;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=330.18;MQ=60.06;MQ0=3;QD=9.49;SB=-3477.37;VQSLOD=0.7354;set=Intersection
X 288562 rs28678320 A G 30867.79 PASS AC=878;AF=0.69793;AN=1258;DB;DP=1372;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=263.57;MQ=64.18;MQ0=0;QD=21.53;SB=-8918.94;VQSLOD=1.0004;set=Intersection
X 288757 . T C 15168.99 PASS AC=858;AF=0.68203;AN=1258;DP=704;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=369.76;MQ=74.30;MQ0=0;QD=21.25;SB=-4962.47;VQSLOD=0.2146;set=Intersection
X 288848 . C T 2872.36 PASS AC=159;AF=0.1759;AN=904;DP=470;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=171.79;MQ=66.09;MQ0=0;QD=20.52;SB=-1233.17;VQSLOD=0.5841;set=Intersection
X 288865 . C T 747.13 PASS AC=35;AF=0.0387;AN=904;DP=434;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=161.37;MQ=66.47;MQ0=0;QD=21.35;SB=-612.20;VQSLOD=0.6648;set=Intersection
X 288876 . A G 12063.12 PASS AC=885;AF=0.70350;AN=1258;DP=474;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=179.61;MQ=65.09;MQ0=0;QD=26.11;SB=-1264.73;VQSLOD=1.1171;set=Intersection
X 288882 . C T 208.05 PASS AC=11;AF=0.0316;AN=348;DP=134;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=165.65;MQ=65.07;MQ0=0;NumGenotypesChanged=106;QD=26.01;R2=0.663;SB=-370.03;VQSLOD=1.0723;set=Intersection
X 288924 . C T 5938.48 PASS AC=581;AF=0.46184;AN=1258;DP=319;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=92.18;MQ=61.38;MQ0=1;QD=27.62;SB=-307.26;VQSLOD=0.9625;set=Intersection
X 288946 . A G 6849.42 PASS AC=910;AF=0.72337;AN=1258;DP=273;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.89;MQ=77.62;MQ0=0;QD=32.16;SB=-74.17;VQSLOD=0.3510;set=Intersection
X 289787 . C G 126.03 PASS AC=890;AF=0.9674;AN=920;DP=18;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.69;MQ=119.25;MQ0=4;QD=31.51;SB=-58.29;VQSLOD=0.6256;set=Intersection
X 290209 . G C 1647.42 PASS AC=102;AF=0.2931;AN=348;DP=197;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=212.81;MQ=60.72;MQ0=11;NumGenotypesChanged=93;QD=21.68;R2=0.804;SB=-292.59;VQSLOD=0.5760;set=Intersection
X 290428 . G A 389.53 PASS AC=8;AF=0.00636;AN=1258;DP=1424;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=323.15;MQ=70.06;MQ0=0;QD=12.98;SB=-2526.56;VQSLOD=0.3386;set=Intersection
X 290433 . C T 618.92 PASS AC=12;AF=0.0345;AN=348;DP=422;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=249.27;MQ=69.57;MQ0=0;NumGenotypesChanged=39;QD=13.17;R2=0.855;SB=-2774.29;VQSLOD=0.9753;set=Intersection
X 290475 rs5948797 C T 28640.49 PASS AC=606;AF=0.48172;AN=1258;DB;DP=1645;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=237.10;MQ=65.50;MQ0=0;QD=23.38;SB=-12588.02;VQSLOD=1.9850;set=Intersection
X 290476 . G A 616.24 PASS AC=11;AF=0.0316;AN=348;DP=443;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=246.71;MQ=65.13;MQ0=0;NumGenotypesChanged=40;QD=8.80;R2=0.811;SB=-3052.01;VQSLOD=0.8419;set=Intersection
X 290485 . C G 618.93 PASS AC=9;AF=0.0259;AN=348;DP=481;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=272.49;MQ=63.75;MQ0=0;NumGenotypesChanged=41;QD=8.84;R2=0.783;SB=-3098.65;VQSLOD=0.7662;set=Intersection
X 290560 . C T 910.14 PASS AC=26;AF=0.02067;AN=1258;DP=1654;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=292.82;MQ=59.05;MQ0=12;QD=12.47;SB=-3090.03;VQSLOD=1.2960
X 290569 rs5989634 T C 37219.04 PASS AC=850;AF=0.67568;AN=1258;DB;DP=1688;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=190.50;MQ=58.95;MQ0=18;QD=21.77;SB=-14355.83;VQSLOD=1.0065;set=Intersection
X 290611 . C T 527.48 PASS AC=5;AF=0.0054;AN=920;DP=1412;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=256.58;MQ=61.02;MQ0=0;QD=13.88;SB=-2997.73;VQSLOD=1.4394
X 290659 . C T 434.23 PASS AC=7;AF=0.00556;AN=1258;DP=1241;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=226.80;MQ=52.96;MQ0=385;QD=10.59;SB=-2244.40;VQSLOD=0.2348
X 290674 rs5989635 C G 22293.03 PASS AC=782;AF=0.62162;AN=1258;DB;DP=997;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=263.92;MQ=50.22;MQ0=441;QD=21.99;SB=-7973.16;VQSLOD=0.9879;set=Intersection
X 290729 rs5989624 T C 11447.74 PASS AC=835;AF=0.66375;AN=1258;DB;DP=609;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=172.57;MQ=45.61;MQ0=642;QD=18.08;SB=-3670.25;VQSLOD=3.0880;set=Intersection
X 290779 rs5989636 C T 9206.79 PASS AC=511;AF=0.40620;AN=1258;DB;DP=600;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=387.02;MQ=40.89;MQ0=710;QD=20.10;SB=-1972.72;VQSLOD=0.2057;set=Intersection
X 291234 rs34568765 C T 30731.24 PASS AC=644;AF=0.51192;AN=1258;DB;DP=1645;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=159.75;MQ=67.27;MQ0=0;QD=22.93;SB=-13026.73;VQSLOD=2.2017;set=Intersection
X 291263 rs35167897 G A 32811.61 PASS AC=657;AF=0.52226;AN=1258;DB;DP=1548;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=188.81;MQ=75.25;MQ0=0;QD=26.19;SB=-15333.62;VQSLOD=2.4510;set=Intersection
X 291277 . G C 351.27 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=349;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=243.21;MQ=74.28;MQ0=0;NumGenotypesChanged=48;QD=14.05;R2=0.739;SB=-2385.90;VQSLOD=0.3556;set=Intersection
X 291334 . G C 17899.18 PASS AC=571;AF=0.45390;AN=1258;DP=1032;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=160.76;MQ=67.63;MQ0=0;QD=24.22;SB=-6601.01;VQSLOD=1.5033;set=Intersection
X 291359 rs28739477 T C 20791.59 PASS AC=901;AF=0.71622;AN=1258;DB;DP=881;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=141.72;MQ=67.31;MQ0=0;QD=21.35;SB=-8373.96;VQSLOD=1.9530;set=Intersection
X 291490 rs28481412 C T 1571.09 PASS AC=49;AF=0.0542;AN=904;DB;DP=838;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=296.10;MQ=70.19;MQ0=0;QD=18.48;SB=-2560.98;VQSLOD=1.0339;set=Intersection
X 291497 rs28661851 C T 645.53 PASS AC=33;AF=0.02623;AN=1258;DB;DP=1018;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=266.39;MQ=69.59;MQ0=0;QD=12.91;SB=-1958.71;VQSLOD=0.7769
X 291596 . C G 2913.82 PASS AC=176;AF=0.1947;AN=904;DP=828;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=211.31;MQ=71.42;MQ0=0;QD=18.44;SB=-3313.01;VQSLOD=2.0450;set=Intersection
X 291667 rs28432962 G A 623.15 PASS AC=29;AF=0.0321;AN=904;DB;DP=662;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=189.83;MQ=65.63;MQ0=0;QD=15.20;SB=-1818.14;VQSLOD=1.0780;set=Intersection
X 291764 rs5989649 T G 6624.51 PASS AC=557;AF=0.44277;AN=1258;DB;DP=593;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=271.42;MQ=67.90;MQ0=1;QD=25.38;SB=-2368.85;VQSLOD=1.2440;set=Intersection
X 291791 rs5989633 G A 13400.63 PASS AC=610;AF=0.48490;AN=1258;DB;DP=674;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=231.74;MQ=68.50;MQ0=0;QD=26.69;SB=-5436.25;VQSLOD=1.9599;set=Intersection
X 291817 rs5989632 C A 18185.04 PASS AC=627;AF=0.49841;AN=1258;DB;DP=922;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=218.73;MQ=68.48;MQ0=0;QD=25.01;SB=-7656.79;VQSLOD=1.6744;set=Intersection
X 291839 rs5948799 A G 873.77 PASS AC=23;AF=0.01828;AN=1258;DB;DP=1072;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=174.84;MQ=68.21;MQ0=0;QD=10.16;SB=-2235.67;VQSLOD=1.1544
X 292406 . T C 1264.56 PASS AC=15;AF=0.01192;AN=1258;DP=1640;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=329.38;MQ=68.12;MQ0=0;QD=10.45;SB=-3055.81;VQSLOD=0.3993
X 292424 . C T 339.15 PASS AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=455;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=302.68;MQ=66.00;MQ0=0;NumGenotypesChanged=50;QD=17.85;R2=0.835;SB=-2639.17;VQSLOD=0.6956;set=Intersection
X 292559 . C T 1528.66 PASS AC=35;AF=0.0387;AN=904;DP=1387;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=319.90;MQ=61.34;MQ0=0;QD=16.80;SB=-3563.35;VQSLOD=1.4924;set=Intersection
X 292638 . G A 209.06 PASS AC=6;AF=0.0066;AN=904;DP=1128;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=318.26;MQ=58.32;MQ0=3;QD=13.07;SB=-2343.15;VQSLOD=0.1396;set=Intersection
X 292691 rs5948785 G T 24258.04 PASS AC=488;AF=0.38792;AN=1258;DB;DP=1449;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=443.51;MQ=57.08;MQ0=2;QD=21.30;SB=-10183.85;VQSLOD=0.3366;set=Intersection
X 292861 rs5989648 C A 1639.16 PASS AC=39;AF=0.03100;AN=1258;DB;DP=1085;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=480.55;MQ=63.88;MQ0=0;QD=15.04;SB=-2512.27;VQSLOD=0.1480;set=Intersection
X 292862 rs28442022 G A 1449.37 PASS AC=75;AF=0.05962;AN=1258;DB;DP=841;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=385.80;MQ=64.12;MQ0=0;QD=14.35;SB=-2048.73;VQSLOD=0.2116;set=Intersection
X 293070 rs5989647 G C 18470.46 PASS AC=297;AF=0.23609;AN=1258;DB;DP=1229;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=227.89;MQ=71.07;MQ0=0;QD=22.83;SB=-7225.16;VQSLOD=0.6517;set=Intersection
X 293124 rs28621836 A G 580.59 PASS AC=16;AF=0.0460;AN=348;DB;DP=335;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=234.12;MQ=72.23;MQ0=0;NumGenotypesChanged=50;QD=10.37;R2=0.76;SB=-2225.79;VQSLOD=1.0556;set=Intersection
X 293258 . C T 18933.60 PASS AC=259;AF=0.20588;AN=1258;DP=1438;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=219.55;MQ=70.81;MQ0=0;QD=23.52;SB=-8493.29;VQSLOD=1.3352;set=Intersection
X 293274 . A G 516.44 PASS AC=15;AF=0.01192;AN=1258;DP=1693;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=255.43;MQ=73.69;MQ0=0;QD=9.22;SB=-3021.08;VQSLOD=0.8823
X 293563 . A C 2547.41 PASS AC=64;AF=0.05087;AN=1258;DP=1470;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=302.38;MQ=78.19;MQ0=0;QD=13.27;SB=-3631.17;VQSLOD=1.2867;set=Intersection
X 293564 rs35769534 T G 35273.96 PASS AC=895;AF=0.71145;AN=1258;DB;DP=1485;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=295.81;MQ=77.99;MQ0=0;QD=25.14;SB=-15680.96;VQSLOD=1.3325;set=Intersection
X 293812 rs5989646 G A 1797.26 PASS AC=59;AF=0.04690;AN=1258;DB;DP=1330;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=269.95;MQ=65.70;MQ0=1;QD=12.84;SB=-3093.87;VQSLOD=2.3383;set=Intersection
X 293968 . C T 310.43 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=479;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=241.05;MQ=61.58;MQ0=263;NumGenotypesChanged=40;QD=14.78;R2=0.703;SB=-2585.15;VQSLOD=1.2818;set=Intersection
X 294017 rs5989645 C T 24025.36 PASS AC=579;AF=0.46025;AN=1258;DB;DP=1602;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=233.34;MQ=69.05;MQ0=0;QD=18.93;SB=-9259.09;VQSLOD=1.4016;set=Intersection
X 294018 rs5989644 A G 25814.03 PASS AC=615;AF=0.48887;AN=1258;DB;DP=1667;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=237.90;MQ=68.90;MQ0=0;QD=18.75;SB=-8871.17;VQSLOD=0.9975;set=Intersection
X 294029 . G A 689.91 PASS AC=33;AF=0.0948;AN=348;DP=472;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=334.60;MQ=69.34;MQ0=0;NumGenotypesChanged=48;QD=11.31;R2=0.893;SB=-2961.94;VQSLOD=0.5758;set=Intersection
X 294105 . G A 2002.49 PASS AC=54;AF=0.04293;AN=1258;DP=1563;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=366.12;MQ=69.73;MQ0=1;QD=14.62;SB=-3298.89;VQSLOD=0.7522
X 294123 rs28617587 G A 20236.54 PASS AC=346;AF=0.27504;AN=1258;DB;DP=1595;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=329.13;MQ=69.33;MQ0=0;QD=23.13;SB=-8130.27;VQSLOD=0.4893;set=Intersection
X 294201 rs4933045 C T 21434.92 PASS AC=307;AF=0.24404;AN=1258;DB;DP=1743;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=420.93;MQ=67.98;MQ0=0;QD=21.83;SB=-10017.98;VQSLOD=0.3525;set=Intersection
X 294224 rs6645058 G T 12322.16 PASS AC=189;AF=0.15024;AN=1258;DB;DP=2052;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=383.00;MQ=68.70;MQ0=0;QD=22.32;SB=-5056.21;VQSLOD=0.8658;set=Intersection
X 294269 rs6644990 C T 15709.30 PASS AC=197;AF=0.15660;AN=1258;DB;DP=2088;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=373.31;MQ=66.72;MQ0=1;QD=26.49;SB=-7038.15;VQSLOD=0.3828;set=Intersection
X 294294 . G C 580.56 PASS AC=7;AF=0.00556;AN=1258;DP=2021;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=285.28;MQ=68.96;MQ0=0;QD=8.67;SB=-3368.48;VQSLOD=0.8412
X 294330 . G T 2391.17 PASS AC=68;AF=0.05405;AN=1258;DP=1645;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=306.43;MQ=68.02;MQ0=0;QD=13.36;SB=-3395.55;VQSLOD=1.5170;set=Intersection
X 294440 rs28436243 C T 17554.11 PASS AC=360;AF=0.28617;AN=1258;DB;DP=1211;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=216.69;MQ=64.96;MQ0=11;QD=25.04;SB=-4123.18;VQSLOD=2.0815;set=Intersection
X 294493 rs6603192 C T 8785.38 PASS AC=231;AF=0.18362;AN=1258;DB;DP=838;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=234.17;MQ=70.65;MQ0=0;QD=32.90;SB=-3261.92;VQSLOD=1.1965;set=Intersection
X 294504 rs28393878 G A 11993.31 PASS AC=316;AF=0.25119;AN=1258;DB;DP=882;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=206.67;MQ=73.60;MQ0=0;QD=30.21;SB=-4750.15;VQSLOD=1.9866;set=Intersection
X 294585 rs6603193 T C 20684.68 PASS AC=704;AF=0.55962;AN=1258;DB;DP=1072;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=221.07;MQ=67.10;MQ0=8;QD=22.05;SB=-6193.23;VQSLOD=1.0529;set=Intersection
X 294604 rs6603194 T C 21867.12 PASS AC=647;AF=0.51431;AN=1258;DB;DP=1209;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=214.96;MQ=72.12;MQ0=8;QD=22.52;SB=-5953.46;VQSLOD=1.1625;set=Intersection
X 294800 rs1139186 C T 14299.62 PASS AC=283;AF=0.22496;AN=1258;DB;DP=1162;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=257.40;MQ=70.38;MQ0=0;QD=24.74;SB=-6291.56;VQSLOD=1.7080;set=Intersection
X 294838 rs6645063 T C 18491.89 PASS AC=640;AF=0.50874;AN=1258;DB;DP=1100;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=234.43;MQ=69.49;MQ0=0;QD=21.48;SB=-7042.47;VQSLOD=1.0249;set=Intersection
X 294856 rs6645064 C T 19698.51 PASS AC=652;AF=0.51828;AN=1258;DB;DP=1027;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=457.78;MQ=70.04;MQ0=0;QD=25.19;SB=-8468.31;VQSLOD=0.3498;set=Intersection
X 294860 rs6645065 A G 17341.08 PASS AC=623;AF=0.49523;AN=1258;DB;DP=1131;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=458.06;MQ=70.30;MQ0=0;QD=21.30;SB=-7372.63;VQSLOD=0.4079;set=Intersection
X 294871 rs28737189 G A 216.22 PASS AC=3;AF=0.0033;AN=904;DB;DP=878;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=212.58;MQ=69.08;MQ0=0;QD=12.01;SB=-2030.45;VQSLOD=0.5854
X 294895 . C T 742.30 PASS AC=29;AF=0.0321;AN=904;DP=887;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=203.78;MQ=72.60;MQ0=0;QD=17.67;SB=-2307.72;VQSLOD=1.0485;set=Intersection
X 294915 rs28570493 T G 17155.07 PASS AC=666;AF=0.52941;AN=1258;DB;DP=993;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=219.03;MQ=71.67;MQ0=9;QD=21.21;SB=-5779.57;VQSLOD=1.1423;set=Intersection
X 294923 rs56277063 A G 18315.42 PASS AC=654;AF=0.51987;AN=1258;DB;DP=1048;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=247.42;MQ=69.92;MQ0=10;QD=21.00;SB=-6560.87;VQSLOD=0.7773;set=Intersection
X 294955 . C T 10606 PASS AC=206;AF=0.16375;AN=1258;DP=1319;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=232.19;MQ=58.53;MQ0=202;QD=28.98;SB=-2705.81;VQSLOD=0.7433;set=Intersection
X 295079 rs1133534 C T 786.16 PASS AC=50;AF=0.0553;AN=904;DB;DP=612;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=309.20;MQ=66.14;MQ0=0;QD=17.87;SB=-1714.93;VQSLOD=0.4217;set=Intersection
X 295097 rs14127 C T 11125.75 PASS AC=270;AF=0.21463;AN=1258;DB;DP=888;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=329.75;MQ=64.69;MQ0=0;QD=24.45;SB=-4106.35;VQSLOD=1.2858;set=Intersection
X 295132 rs1133530 T C 19617.11 PASS AC=693;AF=0.55087;AN=1258;DB;DP=1111;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=293.37;MQ=63.46;MQ0=3;QD=20.98;SB=-6768.96;VQSLOD=1.0467;set=Intersection
X 295135 rs1133528 G A 1324.73 PASS AC=59;AF=0.0653;AN=904;DB;DP=793;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=273.98;MQ=63.27;MQ0=2;QD=16.77;SB=-2367.89;VQSLOD=1.4775;set=Intersection
X 295231 rs1133523 A G 21793.62 PASS AC=666;AF=0.52941;AN=1258;DB;DP=1411;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=217.64;MQ=61.07;MQ0=1;QD=18.79;SB=-9447.20;VQSLOD=0.2030;set=Intersection
X 295260 . G A 758.02 PASS AC=16;AF=0.0177;AN=904;DP=1287;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=283.56;MQ=62.69;MQ0=4;QD=14.30;SB=-2854.63;VQSLOD=0.8529;set=Intersection
X 295289 . G A 412.70 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=341;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=295.37;MQ=69.30;MQ0=0;NumGenotypesChanged=61;QD=11.15;R2=0.835;SB=-2383.31;VQSLOD=0.2206;set=Intersection
X 295440 rs5989642 G A 2710.16 PASS AC=97;AF=0.07711;AN=1258;DB;DP=1409;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=281.46;MQ=69.72;MQ0=1;QD=11.58;SB=-3352.93;VQSLOD=2.2908;set=Intersection
X 295506 . C T 314.74 PASS AC=6;AF=0.0172;AN=348;DP=573;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=249.15;MQ=69.83;MQ0=1;NumGenotypesChanged=35;QD=13.68;R2=0.895;SB=-3189.59;VQSLOD=0.7170;set=Intersection
X 295534 rs6645071 C T 20518.12 PASS AC=306;AF=0.24324;AN=1258;DB;DP=1974;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=292.20;MQ=66.96;MQ0=0;QD=22.02;SB=-8992.54;VQSLOD=0.2608;set=Intersection
X 295713 . G A 747.39 PASS AC=19;AF=0.0546;AN=348;DP=593;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=391.48;MQ=65.43;MQ0=4;NumGenotypesChanged=35;QD=12.67;R2=0.88;SB=-3420.07;VQSLOD=0.3950;set=Intersection
X 296076 . C T 190.67 PASS AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=501;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=327.64;MQ=67.33;MQ0=0;NumGenotypesChanged=31;QD=9.53;R2=0.778;SB=-3022.03;VQSLOD=0.4245;set=Intersection
X 296098 rs28565116 G C 24509.63 PASS AC=300;AF=0.23847;AN=1258;DB;DP=2266;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.77;MQ=66.43;MQ0=0;QD=20.86;SB=-11339.64;VQSLOD=1.3102;set=Intersection
X 296168 . C T 250.37 PASS AC=2;AF=0.0027;AN=736;DP=1064;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=288.05;MQ=67.63;MQ0=0;QD=13.18;SB=-3205.42;VQSLOD=0.3946
X 296276 . T C 115.86 PASS AC=2;AF=0.0035;AN=566;DP=914;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=276.07;MQ=73.92;MQ0=0;NumGenotypesChanged=52;QD=8.91;R2=0.648;SB=-3685.82;VQSLOD=0.2978;set=Intersection
X 296346 . C T 116.38 PASS AC=7;AF=0.0077;AN=904;DP=1437;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=245.86;MQ=69.25;MQ0=0;QD=14.55;SB=-2927.04;VQSLOD=0.5418;set=Intersection
X 296441 rs28654078 G A 30247.64 PASS AC=403;AF=0.32035;AN=1258;DB;DP=2491;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=288.71;MQ=74.29;MQ0=0;QD=21.82;SB=-14571.63;VQSLOD=0.3874;set=Intersection
X 296498 . G A 653.52 PASS AC=4;AF=0.0044;AN=904;DP=1849;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=289.96;MQ=80.61;MQ0=0;QD=12.57;SB=-4317.86;VQSLOD=1.4386;set=Intersection
X 296639 rs6645090 A G 48375.20 PASS AC=1058;AF=0.84102;AN=1258;DB;DP=1826;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=291.34;MQ=62.12;MQ0=7;QD=23.26;SB=-19207.11;VQSLOD=1.2240;set=Intersection
X 296646 . A G 164.52 PASS AC=2;AF=0.0035;AN=566;DP=839;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=262.98;MQ=62.38;MQ0=8;NumGenotypesChanged=61;QD=11.75;R2=0.744;SB=-3393.36;VQSLOD=0.8603;set=Intersection
X 296671 . C T 2878.89 PASS AC=64;AF=0.05087;AN=1258;DP=1923;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=264.21;MQ=67.17;MQ0=1;QD=11.61;SB=-4526.53;VQSLOD=1.6784;set=Intersection
X 296761 . G C 539.89 PASS AC=11;AF=0.0316;AN=348;DP=619;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=378.70;MQ=58.21;MQ0=109;NumGenotypesChanged=29;QD=13.17;R2=0.878;SB=-3627.05;VQSLOD=0.7516;set=Intersection
X 296985 rs6603201 C A 43862.42 PASS AC=520;AF=0.41335;AN=1258;DB;DP=2960;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=210.83;MQ=78.96;MQ0=0;QD=21.02;SB=-18130.72;VQSLOD=1.6863;set=Intersection
X 297021 rs6645101 G A 39979.51 PASS AC=493;AF=0.39189;AN=1258;DB;DP=2604;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=256.20;MQ=74.82;MQ0=0;QD=22.49;SB=-16848.32;VQSLOD=1.6641;set=Intersection
X 297142 . C T 887.50 PASS AC=9;AF=0.0159;AN=566;DP=1203;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=348.64;MQ=70.84;MQ0=0;NumGenotypesChanged=50;QD=15.04;R2=0.876;SB=-4266.43;VQSLOD=1.3745;set=Intersection
X 297154 . T C 765.54 PASS AC=8;AF=0.0087;AN=920;DP=2086;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=341.43;MQ=68.63;MQ0=0;QD=9.22;SB=-4101.96;VQSLOD=0.5612;set=Intersection
X 297157 rs6645102 G A 38120.17 PASS AC=459;AF=0.36486;AN=1258;DB;DP=2688;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=353.61;MQ=67.15;MQ0=0;QD=21.51;SB=-15462.76;VQSLOD=0.3023;set=Intersection
X 297168 . C T 1490.02 PASS AC=21;AF=0.0232;AN=904;DP=1918;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=427.44;MQ=63.36;MQ0=0;QD=16.37;SB=-4060.32;VQSLOD=0.1823;set=Intersection
X 297194 . G A 372.24 PASS AC=13;AF=0.0374;AN=348;DP=699;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=338.18;MQ=64.97;MQ0=0;NumGenotypesChanged=28;QD=15.51;R2=0.94;SB=-3928.87;VQSLOD=0.6671;set=Intersection
X 297269 . C A 2768.15 PASS AC=37;AF=0.0409;AN=904;DP=1868;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=376.95;MQ=64.95;MQ0=0;QD=14.20;SB=-4784.47;VQSLOD=0.8294
X 297291 rs7878985 G A 1749.52 PASS AC=21;AF=0.0232;AN=904;DB;DP=2037;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=337.25;MQ=65.18;MQ0=0;QD=12.50;SB=-5052.10;VQSLOD=0.3398
X 297336 . C T 254.66 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=786;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=384.37;MQ=69.50;MQ0=0;NumGenotypesChanged=13;QD=16.98;R2=0.971;SB=-3756.66;VQSLOD=0.5025;set=Intersection
X 297553 . C T 387.06 PASS AC=8;AF=0.0109;AN=736;DP=1460;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=337.66;MQ=79.86;MQ0=0;QD=7.59;SB=-3654.67;VQSLOD=0.3241
X 297559 . C T 368.42 PASS AC=7;AF=0.0201;AN=348;DP=678;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=366.03;MQ=79.89;MQ0=0;NumGenotypesChanged=24;QD=8.57;R2=0.957;SB=-3880.08;VQSLOD=0.3304;set=Intersection
X 297586 . G C 180.95 PASS AC=1;AF=0.0011;AN=904;DP=1709;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=272.93;MQ=67.63;MQ0=0;QD=12.93;SB=-3823.35;VQSLOD=0.4822
X 297631 . C T 917.23 PASS AC=17;AF=0.0188;AN=904;DP=1373;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=342.68;MQ=69.05;MQ0=0;QD=14.33;SB=-3244.13;VQSLOD=1.0212;set=Intersection
X 297665 . C T 255.60 PASS AC=3;AF=0.0086;AN=348;DP=713;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=219.98;MQ=72.19;MQ0=0;NumGenotypesChanged=17;QD=14.20;R2=0.901;SB=-3480.00;VQSLOD=1.0768;set=Intersection
X 297798 . C T 699.29 PASS AC=23;AF=0.0661;AN=348;DP=591;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=323.62;MQ=57.83;MQ0=54;NumGenotypesChanged=35;QD=12.27;R2=0.886;SB=-3503.06;VQSLOD=1.2978;set=Intersection
X 297871 rs6645106 G A 1038.60 PASS AC=126;AF=0.10016;AN=1258;DB;DP=909;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=250.16;MQ=51.00;MQ0=299;QD=6.97;SB=-1832.77;VQSLOD=0.2560;set=Intersection
X 297909 . A G 579.83 PASS AC=11;AF=0.0149;AN=736;DP=778;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=272.89;MQ=48.99;MQ0=293;QD=8.65;SB=-2455.35;VQSLOD=0.1624;set=Intersection
X 297976 rs4933044 T C 14199.39 PASS AC=367;AF=0.29173;AN=1258;DB;DP=1277;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=248.87;MQ=52.01;MQ0=236;QD=19.37;SB=-5877.81;VQSLOD=0.8640;set=Intersection
X 298003 rs28718920 G T 1161.83 PASS AC=32;AF=0.0354;AN=904;DB;DP=1004;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=376.35;MQ=51.48;MQ0=279;QD=13.05;SB=-2836.36;VQSLOD=0.9001
X 298095 rs34067140 G A 16775.58 PASS AC=303;AF=0.24086;AN=1258;DB;DP=1567;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=390.18;MQ=52.82;MQ0=482;QD=21.15;SB=-7448.08;VQSLOD=0.3871;set=Intersection
X 298104 . C T 1276.78 PASS AC=38;AF=0.03021;AN=1258;DP=1718;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=347.05;MQ=55.81;MQ0=370;QD=10.91;SB=-3262.18;VQSLOD=0.6600;set=Intersection
X 298165 . T C 614.11 PASS AC=12;AF=0.0133;AN=904;DP=1813;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=306.87;MQ=72.66;MQ0=0;QD=9.17;SB=-3738.20;VQSLOD=0.9875;set=Intersection
X 298177 rs35127362 C T 34794.58 PASS AC=466;AF=0.37043;AN=1258;DB;DP=2425;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=248.00;MQ=72.35;MQ0=0;QD=21.49;SB=-13678.64;VQSLOD=1.6726;set=Intersection
X 298192 rs36081007 G C 41415.57 PASS AC=471;AF=0.37440;AN=1258;DB;DP=2700;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=209.92;MQ=66.46;MQ0=0;QD=24.83;SB=-17248.40;VQSLOD=2.2330;set=Intersection